Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsGoSa_02g0004090 | OGI:02009090 | 16/16 | GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr02:2843304-2847257 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | atggcttgccgcctgcttctccgccgctgcctctcagccgcggccgcgtcggcggcggcgcggttcgccgtgaggcacgcccacggggagcttgaagtgagcggatgcagcgcccgcatccgcgatctcggccgcctcggccgcgtgggggaggccagggaggtgttcgacgcgatgccgcgccgggacatcatcgcctggaactccatgatctctgcctactgccacaacgggatgcccgacgccgcgagggacctctacaacgccatctccggcgggaacatgcgcacgggcgccatcctcctgtcgggctacggccgcctcggccgcgtgctcgaggctcgcagggtgttcgatggaatgctcgagcggaacaccgtggcgtggaacgccatgatcagctgctatgtccagaacggggatatcactatggcacgaaggctgttcgatgcaatgccgagcagagatgtctcatcatggaactcgatgcttactgggtattgccacagtttaCagatggtggatgcaaggaatctgtttgagaaaatgccagagcgcaatttggtttcgtggacagtaatgatttctgggtacggtcgaatcgagaaccatgggaaggcttgggacatcttctgtaagatgcaccgtgaaggactgctaccagaccagtccaattttgcctctgcgctctcagcagttaagggtcttggaaaccttgatgttctagagagcctccgtgttcttgccctcaagacaggctttgagagggatgtggtcatcggcacagcaatactaaatgtgtattcaagggacacgagtgtgcttgacactgcaataaaattctttgagagtatgattgaaaggaatgagtacacatggtcaaccatgattgcagctttatctcatggaggccgaatagatgctgctattgctgtctatgaaagagaccctgtaaaatcaattgcttgtcggactgcacttatcacaggccttgctcaatgtggtaggattgatgatgcacggattttaTttgaacagattccagaacctattgttgtgtcctggaacgccctgattactgggtacatgcagaatggaatggttaatgaggcaaaggagttgtttgataagatgccttttcggaacacaatatcttgggctgggatgattgcGgggtatgcacaaaatgggagaagtgaagaagctctgggtttacttcaagagctccataggagtgggatgttgcctagcctatctagtttgactagtatcttctttgcttgttcaaatattgtggcacttgagacaggaacacaagtgcattcccttgcagtaaaggttggttgccagttcaatagctttgcatgtaatgcactcattactatgtatggcaagtgcagaaacatggagtacgcaagacaagtattcagccgaatggtaactaaggatattgtgtcatggaactctttccttgctgcacttgtgcagaatgatctgttggatgaggccagaaacacatttgacaatatgctcagtcgggacgatgtttcttggactaccataatatctgcgtatgcacatgctgagcaatccaatgaggccatgggggctttcaaaacaatgttttgtgaacatgagttacccAactcaccaattttaactatacttcttggtgtatgtgggagtctaggtgcttctaagaTtgggcagcaaatccacactgtagctattaaacttggaatggattcagaacttatagtagccaatgctctcatatcaatgtatttcaagtgtggctgtgcagattctcgtaggatttttgatctaatggaggagcgagatatttttacatggaataccatcattacgggttatgcacaacatgggcttggaagagaagccatcaagatgtatcaacatatggaatctgctggggtgttaccgaatgaggttacctttgtggggcttttaaatgcatgcagccatgctggtttggtagatgaaggatggaagtttttcaagtcaatgagccaagattatggactaactcctctgccggaacactatgcttgcatggttgacctgcttgggcgaacaggtgatgtgcaaggagcggaacaatttatttatgatatgCccattgagccagatacagtgatttggagtgctcttcttggggcatgcaagattcacaagaatgcagaaattggtaaaagagctgctgagaaactcttcagaattgagccatcgaatgctggcaactatgttatgttgtcaaatatatattcttccctagggatgtggggtgaagttgcagaggtacgaaaaattatgaagcaacaaggtgtgataaaagagCctggttgcagctggacacagataaaagacaaaatgcactcctttgtcactggcgataagcagcatgagcagattgaagagatagttgctaccctcgaagaactgtacactttgttaaaggctacaggctatgtgcctgacacagaatttgttctccatgacattgatgaagagcagaaggagagctcccttttgtaccacagtgagaagcttgctgttgcttattgccttcttgctacacctaagggcatgcctatacagatactgaagaaccttagaATatgtggtgactgtcatacttttatcaagtttgtatctcatgtcaccaagagacaaattgacattagggatggaaatcggttccatcattttaggaacggtagctgctcctgtgaagatttttggtgatatattttgacttcagatgtgatattggcatattgccacttcagatgtttttattgagttgtagaatacagagcagattgcattttgggtgcaatgttcaaatggtgaacagttcgccatgagccctggtattcctgccattgccattctccacgtcacaacatgaatcgacacctggtgagtgcctaacatatttggctatctagtttgcttttcaggtagtgaatctctcttgaacagacaacttttaaatcaaggtccaatgaaatgttaatttatgttggcactgtgatgTtttagtcaacagttaatgtactagcagctatctctgctacctcttacaggtggctcagaagaacagccagctaatagctcaccttgtatgagatatactcatcatagggtaggatatttggtcactaactttacttgttgaaatacatcaaccgacaaaaacatttgttggtgactctgaaccttgttcggtctattttgagtcagatgaaatgaaagcatgcattgtaacttctggagacctttgcctggagcctaacactcgtcagagtttgtggcttttcagacatgtactacgccaatagattcctgggatacaggtttgtgctcgcttctaaaatggcaatgtgttacactgataaatactaggttaatgctacaattgaatttttcagacgtattaaatctttttttcctctaaaattattatcttttgttcaaaaaggatgtccagcttacttaaggttttatattattttcagagcttatcaagaatttcatcttaaaagaactaatatgcatgctgaccgtatatgtgttgttcttaccacgattccagatcttctcTCAtgacatgtgactactaatgatataagggatacactgagatggttacggtgaaaaaaaGaaaaagaaaatgttgacaacattcaggatcgtagagttaatcaggtaatgatgattgtttaagttgtaccattgtgatatacagctgttttgattgcgcatggacttgtatgcttgtacagttgtacaccatgtcagatcagagctgtaggagatttgaacacgagattgcagagtcatatggtgcaggccaatgagtggatgaagaccccgacaaatgataagtatgtttcagaatttcctttgtcattgaagatactgagttga
More
|
||||||||||
| CDS seq | atggcttgccgcctgcttctccgccgctgcctctcagccgcggccgcgtcggcggcggcgcggttcgccgtgaggcacgcccacggggagcttgaagtgagcggatgcagcgcccgcatccgcgatctcggccgcctcggccgcgtgggggaggccagggaggtgttcgacgcgatgccgcgccgggacatcatcgcctggaactccatgatctctgcctactgccacaacgggatgcccgacgccgcgagggacctctacaacgccatctccggcgggaacatgcgcacgggcgccatcctcctgtcgggctacggccgcctcggccgcgtgctcgaggctcgcagggtgttcgatggaatgctcgagcggaacaccgtggcgtggaacgccatgatcagctgctatgtccagaacggggatatcactatggcacgaaggctgttcgatgcaatgccgagcagagatgtctcatcatggaactcgatgcttactgggtattgccacagtttaCagatggtggatgcaaggaatctgtttgagaaaatgccagagcgcaatttggtttcgtggacagtaatgatttctgggtacggtcgaatcgagaaccatgggaaggcttgggacatcttctgtaagatgcaccgtgaaggactgctaccagaccagtccaattttgcctctgcgctctcagcagttaagggtcttggaaaccttgatgttctagagagcctccgtgttcttgccctcaagacaggctttgagagggatgtggtcatcggcacagcaatactaaatgtgtattcaagggacacgagtgtgcttgacactgcaataaaattctttgagagtatgattgaaaggaatgagtacacatggtcaaccatgattgcagctttatctcatggaggccgaatagatgctgctattgctgtctatgaaagagaccctatgccttttcggaacacaatatcttgggctgggatgattgcGgggtatgcacaaaatgggagaagtgaagaagctctgggtttacttcaagagctccataggagtgggatgttgcctagcctatctagtttgactagtatcttctttgcttgttcaaatattgtggcacttgagacaggaacacaagtgcattcccttgcagtaaaggttggttgccagttcaatagctttgcatgtaatgcactcattactatgtatggcaagtgcagaaacatggagtacgcaagacaagtattcagccgaatggtaactaaggatattgtgtcatggaactctttccttgctgcacttgtgcagaatgatctgttggatgaggccagaaacacatttgacaatatgctcagtcgggacgatgtttcttggactaccataatatctgcgtatgcacatgctgagcaatccaatgaggccatgggggctttcaaaacaatgttttgtgaacatgagttacccAactcaccaattttaactatacttcttggtgtatgtgggagtctaggtgcttctaagaTtgggcagcaaatccacactgtagctattaaacttggaatggattcagaacttatagtagccaatgctctcatatcaatgtatttcaagtgtggctgtgcagattctcgtaggatttttgatctaatggaggagcgagatatttttacatggaataccatcattacgggttatgcacaacatgggcttggaagagaagccatcaagatgtatcaacatatggaatctgctggggtgttaccgaatgaggttacctttgtggggcttttaaatgcatgcagccatgctggtttggtagatgaaggatggaagtttttcaagtcaatgagccaagattatggactaactcctctgccggaacactatgcttgcatggttgacctgcttgggcgaacaggtgatgtgcaaggagcggaacaatttatttatgatatgCccattgagccagatacagtgatttggagtgctcttcttggggcatgcaagattcacaagaatgcagaaattggtaaaagagctgctgagaaactcttcagaattgagccatcgaatgctggcaactatgttatgttgtcaaatatatattcttccctagggatgtggggtgaagttgcagaggtacgaaaaattatgaagcaacaaggtgtgataaaagagCctggttgcagctggacacagataaaagacaaaatgcactcctttgtcactggcgataagcagcatgagcagattgaagagataatcagagctgtaggagatttgaacacgagattgcagagtcatatggtgcaggccaatgagtggatgaagaccccgacaaatgataagtatgtttcagaatttcctttgtcattgaagatactgagttga
More
|
||||||||||
| Protein seq | MACRLLLRRCLSAAAASAAARFAVRHAHGELEVSGCSARIRDLGRLGRVGEAREVFDAMPRRDIIAWNSMISAYCHNGMPDAARDLYNAISGGNMRTGAILLSGYGRLGRVLEARRVFDGMLERNTVAWNAMISCYVQNGDITMARRLFDAMPSRDVSSWNSMLTGYCHSLQMVDARNLFEKMPERNLVSWTVMISGYGRIENHGKAWDIFCKMHREGLLPDQSNFASALSAVKGLGNLDVLESLRVLALKTGFERDVVIGTAILNVYSRDTSVLDTAIKFFESMIERNEYTWSTMIAALSHGGRIDAAIAVYERDPMPFRNTISWAGMIAGYAQNGRSEEALGLLQELHRSGMLPSLSSLTSIFFACSNIVALETGTQVHSLAVKVGCQFNSFACNALITMYGKCRNMEYARQVFSRMVTKDIVSWNSFLAALVQNDLLDEARNTFDNMLSRDDVSWTTIISAYAHAEQSNEAMGAFKTMFCEHELPNSPILTILLGVCGSLGASKIGQQIHTVAIKLGMDSELIVANALISMYFKCGCADSRRIFDLMEERDIFTWNTIITGYAQHGLGREAIKMYQHMESAGVLPNEVTFVGLLNACSHAGLVDEGWKFFKSMSQDYGLTPLPEHYACMVDLLGRTGDVQGAEQFIYDMPIEPDTVIWSALLGACKIHKNAEIGKRAAEKLFRIEPSNAGNYVMLSNIYSSLGMWGEVAEVRKIMKQQGVIKEPGCSWTQIKDKMHSFVTGDKQHEQIEEIIRAVGDLNTRLQSHMVQANEWMKTPTNDKYVSEFPLSLKILS |
||||||||||
| Function | Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02750 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9SY02] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsGoSa_02g0004090 | OsGoSa_02g0004090.01 | Chr02 | 2843304 | 2847257 | + | NAM | ||
| CDS seq | atggcttgccgcctgcttctccgccgctgcctctcagccgcggccgcgtcggcggcggcgcggttcgccgtgaggcacgcccacggggagcttgaagtgagcggatgcagcgcccgcatccgcgatctcggccgcctcggccgcgtgggggaggccagggaggtgttcgacgcgatgccgcgccgggacatcatcgcctggaactccatgatctctgcctactgccacaacgggatgcccgacgccgcgagggacctctacaacgccatctccggcgggaacatgcgcacgggcgccatcctcctgtcgggctacggccgcctcggccgcgtgctcgaggctcgcagggtgttcgatggaatgctcgagcggaacaccgtggcgtggaacgccatgatcagctgctatgtccagaacggggatatcactatggcacgaaggctgttcgatgcaatgccgagcagagatgtctcatcatggaactcgatgcttactgggtattgccacagtttaCagatggtggatgcaaggaatctgtttgagaaaatgccagagcgcaatttggtttcgtggacagtaatgatttctgggtacggtcgaatcgagaaccatgggaaggcttgggacatcttctgtaagatgcaccgtgaaggactgctaccagaccagtccaattttgcctctgcgctctcagcagttaagggtcttggaaaccttgatgttctagagagcctccgtgttcttgccctcaagacaggctttgagagggatgtggtcatcggcacagcaatactaaatgtgtattcaagggacacgagtgtgcttgacactgcaataaaattctttgagagtatgattgaaaggaatgagtacacatggtcaaccatgattgcagctttatctcatggaggccgaatagatgctgctattgctgtctatgaaagagaccctatgccttttcggaacacaatatcttgggctgggatgattgcGgggtatgcacaaaatgggagaagtgaagaagctctgggtttacttcaagagctccataggagtgggatgttgcctagcctatctagtttgactagtatcttctttgcttgttcaaatattgtggcacttgagacaggaacacaagtgcattcccttgcagtaaaggttggttgccagttcaatagctttgcatgtaatgcactcattactatgtatggcaagtgcagaaacatggagtacgcaagacaagtattcagccgaatggtaactaaggatattgtgtcatggaactctttccttgctgcacttgtgcagaatgatctgttggatgaggccagaaacacatttgacaatatgctcagtcgggacgatgtttcttggactaccataatatctgcgtatgcacatgctgagcaatccaatgaggccatgggggctttcaaaacaatgttttgtgaacatgagttacccAactcaccaattttaactatacttcttggtgtatgtgggagtctaggtgcttctaagaTtgggcagcaaatccacactgtagctattaaacttggaatggattcagaacttatagtagccaatgctctcatatcaatgtatttcaagtgtggctgtgcagattctcgtaggatttttgatctaatggaggagcgagatatttttacatggaataccatcattacgggttatgcacaacatgggcttggaagagaagccatcaagatgtatcaacatatggaatctgctggggtgttaccgaatgaggttacctttgtggggcttttaaatgcatgcagccatgctggtttggtagatgaaggatggaagtttttcaagtcaatgagccaagattatggactaactcctctgccggaacactatgcttgcatggttgacctgcttgggcgaacaggtgatgtgcaaggagcggaacaatttatttatgatatgCccattgagccagatacagtgatttggagtgctcttcttggggcatgcaagattcacaagaatgcagaaattggtaaaagagctgctgagaaactcttcagaattgagccatcgaatgctggcaactatgttatgttgtcaaatatatattcttccctagggatgtggggtgaagttgcagaggtacgaaaaattatgaagcaacaaggtgtgataaaagagCctggttgcagctggacacagataaaagacaaaatgcactcctttgtcactggcgataagcagcatgagcagattgaagagataatcagagctgtaggagatttgaacacgagattgcagagtcatatggtgcaggccaatgagtggatgaagaccccgacaaatgataagtatgtttcagaatttcctttgtcattgaagatactgagttga
More
|
|||||||
| Protein seq | MACRLLLRRCLSAAAASAAARFAVRHAHGELEVSGCSARIRDLGRLGRVGEAREVFDAMPRRDIIAWNSMISAYCHNGMPDAARDLYNAISGGNMRTGAILLSGYGRLGRVLEARRVFDGMLERNTVAWNAMISCYVQNGDITMARRLFDAMPSRDVSSWNSMLTGYCHSLQMVDARNLFEKMPERNLVSWTVMISGYGRIENHGKAWDIFCKMHREGLLPDQSNFASALSAVKGLGNLDVLESLRVLALKTGFERDVVIGTAILNVYSRDTSVLDTAIKFFESMIERNEYTWSTMIAALSHGGRIDAAIAVYERDPMPFRNTISWAGMIAGYAQNGRSEEALGLLQELHRSGMLPSLSSLTSIFFACSNIVALETGTQVHSLAVKVGCQFNSFACNALITMYGKCRNMEYARQVFSRMVTKDIVSWNSFLAALVQNDLLDEARNTFDNMLSRDDVSWTTIISAYAHAEQSNEAMGAFKTMFCEHELPNSPILTILLGVCGSLGASKIGQQIHTVAIKLGMDSELIVANALISMYFKCGCADSRRIFDLMEERDIFTWNTIITGYAQHGLGREAIKMYQHMESAGVLPNEVTFVGLLNACSHAGLVDEGWKFFKSMSQDYGLTPLPEHYACMVDLLGRTGDVQGAEQFIYDMPIEPDTVIWSALLGACKIHKNAEIGKRAAEKLFRIEPSNAGNYVMLSNIYSSLGMWGEVAEVRKIMKQQGVIKEPGCSWTQIKDKMHSFVTGDKQHEQIEEIIRAVGDLNTRLQSHMVQANEWMKTPTNDKYVSEFPLSLKILS
More
|
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.000000 | 5.220460 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_02g0697500 | SBH | 1.695597 | 2.177579 | 2.329422 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os02g05720 | RBH | 0.282516 | 0.230334 | 0.089298 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os02g0697500 | SBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_02g0003950 | RBH | 0.313741 | 1.096132 | 1.438521 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_02g0004040 | RBH | 0.000000 | 0.000000 | 0.482410 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_02g0003980 | RBH | 0.0 | 1.597343 | 2.412932 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_02g0003810 | RBH | 0.028114 | 0.051017 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_02g0003960 | RBH | 0.716521 | 5.908785 | 4.829569 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_02G0048000 | RBH | 0.5872215 | 1.231502 | 0.8116715 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_02g0003880 | RBH | 0.021490 | 0.054893 | 0.126535 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_02G0050000 | RBH | 0.9161745 | 2.1209765 | 6.345676 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_02g0004020 | RBH | 0.094534 | 0.0 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_02g0003830 | RBH | 0.063120 | 3.509796 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_06g0027070 | RBH | 2.116562 | 8.509766 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_02g0004060 | RBH | 0.000000 | 0.248817 | 0.096282 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_02g0003860 | RBH | 0.000000 | 1.891962 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_02G003900 | RBH | 0.084851 | 1.486728 | 0.574143 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_02g0003840 | RBH | 0.162812 | 1.354247 | 1.600036 |
