Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsCMeo_05g0026820 | OGI:05075950 | 16/16 | CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr05:28517677-28525005 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | 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| Protein seq | MLQRNMVWTHQVASPENQVQPESFYHGGAGSNLSNLSVQVAVGVPGNTDFRSHYESINLQHQHVQNPYPHVGVASSSVFPSTMYNPCISTTAVDRYVPPIQSFGLGNPLLLPLYHQLAQGSMDENGSSGNFCDSVREFIKRKNALLVGGHHFVNSFASSSSSAYVPPNPLHRSWNASFEANILPSTGVSNPPEYSSADSLNNSNSMASHPELVHHGNYVFPAGHMSQYNAWIAQASRTGGVPQWEHGNAAANPPGGFVHSGTIDMPNGGLQGYQAGPFANYYGPLPHFHQNPLNSMQHPALFNHIQMQVPHQHCLSNNLLHHPSGNGLPLDPRILAISSNSGHTFGPTAQPSLANQVNAGSSRIQPYENAPFVDLSRLYEAGVIDEHRDMRLDVDSMTYEELVALEERIGNVNSGFTESYIEENLKSSSYVPDADCMPDQSSVEKDACIICQEEYEAKELVGTLGCGHKYHAMCIKGWLMVKNLCPICKTTALPADRRNG |
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| Function | Probable E3 ubiquitin-protein ligase ZFP1 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q5QLR5] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsCMeo_05g0026820 | OsCMeo_05g0026820.01 | Chr05 | 28517677 | 28525005 | + | NAM | ||
| CDS seq | atgttacaaagaaatatggtgtggacacatcaagttgccagtcctgaaaaccaagttcaacctgaaagtttctatcatggaggtgctgggagcaacttatctaacctgagtgtgcaagttgctgttggagttccaggaaatactgatttccggagtcactatgagagcattaatcttcagcaccagcatgttcagaatccatacccacatgtgggtgttgcttcaagttctgtgttcccatctactatgtacaacccctgcatatcaacaacagcagtggacagatatgttcctcctattcaaagttttggattgggcaatccactactactgcctttatatcatcaacttgctcaaggatccatggatgagaacggcagcagtggcaatttttgtgacagcgtcagggaatttatcaagaggaaaaatgcattacttgtgggtggccatcattttgttaatagttttgcaagctcaagctcatctgcttatgtgcctccaaatcctttacataggtcatggaacgcttcatttgaagcaaatatcctacccagcactggagtttccaatccaccagagtactcttctgcagattcactgaacaattccaattcgatggcttcacatccagaattggtgcatcatggcaattatgtatttccagctggtcacatgagccaatacaatgcatggattgcacaggcaagcagaactggtggagtaccacagtgggaacatggcaatgcagcggctaatcctccaggtggatttgttcattctggaaccatagacatgccaaatggaggtcttcagggataccaagctggcccttttgccaattattatgggcctctgccccatttccaccaaaatcctctgaatagcatgcagcatcctgctctatttaatcatatccaaatgcaagtacctcatcaacattgcctcagtaacaatttattgcatcacccttctggcaatggcctccccttggatccaagaattctggcaatttcatccaattctgggcatacctttgggcctacagctcagccatctttagcaaaccaagttaatgctgggagttcgagaattcagccatatgagaatgctccgttcgtggatctttcgagattgtatgaagcaggagttattgatgaacatagagatatgcggcttgatgtagacagcatgacttatgaggagcttgtagcgttggaggagcggattggaaatgttaatagtggttttacagaaagctacattgaggaaaatttgaagtcaagttcttatgtcccggacgctgattgcatgcctgatcagtcttctgtggagaaggatgcttgcataatctgccaggaggaatatgaggctaaagaactcgttggaacccttggttgtggtcacaagtaccatgcgatgtgcataaaagggtggctgatggtgaagaacctgtgccccatctgcaaaacaacagctttgccagctgatagaagaaacggatga
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsCMeo_05g0026820 | OsCMeo_05g0026820.02 | Chr05 | 28517704 | 28525005 | + | NAM | ||
| CDS seq | atgttacaaagaaatatggtgtggacacatcaagttgccagtcctgaaaaccaagttcaacctgaaagtttctatcatggaggtgctgggagcaacttatctaacctgagtgtgcaagttgctgttggagttccaggaaatactgatttccggagtcactatgagagcattaatcttcagcaccagcatgttcagaatccatacccacatgtgggtgttgcttcaagttctgtgttcccatctactatgtacaacccctgcatatcaacaacagcagtggacagatatgttcctcctattcaaagttttggattgggcaatccactactactgcctttatatcatcaacttgctcaaggatccatggatgagaacggcagcagtggcaatttttgtgacagcgtcagggaatttatcaagaggaaaaatgcattacttgtgggtggccatcattttgttaatagttttgcaagctcaagctcatctgcttatgtgcctccaaatcctttacataggtcatggaacgcttcatttgaagcaaatatcctacccagcactggagtttccaatccaccagagtactcttctgcagattcactgaacaattccaattcgatggcttcacatccagaattggtgcatcatggcaattatgtatttccagctggtcacatgagccaatacaatgcatggattgcacaggcaagcagaactggtggagtaccacagtgggaacatggcaatgcagcggctaatcctccaggtggatttgttcattctggaaccatagacatgccaaatggaggtcttcagggataccaagctggcccttttgccaattattatgggcctctgccccatttccaccaaaatcctctgaatagcatgcagcatcctgctctatttaatcatatccaaatgcaagtacctcatcaacattgcctcagtaacaatttattgcatcacccttctggcaatggcctccccttggatccaagaattctggcaatttcatccaattctgggcatacctttgggcctacagctcagccatctttagcaaaccaagttaatgctgggagttcgagaattcagccatatgagaatgctccgttcgtggatctttcgagattgtatgaagcaggagttattgatgaacatagagatatgcggcttgatgtagacagcatgacttatgaggagcttgtagcgttggaggagcggattggaaatgttaatagtggttttacagaaagctacattgaggaaaatttgaagtcaagttcttatgtcccggacgctgattgcatgcctgatcagtcttctgtggagaaggatgcttgcataatctgccaggaggaatatgaggctaaagaactcgttggaacccttggttgtggtcacaagtaccatgcgatgtgcataaaagggtggctgatggtgaagaacctgtgccccatctgcaaaacaacagctttgccagctgatagaagaaacggatga
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| Protein seq | MLQRNMVWTHQVASPENQVQPESFYHGGAGSNLSNLSVQVAVGVPGNTDFRSHYESINLQHQHVQNPYPHVGVASSSVFPSTMYNPCISTTAVDRYVPPIQSFGLGNPLLLPLYHQLAQGSMDENGSSGNFCDSVREFIKRKNALLVGGHHFVNSFASSSSSAYVPPNPLHRSWNASFEANILPSTGVSNPPEYSSADSLNNSNSMASHPELVHHGNYVFPAGHMSQYNAWIAQASRTGGVPQWEHGNAAANPPGGFVHSGTIDMPNGGLQGYQAGPFANYYGPLPHFHQNPLNSMQHPALFNHIQMQVPHQHCLSNNLLHHPSGNGLPLDPRILAISSNSGHTFGPTAQPSLANQVNAGSSRIQPYENAPFVDLSRLYEAGVIDEHRDMRLDVDSMTYEELVALEERIGNVNSGFTESYIEENLKSSSYVPDADCMPDQSSVEKDACIICQEEYEAKELVGTLGCGHKYHAMCIKGWLMVKNLCPICKTTALPADRRNG
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|
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
| SE | Chr05 | 28517810 | 28521880 | + | OsCMeo_05g0026820.02 | OsCMeo_05g0026820.02,OsCMeo_05g0026820.01 | All |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 2.569405 | 2.810185 | 8.560080 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_05g0564300 | RBH | 0.757310 | 0.783732 | 5.800966 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os05g48970 | RBH | 0.719839 | 0.640478 | 1.523454 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os05g0564300 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_05g0027030 | RBH | 1.310356 | 12.736555 | 6.228155 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_05g0026830 | RBH | 0.242548 | 2.107711 | 3.165717 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_01g0028410 | RBH | 2.671286 | 18.164274 | 52.773811 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_05g0026880 | RBH | 0.230824 | 0.397137 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_05g0026810 | RBH | 8.758649 | 16.484339 | 15.010921 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_05G0437200 | RBH | 9.86481 | 12.355026 | 10.918755 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_05g0026460 | RBH | 0.463729 | 1.070658 | 1.326842 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_05G0449100 | RBH | 9.572123 | 10.161505 | 22.4461565 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_05g0026650 | RBH | 0.211532 | 0.321449 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_05g0026530 | RBH | 1.349979 | 6.264212 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_05g0026720 | RBH | 8.804762 | 21.326765 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_05g0026770 | RBH | 1.419331 | 0.379622 | 1.541185 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_05g0026770 | RBH | 0.500465 | 2.875798 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_05G026250 | RBH | 0.570169 | 2.679914 | 2.266896 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_05g0026780 | RBH | 1.610870 | 13.898744 | 7.429469 |
