Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsGoSa_02g0009610 | OGI:07002320 | 16/16 | GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr02:7086007-7092327 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | atggcaggcgcagagagcgcggcgggtgtggagagcgcggctccccctccgcacgtggcagcggtggctctctctccgcgcgcggcctcgccagctgggctgctcagtcccggcccagtctcttcttcgccagctgggccgctgggtgggccgtcccctccccttaggctggtggactcagctgggctgacgtgtgacttggaggagtcgccacctcttgtgccgcttgggtcgccgcctgcgctggcccatgcagcccatgtggccacctcattttctccattggccgacgacggccggggcttgctgctagcgttgccggacgccacgggttcgccagctgctgcagacgccgtcacggcctctccggtcgacgtcgtcccgccggtcgacgcgggctcgccagctgccgatgtggccaccacgtgctctccggcagccgctggcatgccggccgccgccgtggccgctgctggctcaacggctcctgctgtggtcgccccggactcgccagttgctgccgtggctgtcttcagctcgccaactgcagtggctgcctccagctcgccagctgcttcgccggttgacatcgtggccgcctcttcttcgccggctgccgccgtggtcgccttcggctcgccggctgttgtggttgcctccaactcactggttgcgggttcactggccgccgtcgtctctccggtctgtgccacttcaccggttgctgcctgccacccgccgaccgcatcttccttgctgtctggcccttcgggtggcggcccggcgttccctgccttgccgctgtgctcgcgatgttcgccgttgttggccgatgggatcgcggcctcctacgccgtgccgactggtctcttcttcgacgagctcgatgccctggccgcggagtttggtctggctgtgccttcgccacccagggtatcgcctgtgccgccgtccgcctccggtgcaggcacttctCTGccgaggactgcctgcacaccgcctactggtggggagtggctgaggcctgagtcgccgcttcctcagcaggctccaactttggtggttgatgtgcctgacggcgtcctctacgatgtgccgatggttgtccttgacctcgatggccgcccacttgcgcactcgcttccatcttttgtggcaaacaacgccgctcttcgcgccttcctcaccagctgctccaggcctctccctcctgcgctcctatcgccgcctttgccactgccgcctctcgctaccaaggcggtggaggttgtgccgaagcgcagtgagcgtatcgctgctaagatggcacttgaggcgcttgaggggccgatccacgcagtgtcgcgcgcccagcgcaacctgatgcggaagctcggcctagttccggagaggggcccggtcacggccgaggcggtcgcggcttacaacgccctcttctccaagccactttcccaggagcacatcatcgcgctctcctcgctcttctctagctccttgcccccggccaaggctgcggaggagttggtcgtgtgcggctgatcggtttcttctcttctgctctcggtgtggtccccctcaatgggatcatgcaacgagaacattttggtgtggaacgtgcgaggtctggactcgcgcgcccgccgggatgctgtgcgtgatgtagtccgtgatgagcatgtctctcttctctgtcttcaggagactattatggatgtaatCccctctcgtactattctggaaatgctaggcctcgactttgattattctttcttgcctgcggtcggtcggagtgggggggtgttgcttgcctggcggacgaccgtctggtctgtctcagatgttcaccttgcagaattctctcttaccgcgttggttcgacactcttctgatgtcgccccctggtggctctccgtcgtctatgggccacaggaggagccggacaagcttcgtttcttagatgagcttcgttcgctgcgctcctctcgcacGgggccgtgggccgtcgtaggcgatttcaacctcattctcgaagctcaggataaaaacaaccttaatctcaatcgtcgtatgatgggtcattttcgtcggctcgtcgacgagttggaactccgggagctgccgcttcacggacgtcgcttcacttggagcaatgagcgtgagtcgcccacgcttgttaagctcgaccgcgttctcttctctgtggattgggaagagcttttcccctcttgcctcctccaagcagcctcttctatcgcctctgatcactgtgctcttctccttcatacctgcgtcacctccccgaaagcgcatcgttttcattttgaggccttttggcccaagttcgacggctttcttcaagtcgtgcaggatgcctggcatccccctgccaacctaccccctcttgccgctcttgcctggtgcttctctaccacggccaagcgcttacagagctggagtgaccgtcacattggcagtgttcgtctgcagcttcagatggcgaaggaacttgtcttccggcttgatgttgcgcaggagagtcggtctatttcctccttggagacctggctgcggcgagatttaaagttgaagtatcttggtcttgcctcgcttgagcgtactatcgcgtgtcagcgttcgcgtttggtctggcttaaggagggtgacgccaataccaagttcttccacctgcacgccagagctcgtaggcGGAAgaacttcatcacacgcctttgtgatggtgaccagcttgccgtctcccatgatgcgctgcaagagctcgcctcctctcacttttgcgccatcttggggacgagcgtcgagcgtgaactcgccctagacctccactctcttggcctccgccctgcgcagcttgaggggctggactgtcccttcacagaggatgaggtctgggcggtgatcaagtccttgccctctgataaggcgcccggtcctgacggttttacgggccgtttctacaagtcttgctggccggtgatcaaggtcgaaattctggcggctcttaactccttgttcctaaccaacggccaaggtttcacttccctcaacgacgccctaatctccctcttgccgaagaaggacgaggctgttgacgttaaggatttcaggccgattagccttattcacagctttgggaagctattctccaagatcttggcctctcgtctctcccctcgcctggacgagcttgtggcgcctaatcagagcgctttcatcaagggccgctttctccatgacaacttccgctatgtccagcttgcggcaagggcgctccgcgccaaacgcgttccccgacttcttctcaaggtggatatcgcgaaggcctttgacacggtcagctggcctttcttgcttgaggtgctagcccagcttggcttcagtcaacgttggcgtgattggatctccctcattctcggtgcctcctcttcccgggtgctggttaatggggtgcaaggtccacggttcccccatcggagaggtcttcgccaaggagatcctctttCccccatgcttttcattctagtcatggatgtgctcaatgcgatgctccacaaagcctctgactcgggtggttttcttcccctcaatgatcgtgctattcgacatcgtgcatccctctacgccgatgatctagttgtcttcctttcccccgttcggcaagaccttgagttcatccaaggcatcctctttgtcttcggtgccgcttccgggcttcggaccaacttcaccaagtgctcgattactccgatcagctgctcggttcttgacctggagctggttcagtcctcttttccttgctcgatctcggagtttccctgcacctacctcggcattccactgtcagttcgcaagctgccaaaagcggccctgcaaccgcttgtggataaagtctcccatcggctccccccctggaagggccgtctaaccactctggcgggtcgctcggttctagtccagtcggttctctcttctatcccgatccatgtttctatggcgatcggcttgccaagctgggttatcaaagccattgacaagaagcgtcgcgccttcttgtggacgagtacgaactcggccaatgggggacagtgccgggtgtcctggacgagggtttgtcgtcctagggatctcggtggactgggcattccagatctccgggtggctggttttgccttcaaagtttgctggctctggcttcagcgctcgggacacccctactgatctgatctgaaggcccctgttgagcggagcatctccgatatgttcgcagcatccaccttctctatcctgggagatggtcaatccacgctcttctggactgatcggtggatcgatggtcgctcgatagcttctatagctcctgacctcctccacgtcgtgcctccacgcttccggggatcgcgcacagttgctgctgggttagcgaacaactcctgggttggtgacatacatggcgccctcactgtcccggtcatctctcagttcctgttagtctgggacgcggtggttcctacccagctctcgccgagtgttgaggatcacctcgtctggcgttggacgggtgaccagtgctactcagcgcaatcggcgtatcaggcgttcttccttggccagcactcttttgcctgtgccgacttactctggcacgcgaagggtcctgctaaatgcaagttcttcctttggtttgcatttcagcagcattgctggactgccgatcttctccaaaagcgtggtatcgatagccactctgcttgccccttttgcgctcaggagcttgagacagcaaaccacatcctcatcgattgcgtgttcgctcggcaggtctggctccgtatgttgtcccctcctggctgggctgccctctctccccctcgtggcagctggctccaggattggtggtcatcctccagggtatgtttacctgagcaccttcgcagcggcttcaactccttggtactcctagtctcctggcagctgtggaagga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| CDS seq | atggcaggcgcagagagcgcggcgggtgtggagagcgcggctccccctccgcacgtggcagcggtggctctctctccgcgcgcggcctcgccagctgggctgctcagtcccggcccagtctcttcttcgccagctgggccgctgggtgggccgtcccctccccttaggctggtggactcagctgggctgacgtgtgacttggaggagtcgccacctcttgtgccgcttgggtcgccgcctgcgctggcccatgcagcccatgtggccacctcattttctccattggccgacgacggccggggcttgctgctagcgttgccggacgccacgggttcgccagctgctgcagacgccgtcacggcctctccggtcgacgtcgtcccgccggtcgacgcgggctcgccagctgccgatgtggccaccacgtgctctccggcagccgctggcatgccggccgccgccgtggccgctgctggctcaacggctcctgctgtggtcgccccggactcgccagttgctgccgtggctgtcttcagctcgccaactgcagtggctgcctccagctcgccagctgcttcgccggttgacatcgtggccgcctcttcttcgccggctgccgccgtggtcgccttcggctcgccggctgttgtggttgcctccaactcactggttgcgggttcactggccgccgtcgtctctccggtctgtgccacttcaccggttgctgcctgccacccgccgaccgcatcttccttgctgtctggcccttcgggtggcggcccggcgttccctgccttgccgctgtgctcgcgatgttcgccgttgttggccgatgggatcgcggcctcctacgccgtgccgactggtctcttcttcgacgagctcgatgccctggccgcggagtttggtctggctgtgccttcgccacccagggtatcgcctgtgccgccgtccgcctccggtgcaggcacttctCTGccgaggactgcctgcacaccgcctactggtggggagtggctgaggcctgagtcgccgcttcctcagcaggctccaactttggtggttgatgtgcctgacggcgtcctctacgatgtgccgatggttgtccttgacctcgatggccgcccacttgcgcactcgcttccatcttttgtggcaaacaacgccgctcttcgcgccttcctcaccagctgctccaggcctctccctcctgcgctcctatcgccgcctttgccactgccgcctctcgctaccaaggcggtggaggttgtgccgaagcgcagtgagcgtatcgctgctaagatggcacttgaggcgcttgaggggccgatccacgcagtgtcgcgcgcccagcgcaacctgatgcggaagctcggcctagttccggagaggggcccggtcacggccgaggcggtcgcggcttacaacgccctcttctccaagccactttcccaggagcacatcatcgcgctctcctcgctcttctctagctccttgcccccggccaaggctgcggaggagttggtcgtgccaaacaatggcaaaagaaagacccaaaaatctgaacgatataataatgtctgccaactgaaggtgcagtag
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| Protein seq | MAGAESAAGVESAAPPPHVAAVALSPRAASPAGLLSPGPVSSSPAGPLGGPSPPLRLVDSAGLTCDLEESPPLVPLGSPPALAHAAHVATSFSPLADDGRGLLLALPDATGSPAAADAVTASPVDVVPPVDAGSPAADVATTCSPAAAGMPAAAVAAAGSTAPAVVAPDSPVAAVAVFSSPTAVAASSSPAASPVDIVAASSSPAAAVVAFGSPAVVVASNSLVAGSLAAVVSPVCATSPVAACHPPTASSLLSGPSGGGPAFPALPLCSRCSPLLADGIAASYAVPTGLFFDELDALAAEFGLAVPSPPRVSPVPPSASGAGTSLPRTACTPPTGGEWLRPESPLPQQAPTLVVDVPDGVLYDVPMVVLDLDGRPLAHSLPSFVANNAALRAFLTSCSRPLPPALLSPPLPLPPLATKAVEVVPKRSERIAAKMALEALEGPIHAVSRAQRNLMRKLGLVPERGPVTAEAVAAYNALFSKPLSQEHIIALSSLFSSSLPPAKAAEELVVPNNGKRKTQKSERYNNVCQLKVQ |
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| Function | - | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsGoSa_02g0009610 | OsGoSa_02g0009610.01 | Chr02 | 7086007 | 7092327 | + | NAM | ||
| CDS seq | atggcaggcgcagagagcgcggcgggtgtggagagcgcggctccccctccgcacgtggcagcggtggctctctctccgcgcgcggcctcgccagctgggctgctcagtcccggcccagtctcttcttcgccagctgggccgctgggtgggccgtcccctccccttaggctggtggactcagctgggctgacgtgtgacttggaggagtcgccacctcttgtgccgcttgggtcgccgcctgcgctggcccatgcagcccatgtggccacctcattttctccattggccgacgacggccggggcttgctgctagcgttgccggacgccacgggttcgccagctgctgcagacgccgtcacggcctctccggtcgacgtcgtcccgccggtcgacgcgggctcgccagctgccgatgtggccaccacgtgctctccggcagccgctggcatgccggccgccgccgtggccgctgctggctcaacggctcctgctgtggtcgccccggactcgccagttgctgccgtggctgtcttcagctcgccaactgcagtggctgcctccagctcgccagctgcttcgccggttgacatcgtggccgcctcttcttcgccggctgccgccgtggtcgccttcggctcgccggctgttgtggttgcctccaactcactggttgcgggttcactggccgccgtcgtctctccggtctgtgccacttcaccggttgctgcctgccacccgccgaccgcatcttccttgctgtctggcccttcgggtggcggcccggcgttccctgccttgccgctgtgctcgcgatgttcgccgttgttggccgatgggatcgcggcctcctacgccgtgccgactggtctcttcttcgacgagctcgatgccctggccgcggagtttggtctggctgtgccttcgccacccagggtatcgcctgtgccgccgtccgcctccggtgcaggcacttctCTGccgaggactgcctgcacaccgcctactggtggggagtggctgaggcctgagtcgccgcttcctcagcaggctccaactttggtggttgatgtgcctgacggcgtcctctacgatgtgccgatggttgtccttgacctcgatggccgcccacttgcgcactcgcttccatcttttgtggcaaacaacgccgctcttcgcgccttcctcaccagctgctccaggcctctccctcctgcgctcctatcgccgcctttgccactgccgcctctcgctaccaaggcggtggaggttgtgccgaagcgcagtgagcgtatcgctgctaagatggcacttgaggcgcttgaggggccgatccacgcagtgtcgcgcgcccagcgcaacctgatgcggaagctcggcctagttccggagaggggcccggtcacggccgaggcggtcgcggcttacaacgccctcttctccaagccactttcccaggagcacatcatcgcgctctcctcgctcttctctagctccttgcccccggccaaggctgcggaggagttggtcgtgccaaacaatggcaaaagaaagacccaaaaatctgaacgatataataatgtctgccaactgaaggtgcagtag
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| Protein seq | MAGAESAAGVESAAPPPHVAAVALSPRAASPAGLLSPGPVSSSPAGPLGGPSPPLRLVDSAGLTCDLEESPPLVPLGSPPALAHAAHVATSFSPLADDGRGLLLALPDATGSPAAADAVTASPVDVVPPVDAGSPAADVATTCSPAAAGMPAAAVAAAGSTAPAVVAPDSPVAAVAVFSSPTAVAASSSPAASPVDIVAASSSPAAAVVAFGSPAVVVASNSLVAGSLAAVVSPVCATSPVAACHPPTASSLLSGPSGGGPAFPALPLCSRCSPLLADGIAASYAVPTGLFFDELDALAAEFGLAVPSPPRVSPVPPSASGAGTSLPRTACTPPTGGEWLRPESPLPQQAPTLVVDVPDGVLYDVPMVVLDLDGRPLAHSLPSFVANNAALRAFLTSCSRPLPPALLSPPLPLPPLATKAVEVVPKRSERIAAKMALEALEGPIHAVSRAQRNLMRKLGLVPERGPVTAEAVAAYNALFSKPLSQEHIIALSSLFSSSLPPAKAAEELVVPNNGKRKTQKSERYNNVCQLKVQ
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|
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.000000 | 0.0 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | NA | NA | NA | NA | NA |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_07g0028020 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_07g0028060 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_02g0020730 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_02g0020480 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_02g0020400 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_07G0015000 | RBH | 0.001985 | 0.003533 | 0 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_09g0005790 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.024793 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_09G0138500 | SBH | 0 | 0 | 0 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_09g0005540 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_09g0005440 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_09g0005400 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_02g0009620 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.000000 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_09g0005400 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_09G005620 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_02g0020490 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
