Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsIR64_04g0022390 OGI:04084530 | 16/16 IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) Chr04:28020054-28027807
Gene Symbol -
DNA seq

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Function Protein CHROMATIN REMODELING 19 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9ZUL5]

Transcripts

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ATGCGGCGAGGCTACGAGGAGATCGACGACGACGAGTGGTCGAACCACAGCTTCAAGCCTTCGCGCGTCCTCAAGCGACCAAGCCGAGGCGCCCAGCCGGACTCGCAGCCTCCCCCGCCCATCGACTCCTTCCGTTACAATCCCAGGCCTTCCTCCTCCTCCGCCGCCGCCGCCGCCACCGCCACCGTCGTCCTCTCCGACGACGACGACGATTTCGAACTTGGTGAGGAGGAGCGGTTGCGCCGCGCCGGGAAGAGCACCCGCGTGCTCAATCGTCCGCAGCGGCAGCACAGCCCCCCTGGGCGGGCCCTTCCGCCCCGCGAGTCCTTCCGCTACAACCCTAAACCCGCCAAGGCCGCCGCCGCGGTGTCGGTTTCCGATGACGACGACGACGGCTTTGATCTCGAAGACGATGATTTCGACATCCCTTCTTCGAGGACCTCGCGTCCGCGCCGTACCGCTGGTCGGCGCTTGGCAACCGCCGTCGCGGACCTCTCGGAGGAAGACGACGATTTAGAGCTCGCTGATGATGATTTTGACCATCCAGACCCAAGGCCAACGAGGCCGCGTCGAGCCACCGCTCGCCGTTTCGTGATTAAGGACGATGATGACAGCGACGGGGATGTGGGTGCGTCTGAGGTGGATGGGGTAGAAGCAGAGGAGGATGATGGTGTGAACTGGTCGGAGTTGGAGAATGAGGACGATGAAGATGGGGACTATGGTGAGACGAAGGTGGAGGTGGAGGAGGGGGATGTAGTGGGTAAGGCATTGCGCAAGTGCGCGCGCATTTCGGCTGATTTGCGACAGGAGCTGTATGGCTCATCGACAAGGAATTGTGAGAGTTATGCTGAGATAGATGATTCCAGTGTCCGAATTGTTACCCAGGATGATGTGGATGCTGCATGCACAAGCGAGGAGTCGGAGTTTGAGCCTATTCTGAAGCCCTACCAGCTTGTGGGGGTCAATTTTCTTCTTCTCTTGCACCGGAAAAATATCGGTGGAGCAATTTTGGCTGATGAAATGGGTCTTGGTAAGACAGTTCAGGCCGTGACCTATCTTACTCTGTTGCGGCATCTATATAATGACCCAGGTCCACATCTAATAGTTTGCCCAGCTTCTGTGTTGGAAAATTGGGAAAGGGAACTTAAAAAATGGTGTCCTTCATTTTCAATCATCATGTTTCATGGTGCTGGAAGGACTGCCTACTCAAAGGAGTTGAGTTCATTGGGCAAAGCTGGTTATCCGCCTCCATTTAATGTCCTCCTTGTTTGTTACTCTCTCTTTGAGCGGCGGAGTGCTCAGCAAAAGGATGATCGCAAAGCACTCAAAAGATGGCGATGGAGTTGTGTGTTGATGGATGAAGCACATGTACTGAAAGATAAGGGTAGCTTCCGATGGAGAAACCTTATGGCTGTCGCACAACATGCCCGCCAACGGCTAATGCTGACAGGAACTCCCCTCCAAAATGATTTGCATGAGCTATGGTCATTGTTGGAGTTTATGATGCCTGATATATTTGCCACTGGAGATATTGATCTGAAGAAGCTGTTAAATGCAGAAGATCATGAGCTAATTTCACGTATAAAGTCCATTTTGGGGCCATTTATTCTTAGACGTTTGAAATCAGATGTTATGCAGCAACTTGTTCCAAAGATACAACATGTTAATTTCGTAACAATGGACTCAGAGCAGTTTCAAGCTTATAACTATGCCATTGATGAATACCGTGGTGCTTGTCAAGCTCGTAGCGCAAAATCCACATCCAATTTTTCTAATAATGTTGTTGGTGACAAAGATGTTGATCGAATTGCAAAGTTACTGTACCCTAAAGGTGCATTCGGTTTTGAATGTTCATTGGAAAGAGCAACCCAAGAACTTAGGAAGTACAATGATTTTGCTATCCACCAACTATTAGTTTCCTATGGTGATTCTGGTACAAAGGGTGCCCTTACAGATGAGCATGTTCTTGGATCAGCAAAGTGTCAGGCCTTAGCTGAGCTTTTACCTTCCTTAGCAAATGATGGCCACAGAGTTCTCATATTCAGCCAATGGACGACAATGCTTGATATCCTTGAATGGACACTGGAAGTAATAGGAGTTACTTATAGACGTCTTGATGGGGGATGGATCGGCAAGCTGAAGATCGCTGCCATCGCATTGGACAACAGAAACCTGCTAGTGACAAAGGGTTCGGTTGATGAAAACATATATGAGATAGCAAGGAGAAAGTTAGTATTAGATGCTGCAATTCTCCAGTCCGGAGCAGAGTTAGAAGATAGCACTGATTTGCTTGATGATACGCTTGTGACTTGGGAGGTTCTGATTGGATTTCCGTCTAAGGCAAGATGGAACATTCCAATTGTAATGCTTGAAGATTTCGCACATGATCAGCAAAATTTAATAGCTTGCTTGGAAGACAGATTCGTGTGA

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Protein seq

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsIR64_04g0022390 OsIR64_04g0022390.04 Chr04 28020054 28027721 + IsoSeq
CDS seq

CTCTTCGCGGCGGCGCTCCAGTTCTCCCACTCCTCGGAGGCCGCCCAAAATTTCCGTCCCCTCGCCTTCTCCCCCCAAATTCTCGCGCTCCCGGACCACCGCCTCCTCGCCTCCGCCCTTGGCTCCGCCTCCTCCAAAACCCTAGCCCACCAGCCGCCGCAGAAGCAGCCGCCGCCCCGATGCGGCGAGGCTACGAGGAGATCGACGACGACGAGTGGTCGAACCACAGCTTCAAGCCTTCGCGCGTCCTCAAGCGACCAAGCCGAGGCGCCCAGCCGGACTCGCAGCCTCCCCCGCCCATCGACTCCTTCCGTTACAATCCCAGGCCTTCCTCCTCCTCCGCCGCCGCCGCCGCCACCGCCACCGTCGTCCTCTCCGACGACGACGACGATTTCGAACTTGGTGAGGAGGAGCGGTTGCGCCGCGCCGGGAAGAGCACCCGCGTGCTCAATCGTCCGCAGCGGCAGCACAGCCCCCCTGGGCGGGCCCTTCCGCCCCGCGAGTCCTTCCGCTACAACCCTAAACCCGCCAAGGCCGCCGCCGCGGTGTCGGTTTCCGATGACGACGACGACGGCTTTGATCTCGAAGACGATGATTTCGACATCCCTTCTTCGAGGACCTCGCGTCCGCGCCGTACCGCTGGTCGGCGCTTGGCAACCGCCGTCGCGGACCTCTCGGAGGAAGACGACG

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Protein seq

LFAAALQFSHSSEAAQNFRPLAFSPQILALPDHRLLASALGSASSKTLAHQPPQKQPPPRCGEATRRSTTTSGRTTASSLRASSSDQAEAPSRTRSLPRPSTPSVTIPGLPPPPPPPPPPPPSSSPTTTTISNLVRRSGCAAPGRAPACSIVRSGSTAPLGGPFRPASPSATTLNPPRPPPRCRFPMTTTTALISKTMISTSLLRGPRVRAVPLVGAWQPPSRTSRRKTT

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Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source
A3 Chr04 28025042 28025274 + OsIR64_04g0022390.04,OsIR64_04g0022390.01 OsIR64_04g0022390.04,OsIR64_04g0022390.02,OsIR64_04g0022390.03,OsIR64_04g0022390.01 All
A3 Chr04 28021119 28021193 + OsIR64_04g0022390.02,OsIR64_04g0022390.01 OsIR64_04g0022390.04,OsIR64_04g0022390.02,OsIR64_04g0022390.03,OsIR64_04g0022390.01 All
A5 Chr04 28025324 28025510 + OsIR64_04g0022390.04,OsIR64_04g0022390.01 OsIR64_04g0022390.04,OsIR64_04g0022390.02,OsIR64_04g0022390.03,OsIR64_04g0022390.01 All

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 0.322897 0.669859 0.830875

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_04g0566100 RBH 3.131666 2.134357 3.293895
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os04g47830 RBH 1.621164 0.827006 0.670613
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Os04g0566100 RBH None None None
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_04g0023250 RBH 0.191174 6.491421 5.875426
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_04g0023990 RBH 0.361273 1.696257 1.969646
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_04g0023710 RBH 0.670367 3.198141 4.553027
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_04g0023470 RBH 0.277525 0.284951 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_04g0023590 RBH 3.615292 13.442984 13.310678
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_04G0446800 RBH 4.5343295 10.6168075 7.7187795
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_02g0029190 RBH 0.474930 0.827296 3.981647
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_04G0450500 RBH 3.912389 10.8651995 12.009685
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_04g0022900 RBH 0.133815 0.166895 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_04g0022730 RBH 0.796116 0.000000 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_04g0022850 RBH 1.370794 7.125419 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_04g0023250 RBH 0.136828 0.054601 0.879356
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_04g0023440 RBH 0.239615 0.477340 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_04G022670 RBH 0.661080 2.684811 1.398663
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_04g0022550 RBH 0.892458 10.426603 3.248357
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