Basic Info |
Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
OsIR64_05g0002440 | OGI:05005770 | 16/16 | IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr05:1985460-1998242 | ||||||||
Gene Symbol | DRM3, OsDRM3, DRM2-2 | ||||||||||
DNA seq | 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Function | Probable inactive DNA (cytosine-5)-methyltransferase DRM3 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q6AUQ7] |
Transcripts
Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
OsIR64_05g0002440 | OsIR64_05g0002440.01 | Chr05 | 1985460 | 1998242 | + | NAM | ||
CDS seq | ATGGCTAACCCAGCTACATCATTAAAAGATATATCTGTTGGACAGCAAAACTGCAAGGTTTTTGGACGTCTAATAAGATTATGGGATGCTATAAACATGAGATCAAAATCTGCAGATCCCCTCATCAGCATTGACGGCATCCTATTGGATGAACTTGGCTCAATAGCACAGATCACTGTGCCAAAAAGGTTTGCAAAGCAATTCCGCCCCTTGCTAAATAAAGGATCTGTCTACGTAATTAGTAATACTGTTGCCATTGATGCAAAAAGAAAGACCTATATCTACCAGTGCCAGAACTACATTCTCCAGTTTAAACATGACACAAGAATTCAACCCCTGGAATCTAGAGGATTAACCATATCAAAGTTCCTTTTTGACTTCTGCCCATTTGATGAAGTTCTAGGGAAAAGTATCAGTTCCAAACCTCTCATAGATTTGATTGGAGTAATCAGTCATATTGGTCCATATGATTTTGCGAGCCCAACATCAGACAAAAAACTCAGGAGAATTAAAATTCAAAACCTAGAGGAACAGACTCAAGATGTCCTACTCTGGGGACAATATGGAGAATCATTCAACGAAGATGCAACACTCCATAAATCAAAGGATGGAATTGTAGTAGCCATCTTTGCTGGTCTTACTGCAGGAAAATTTTCAGCTATAACAGAAGCATCTTCAAGCTCTGCTACTGAAATATATATTGACCTGGACACACCTCAAGTTAGAGAGTTTTGCACTAGGTACAAACTCCCTGTCACGATTACAGATGGATCAGGGAGTTTAGATGCAGTAGCATTTTCTTTTGTTGCTGAAGATTTGGTAGAGCTTGACGCAGCCCAAGCTTCCCAAAACATGAAGATAGACCCGACTGATCATCCAACAACACTCAATAATGTCATTGGTAAAACAAAAATTTTTGCTATAGGGATGAATACTGATACATCTTCTAAGTTCCCTATCAGCTATGTGCTTAAGAAGAGTTTCACAATTGAGCCTACTATGTTGGTCCCTATGCTCACAGATGGAGAGAGGTACTATAGCTTCCACCACCTGCACCACATACAGATAACCCAAGGAGCATCAAGCAAAAGTGCACCTCCTGAAATATCTTTGGCTGATAAAACTCTAACTGAAAAAACCAGCTCAACTACAAAAAGAGCCATTGATTTCACTAAAGACTCCATTGAGGAAACCAGAAGCAAAAAACTACAGCATACAGAGGGAAAGGCTGATTTTCCTGAAGACTCCATTAAGGGAACCAAAGGGCGCGCCGCGCGCCTCCCCGCCGCCGCCGTCGAGCTGGAGGGGATCGGAGCGCGCGGCCGCCGCCGTCGCCGAGTCCGTCCGATCTCCGTCCCCCGCGCCAACGCAGCAGCAGAGCAGCAGTGTGGGAAGGAAGAAGGGAAGCCGCTGCCGCGAGCGGCGAGCGGGAGTGGGGCCGCCGTCGACGCCGAGGCGGGGTGGCCCCCACCTGTCACTGGCCATGTTCGCCTCTATATATATACACCGCGCCGCCCCCCTTCCGCCGCCAACCTGAGCCGAGCGGGGAGACGCGTCTTCCTCCTCCTCCTCCTCCATTGCTGCTCCCCCTCCCCCTTCCTCCTACAGGGGCATACGATTTTGGAGGCGGAGTTGATACTTGATCGAGATGAAGATGATGTGGAGGGCAGTGGCATCAACGCTTCTGTTGGTGATCTCGGGGATGCTGCTGTCAATCCACAGCCTGCCCTGCTGCGTGCTACTGTTAAGGAGGAGGTGGAAGGACAGCCAAGCTCTTCCTCCAGTCATGTAAGATCACAATTTATTGGCATGGGGTTTTCACCAATGTTGGTTGACAGGGTGCTTCAGAAACACGGTGACAGAGATTCAGATACTATACTGGAGGCTCTTTTGTCACAGTCTGCTCTTCAAAAATCTGGGTCTGAATCAGGTTCATTGGGAGATCTCTTTGATTCTGATAATGAAGAAAATAGTTCTCATTTCGCGCCTAGGAAAGAAGTTATCCAAGACATTAAGGTTGAAGCTGATTCATCCTCAGAAAAGAGATCATATCTACTGAGTACAATGAACTTCTCGCAGCGAGAAGTTGATTTGGCACTCAACCAGCTAGGTGAGGAAGCATCATTGGAACAGCTTGTAGATTTCATTGTTACTGGTCAAGTGTCAGGTTGCTCTGGAGGAAACGAAAATGGAGATGCTTCAAATGAGGTAAAGGATGAATCACTGTTTGGAGTAATGGATAAAACACTACATTTACTCCAGATGGGTTTTACGGAGGAAGAAGTGTCATCTGTCATTGACAAAGCTGGTCCAGAAGCAACAGTTTTGGAGCTGGCTGACACCATTTTTGCACGTAGAATTGCCAGTAGCATTGAGCAGAAAGAGGTGAAAGTTGAGCCTGACTTTCTAGATGAGACAGAAACCAGCTATTCAGCATACCATCCCTCAAATTCTGGTCTAAGGTACTATGATGACGACCATGACAACATAAGGATTAAAAGGGCTAAGCATATGTTTATAGATGACAGTGCGGGTTCCAGTAGTCGTGCTGGAAATCAACCTAACTTAGATCCATGGCTTAAGGATCACCGTGCCACAACTAGTGATGGGTCTGTCAAGGAAGAATTTGATGCAATGACACCAGGCATCCGTAGAAATGTTCGCAGTGATGTCGCCAATCCCCCATATTTCTTATATGGAAATGTTGTAGAAATTCCCAAAGCTACATGGCGTCAGCTGTCAGAGTTCTTATATAATGTGGAGCCAGAGTTTGTAAATAGCCAGTTTTTCTCGGCTCTCTCACGAAAGGAGGGTTACATTCATAACCTTCCAACAGAGGGAAGGCGTAACCTGGTTCCTAGGTCACCAATGACTATCGAAGAAGCATTCCCATTCACAAGGCAGTGCTGGCCATCGTGGGACACAAGAAAACAACTTAACAGTGTTGCTACAGAAGTTGCAGGAATAGAGCAGCTGTGTGAGAGACTGGGAAAGATGGTAAGAGACTCAGGAGGTTATCTTTCACAAGAAAAGAAAACGCACATCATGCACCAGTGCAAGCTGGCTAACCTCATCTGGGTTGGCCCAGATAGGTTAAGTCCTTTGGATCCACAACAAGTGGAACGGATACTTGGCTACCCACGGAAACACACAAACCTGTTTGGCCTGAATCTACAAGATAGAATAGAAGCCATGAGGTACAGTTTCCAGACTGACACACTCGGCTATCTTTTGTCAGTCCTGAAGGACCTGTATCCAGATGGGCTAAGGGTGCTATCAATCTACAGTGGAATTGGAGGTGCAGCAATTGCCCTCCATCGCCTAGGGATACCACTACAGTGTGTAGTATCTGTTGACCAATCTGATACGAACAGGAAAATTTTGAGAAGGTGGTGGAGTAATACTGAACAAAAGGGGCAACTGAGGCAGATAAATACCATTTGGAAGCTGAAGATTAATGTACTTGAGGACCTGGTGAAAGAATTTGGTGGTTTTGACATAATTATTGGTGGAAACTTCAGTTCCTGTAAAGGTGGTACAACAGTAAACTCAACCATGGGCATGGATTCCAACCAGTTTTTTGAGTATGTTCGTGTTGTTCAAAGAGTGAAGCATATAATGGGTCGGCTCCAGAACCGTGGATGA
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Protein seq | MANPATSLKDISVGQQNCKVFGRLIRLWDAINMRSKSADPLISIDGILLDELGSIAQITVPKRFAKQFRPLLNKGSVYVISNTVAIDAKRKTYIYQCQNYILQFKHDTRIQPLESRGLTISKFLFDFCPFDEVLGKSISSKPLIDLIGVISHIGPYDFASPTSDKKLRRIKIQNLEEQTQDVLLWGQYGESFNEDATLHKSKDGIVVAIFAGLTAGKFSAITEASSSSATEIYIDLDTPQVREFCTRYKLPVTITDGSGSLDAVAFSFVAEDLVELDAAQASQNMKIDPTDHPTTLNNVIGKTKIFAIGMNTDTSSKFPISYVLKKSFTIEPTMLVPMLTDGERYYSFHHLHHIQITQGASSKSAPPEISLADKTLTEKTSSTTKRAIDFTKDSIEETRSKKLQHTEGKADFPEDSIKGTKGRAARLPAAAVELEGIGARGRRRRRVRPISVPRANAAAEQQCGKEEGKPLPRAASGSGAAVDAEAGWPPPVTGHVRLYIYTPRRPPSAANLSRAGRRVFLLLLLHCCSPSPFLLQGHTILEAELILDRDEDDVEGSGINASVGDLGDAAVNPQPALLRATVKEEVEGQPSSSSSHVRSQFIGMGFSPMLVDRVLQKHGDRDSDTILEALLSQSALQKSGSESGSLGDLFDSDNEENSSHFAPRKEVIQDIKVEADSSSEKRSYLLSTMNFSQREVDLALNQLGEEASLEQLVDFIVTGQVSGCSGGNENGDASNEVKDESLFGVMDKTLHLLQMGFTEEEVSSVIDKAGPEATVLELADTIFARRIASSIEQKEVKVEPDFLDETETSYSAYHPSNSGLRYYDDDHDNIRIKRAKHMFIDDSAGSSSRAGNQPNLDPWLKDHRATTSDGSVKEEFDAMTPGIRRNVRSDVANPPYFLYGNVVEIPKATWRQLSEFLYNVEPEFVNSQFFSALSRKEGYIHNLPTEGRRNLVPRSPMTIEEAFPFTRQCWPSWDTRKQLNSVATEVAGIEQLCERLGKMVRDSGGYLSQEKKTHIMHQCKLANLIWVGPDRLSPLDPQQVERILGYPRKHTNLFGLNLQDRIEAMRYSFQTDTLGYLLSVLKDLYPDGLRVLSIYSGIGGAAIALHRLGIPLQCVVSVDQSDTNRKILRRWWSNTEQKGQLRQINTIWKLKINVLEDLVKEFGGFDIIIGGNFSSCKGGTTVNSTMGMDSNQFFEYVRVVQRVKHIMGRLQNRG
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Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
OsIR64_05g0002440 | OsIR64_05g0002440.02 | Chr05 | 1988944 | 1997052 | + | IsoSeq | ||
CDS seq | AGTCAATCTGCGCATCTTCCCCCTTTTGGAATCGCCCGGTCCCCATCTCCACTTCGAACCAAACCCCGAGGCGCGCCGCGCGCCTCCCCGCCGCCGCCGTCGAGCTGGAGGGGATCGGAGCGCGCGGCCGCCGCCGTCGCCGAGTCCGTCCGATCTCCGTCCCCCGCGCCAACGCAGCAGCAGAGCAGCAGTGTGGGAAGGAAGAAGGGAAGCCGCTGCCGCGAGCGGCGAGCGGGAGTGGGGGTTTCTCCATTGTTACCATTTCAGGCCAGCCGCCGTCGACGCCGAGGCGGGGTGGCCCCCACCTGTCACTGGCCATGTTCGCCTCTATATATATACACCGCGCCGCCCCCCTTCCGCCGCCAACCTGAGCCGAGCGGGGAGACGCGTCTTCCTCCTCCTCCTCCTCCATTGCTGCTCCCCCTCCCCCTTCCTCCTACAGGGGCATACGATTTTGGAGGCGGAGTTGAT
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Protein seq | SQSAHLPPFGIARSPSPLRTKPRGAPRASPPPPSSWRGSERAAAAVAESVRSPSPAPTQQQSSSVGRKKGSRCRERRAGVGVSPLLPFQASRRRRRGGVAPTCHWPCSPLYIYTAPPPFRRQPEPSGETRLPPPPPPLLLPLPLPPTGAYDFGGGVD |
Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
A3 | Chr05 | 1990713 | 1990834 | + | OsIR64_05g0002440.02 | OsIR64_05g0002440.02,OsIR64_05g0002440.01 | All |
A5 | Chr05 | 1990937 | 1991911 | + | OsIR64_05g0002440.01 | OsIR64_05g0002440.02,OsIR64_05g0002440.01 | All |
Expression
Leaf | Root | Panicle | |
FPKM | 0.071328 | 0.585107 | 0.948851 |
Homologues
Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
---|---|---|---|---|---|
Leaf | Root | Panicle | |||
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_05g0133900 | RBH | 1.068560 | 1.462074 | 5.687226 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os05g04330 | RBH | 0.722616 | 0.983366 | 1.464003 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os05g0133900 | RBH | None | None | None |
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_05g0002450 | RBH | 0.253824 | 11.154471 | 2.787909 |
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_05g0002470 | RBH | 1.127943 | 1.296662 | 3.227918 |
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_05g0002480 | RBH | 1.158739 | 8.961026 | 7.050521 |
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_05g0002410 | RBH | 0.364222 | 0.476695 | None |
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_05g0002500 | RBH | 2.120390 | 11.687175 | 13.619857 |
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_05G0030200 | RBH | 2.3607555 | 7.0974125 | 5.6486695 |
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_05G0029500 | RBH | 3.159599 | 10.5710725 | 13.6441695 |
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_05g0002440 | RBH | 0.114200 | 0.113879 | None |
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_05g0002360 | RBH | 0.465925 | 14.443913 | None |
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_05g0002470 | RBH | 1.555149 | 34.331482 | None |
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_05g0002480 | RBH | 1.069869 | 0.766159 | 1.034032 |
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_05g0002500 | RBH | 0.216207 | 3.710710 | None |
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_05G002340 | RBH | 0.269942 | 2.386585 | 1.214439 |
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_05g0002530 | RBH | 1.619044 | 8.796651 | 4.828197 |