Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsCMeo_04g0001150 | OGI:04005190 | 16/16 | CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr04:1473367-1491775 | ||||||||
| Gene Symbol | OsSub35, SUB35, OsSub36, SUB36, OsSub37, SUB37, OsSub38, SUB38 | ||||||||||
| DNA seq | 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| Function | Subtilisin-like protease SBT3.8 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9SZY3] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsCMeo_04g0001150 | OsCMeo_04g0001150.02 | Chr04 | 1477299 | 1491763 | + | NAM | ||
| CDS seq | atgtcggtagcatcggccacaatagaccgtgctttcccgactgttatcacactttccgacagcaccagtagctttgtgggtcaatctttgttctatgatacagatgataagattgacaactggtatgaagtctatcagtctagctgcctttttgggactccggaaacgtcaaatgtaactcttgctgtggggaagattgtgctttgcaacagtcctaactctgtgagcctaatttcaccaacaattcaaccggtttggaacattttgcttgctgtaaatgctttgaaggaggctggagcaaagggaattatttttgccgcatatgcttttgatatattggacgttgttgaaagttgtggcagcatgccttgtgttttggtggactttgaagttgcacaacagataaaacaatctgctgatgaaaacatcgcactggtagttaaggtggctgcagctcagacttggattggaggtgaagtgctcgctccgaaaatctcagccttctcctccagaggacctagcccactttatccagaattcctcaagcctgacattgcggcgccaggatctaacatcttggcagcagtccaagactcatacaagttcatgtcgggaacttcgatggcatgcccacatgtgtcaggtgtagttgcattgctcaaagcattgcatccggattggtctcctgctattatcaaatcagcactggtgactacagccagcaacgaaaaatatggtgtcccaatattagctgatgggcttccccaaaagatagcagatccatttgactatggtggtggcttcattgatccaaacagagccgttgatcctggcctagcatatgatgttgacccaaacgactacaccttactccttgattgtatttctgctgccaactcaagctgtgagtttgaacccataaatatgaaccttccatcaattgcaattcctaatctaaaagaaccaacaactgtgctgagaacagtaacaaatgttggccaagctgatgcagtttacaaggctgttgtgaaatcacctcccggtatgaagatatcagtggagccatctgttctacaattcagccagagcaaaaagaagcagagctttaaggtcattttcagcatgacccgcaaatttcaagggggctacctatttgggagcctagcatggtatgatggaggcactcactatgtcaggattccaattgcgcactcctccttccactgcaaacatcctactttgtggtcgcccaacccaacaataaagcatcaaaaaagcatgaagatcctcaaaaaacaacagctgcacaccaagatatgctcaccagaatccttggaaggcaacaaagaggcagcacttgagtcgattatttacagctataagcatgccttctctgggttcgccgccatgctcactgaatcacaggcacaaacaattgcagagctacctgaggtacgcagcataaaaccaagcagagtgcacccattacatacaactcatagccaggatttccttggattagactacaccaagccaactggtctactccatgatgcaaagtacggagacggcatcatcattggaataatcgacacaggtatctggcctgagtctgcaagcttcagtgaccatggcctaagccctattccttccaaatggaaaggccaatgtcaagctggcgaagccttcaggtcaaaccagtgcaaccggaagattattggggctcgatggtatgacaaacatttgagcgcagaggatctgaaaggagaatataggtcggccagggacgcgcatggccatgggacacatgtggcatccactgcagctggtgccctggtaccaaacattagcttccatgggctagctgctggttatgccaggggcgtcgcgccccacgcacggcttgcagtctacaaggcgtgctggggactgggggcaagctgtcatgatgcgggcatcatcaaagcgtttgacgatgccatacatgatggcgtcgatgtgctatccctttctattggtaagagcggtgatgagttctttagcagcttccacgctgtgaagaatggcattactgtcattttcgcggcagggaacgagggccctgctcctcggactgttacaaatgcattaccctgggttataacggttgcatcagccacgatagaccgtgcttttcctactgttatcacacttgccaatggcagcagcagcattgtgggtcagtccttgttctatcagccaaaggataacaacaactggtatgagattcatcactccagctgtctaattaaggatggggagaaaattaatgcatcccttgcttctgggaagatcgtgttttgctacagtcctctttctgtgagcataacttcaccatttggctatgtgtcccacgctgtgaaagctgccaaggaggctggagcgaaggggatcattattgccacatatggtcttgatattcttgactactttgaaaagtgtggtgccatgccttgcattttcgtggactttgatgctgtaggacaaataaattcatctggtgatgaaaacactacacctttagttaagattgctccagcgcgtacttgggttggaggtgaagttcttgccccaaaaatctcaacattctcctccagaggacccagcccacttttaccacaattcctcaagcctgatgttgcggcgcctggatctaatatcttggccgctgtgaaagattcgtacaagttccagtcaggcacttctatggcatgcccacatgtgtcaggtgtagccgcattactcaaagcattgcatccagattggtctcctgctattatcaaatcagcactagtgactacagcaagcaatgacagatatggtcttccaatattggctaatgggctaccgcaaaagatagctgatccgtttgactatggtggcggctttattgatccaaataaagctactgatcctggactagcatacgatgttgacccaaaagactatgacttagtcgttaattgtgaatctgccaactcaagctgtgaatctatatttcaaaatctgaatcttccatcaattgcgatcccgaatctgacaatgccaacaacggtgctgagaatagtgacaaatgtaggccaagctaatgccgtttacaaggctgttgtccaatgccctcctggtgtgcagatatccgtggagccatctgttttacaattcaagcaaggaaagaagaagcagagcttcaaagtcacctttagcatgacacacaaggttcagggaagctacctgtttggaagcctagcatggtgtgatggtgccgctcattatgtcaggatcccaattaccgttcgaccagttgtatctgagaattatgcagatctctga
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsCMeo_04g0001150 | OsCMeo_04g0001150.01 | Chr04 | 1473367 | 1491775 | + | NAM | ||
| CDS seq | atggctgatgctgcttgtaatgaaggcagccattgccgactagtcatcgtcgtcctcctgctcattctccttcttccattgcaaacattctgccagcagagcacaactaaaaagctctatgtagtgtacctcggtgacaagcagcatgaagatccagaacaaactacagcttcgcaccatgacatgcttactgccatccttggaagcaaggaagaagcgcacgactcgatgatatacagctacaagcatggcttctctggattttctgccatgcttactgaatctcaagcgcaggagattgcagagcttcctgaggtacacagcataagaccaagcattttgcatccgttgcatacaactcgtagccaggatttcctcggattggactacacccaatcagctggtttactgcatgatacaaactatggagacagcatcatcattggaattatcgattcaggtatctggccggagtctccaagcttcaaagatgatggtctaggtcctttgccttccaagtggaagggcaaatgtctagccggccaagcatttggttctaaccaatgcaaccgaaagataattggggctcgatggtatgacaaacatttgaatccagacaatcttaaaggtcagtacaagtcagctagggatgctgatggacatgggacacacgtcgcgtccacagcggctggtgttctggtgccaaacgttagcttccatgggctagctgttgggtatgccagaggtgctgcaccacgtgcacgtcttgcagtttacaaggcgtgctggggatcgccgccaagctgtgatactgcggccgtcttgcaagcgtttgacgatgccatacatgatggtgtcgatgtgctgtccctttctattggtgcaccgggccttgagtatcctgctagcctccaggctgtcaagaatggcatatcagtcatcttttctgcagggaatgaaggtcctgcacccaggactgttaagaatgcatccccctgggccatgtcggtagcatcggccacaatagaccgtgctttcccgactgttatcacactttccgacagcaccagtagctttgtgggtcaatctttgttctatgatacagatgataagattgacaactggtatgaagtctatcagtctagctgcctttttgggactccggaaacgtcaaatgtaactcttgctgtggggaagattgtgctttgcaacagtcctaactctgtgagcctaatttcaccaacaattcaaccggtttggaacattttgcttgctgtaaatgctttgaaggaggctggagcaaagggaattatttttgccgcatatgcttttgatatattggacgttgttgaaagttgtggcagcatgccttgtgttttggtggactttgaagttgcacaacagataaaacaatctgctgatgaaaacatcgcactggtagttaaggtggctgcagctcagacttggattggaggtgaagtgctcgctccgaaaatctcagccttctcctccagaggacctagcccactttatccagaattcctcaagcctgacattgcggcgccaggatctaacatcttggcagcagtccaagactcatacaagttcatgtcgggaacttcgatggcatgcccacatgtgtcaggtgtagttgcattgctcaaagcattgcatccggattggtctcctgctattatcaaatcagcactggtgactacagccagcaacgaaaaatatggtgtcccaatattagctgatgggcttccccaaaagatagcagatccatttgactatggtggtggcttcattgatccaaacagagccgttgatcctggcctagcatatgatgttgacccaaacgactacaccttactccttgattgtatttctgctgccaactcaagctgtgagtttgaacccataaatatgaaccttccatcaattgcaattcctaatctaaaagaaccaacaactgtgctgagaacagtaacaaatgttggccaagctgatgcagtttacaaggctgttgtgaaatcacctcccggtatgaagatatcagtggagccatctgttctacaattcagccagagcaaaaagaagcagagctttaaggtcattttcagcatgacccgcaaatttcaagggggctacctatttgggagcctagcatggtatgatggaggcactcactatgtcaggattccaattgcgcactcctccttccactgcaaacatcctactttgtggtcgcccaacccaacaataaagcatcaaaaaagcatgaagatcctcaaaaaacaacagctgcacaccaagatatgctcaccagaatccttggaaggcaacaaagaggcagcacttgagtcgattatttacagctataagcatgccttctctgggttcgccgccatgctcactgaatcacaggcacaaacaattgcagagctacctgaggtacgcagcataaaaccaagcagagtgcacccattacatacaactcatagccaggatttccttggattagactacaccaagccaactggtctactccatgatgcaaagtacggagacggcatcatcattggaataatcgacacaggtatctggcctgagtctgcaagcttcagtgaccatggcctaagccctattccttccaaatggaaaggccaatgtcaagctggcgaagccttcaggtcaaaccagtgcaaccggaagattattggggctcgatggtatgacaaacatttgagcgcagaggatctgaaaggagaatataggtcggccagggacgcgcatggccatgggacacatgtggcatccactgcagctggtgccctggtaccaaacattagcttccatgggctagctgctggttatgccaggggcgtcgcgccccacgcacggcttgcagtctacaaggcgtgctggggactgggggcaagctgtcatgatgcgggcatcatcaaagcgtttgacgatgccatacatgatggcgtcgatgtgctatccctttctattggtaagagcggtgatgagttctttagcagcttccacgctgtgaagaatggcattactgtcattttcgcggcagggaacgagggccctgctcctcggactgttacaaatgcattaccctgggttataacggttgcatcagccacgatagaccgtgcttttcctactgttatcacacttgccaatggcagcagcagcattgtgggtcagtccttgttctatcagccaaaggataacaacaactggtatgagattcatcactccagctgtctaattaaggatggggagaaaattaatgcatcccttgcttctgggaagatcgtgttttgctacagtcctctttctgtgagcataacttcaccatttggctatgtgtcccacgctgtgaaagctgccaaggaggctggagcgaaggggatcattattgccacatatggtcttgatattcttgactactttgaaaagtgtggtgccatgccttgcattttcgtggactttgatgctgtaggacaaataaattcatctggtgatgaaaacactacacctttagttaagattgctccagcgcgtacttgggttggaggtgaagttcttgccccaaaaatctcaacattctcctccagaggacccagcccacttttaccacaattcctcaagcctgatgttgcggcgcctggatctaatatcttggccgctgtgaaagattcgtacaagttccagtcaggcacttctatggcatgcccacatgtgtcaggtgtagccgcattactcaaagcattgcatccagattggtctcctgctattatcaaatcagcactagtgactacagcaagcaatgacagatatggtcttccaatattggctaatgggctaccgcaaaagatagctgatccgtttgactatggtggcggctttattgatccaaataaagctactgatcctggactagcatacgatgttgacccaaaagactatgacttagtcgttaattgtgaatctgccaactcaagctgtgaatctatatttcaaaatctgaatcttccatcaattgcgatcccgaatctgacaatgccaacaacggtgctgagaatagtgacaaatgtaggccaagctaatgccgtttacaaggctgttgtccaatgccctcctggtgtgcagatatccgtggagccatctgttttacaattcaagcaaggaaagaagaagcagagcttcaaagtcacctttagcatgacacacaaggttcagggaagctacctgtttggaagcctagcatggtgtgatggtgccgctcattatgtcaggatcccaattaccgttcgaccagttgtatctgagaattatgcagatctctga
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| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
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Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
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| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os04g03796 | RBH | 2.413355 | 0.741397 | 0.523150 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os04g0127300 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_04g0001090 | RBH | 0.075929 | 0.0 | 0.253479 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_04g0001040 | RBH | 0.570224 | 0.0 | 7.131683 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_04g0001130 | RBH | 0.996061 | 0.0 | 1.086428 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_04g0001180 | RBH | 0.032679 | 0.066918 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_04g0001140 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_04G0027300 | RBH | 0.6973075 | 2.738047 | 0.36312 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_04g0001330 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.000000 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_04G0025200 | RBH | 1.143466 | 0.515139 | 7.02709 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_04g0001100 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_04g0001330 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_04g0001270 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_04g0001040 | RBH | 1.123384 | 0.0 | 1.277411 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_04g0001220 | RBH | 0.300894 | 0.0 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_04G001200 | RBH | 0.000000 | 0.0 | 0.0 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_04g0001210 | RBH | 0.000000 | 0.0 | 0.000000 |
