Basic Info |
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Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsAzu_01g0046900 | OsAzu_01g0046900.01 | Chr01 | 42347091 | 42362066 | + | NAM | ||
| CDS seq | ATGGGGTGGACGTGGTCATACGTGGATAGGGCCTCGCGTTGGATTCCCTGGCCCGATTACTTTGCACTGTGCAAATTTCGATTTCCGCGCTTGTCCGTAGCCGTTTTTTATTTCCCCTCGCTGATCCCGCTCTCTCCTCGCATTTCTCTCTCTCGCTTTCCCCTTTTCTTCTCTTCTCTTCTCGTTTTCTCCGCGAGGCGAGAGAGAGATCTCGTCGGAGTGAGTGCTTGCTGGAGAGGTTTGTCTCGTCGGTGTAAGTGCTCGCCGGAGAGGACTGTCTTGTCGGTGTGCGTGCTCACCGGAGAGTGTAGGTCCGATTTGCTCACCGGAGAGATGCCTCGTGTCCAAACATCAAGGTTGGGTAAAAATCCCATTGAAGTTGATTCTGATGGAGGTGAAGATTTTCATGTTGATTATGAAGTTGGTAATGATGTTGATGAAGGTCCTGAACATGGTGAAATTGATGGTTTACTCTCTGTTGTGCTCAGGAAAATGATTGTTCAAGAAGTGAAAAAGAATTTGGTTGACACTTCTTCTGTCAATTTTCACAATCCCATTGATAAGAAATCTAAAGTTCATTCGAAGACTGAGCCCTCATATAGCAGATTCTCAACAAAATATTTCTCAACAGTTCTATCTTCTTTATCTCCTGATCAGAAGCGTATTATTGGTGACTATGGTTTTAATTCTTTGCTGATGTTTGACAATGCTTATGTCCCAAACAAATTTGCTTCTTGGATTGCAAATCATGTTGATGTGAAGTCTTCTCAAATTGTTTTGAAAGATAAAGTCATTGCAATTAATAAAGAATGTGTTCATCATATTTTGGGTCTGCCTATTGGTGGTATGGAGTTCCCAACTGATTGTGATGCTGGAAAGTCTTTTATTCTTTCAAAGTTTGGCAAGAGCGCTCTTCCATCTGTGAGATTCTTTGGTGATATGTTCATCCGAAAGGAAACTCTCTCTGATGATGAAGTGCTTTATCTGGATTATGTTGAGTTTGGTGACAAGAATGTTCCTATTGGTTTTCCTAGAATTTCTCACTGGAAGAATAATATGATTACTTTGTATTCTGACCTTGACAAAGTTGATGAAGAAAACTTTGGCCTTAGGCCCATTAAGGATTTCAATGATACAACTTATTTCAAGGTTGTACCCCCTGAAAATAGAATTAATACATTCAGAGATAAATTGGAGTCTGCTATTGGTACCATGTTACCTGCTTTCATTAAGGAGAAAATTTGTTCAATGGTTGTTAGTCATTGTTCTGCCAATCACATTGTTGACAGTGAGTCTTGTGAAGATATTGCTATCAGCATTATGCTCTTGCTATGTGAACATGCTGGTTCTAGAGATGGTGGTGATCCTGATGAAAACTTAATTTTTGATGATATCAACCCTGGGTTTCAGCCTAACTATGCAATTGATGTTGAAAGTGAAATCCCTTGTGATGCTCATAACAATGGAAGTACCAATAAATCTGTTGCTAGTAAAGCTAATGAAACAAGTTTTCGCCATACACCTTCTCATGATAAGGAATTGGGGGTAAATGATGATTCTGTTATTGTCTCTAAATCTGCTGTTAGATTTTCCCTTTCACCAAACTTTAAAAAAGATCAAGGCTTACTAACCCCTGAAGTTGGATATGCTAATAACTCCAAATCACGATTTGAACATTCTCGATCTGCTTCAGGTCCTACTGTATCTGCTGTTGCTGCTGTTAGGAATGTTGCAAATAAAATTAAATCAAGATTATCTCAACTCAACAATGATGACAAAAGAGGACCATTGTTCCCTGATTTAATTGATTCTTGTGAAGATGAAGCTGTTGGTTATGCTAAGTCACTTTCATGTCAAAAGGAATATCTTAACCCTCGATATGTCACTTCCTCTTCATCACAGCCTGGTATATCTTTTCACTGTCTTGACAATTCACCTGTTCAAGTAATTGGTATAAATAATAATGAAGGAACAAGCAGAACTCATTGTATTCAGAATGTGAAGAAGAGGCGTTTTGATGATGTTACTAATTCTCCTGATGTGGAATATCTTGGTCATTCTACATTTCCTGATTGCTGCAAGGTGTTGTGTACCCAGACTGATAATTTGTATAATGCCAAGAACATGTTGAAAAGTAACAACCTGGATTTGAGTTCTACCGGTGGAAAATTACCTCCCCATGGCCCTAGAAGAGTCTTAGTTCCTTCTCGGAAATTTTCAGATCCTTATGTTCTTTCTGTTAGACGCCGATTTCCAGTGTCAGATAAAGAAAAGAGACATTACAATGCAATATGCAAGTTGTCCGAGAGCTCTAAATGGCATAGTTATGATGCTGTAGACATTGATAATGTTAGAGCAAAATTCTCTTCTTTTGGGCAATCTCTCATGAAAGGTGGTACTGTATTGAGCTATGTTATCAATGTGTTTTGCCGTGTTTTGTTCAACAACAATCATCCTTCAAACTCCAAGAGACACTATTTCTTCTCTTCTATTGGTGAACTATTGTTAACTGATCTATCTTGTGCTGATTTGAGCAAGGTGAAAAGATCGTTTCTTGGAGCAGCTAGTGCTAGGAAGTTGCACCTTTCTGACATGCTATTTTTCCCCATCGAACACCTTGAACATTGGTTCCTTTTTGTTGTTGATATAAAGGACAGAATGTTGGTCCTCTTAGATTCTTTACATGAAAAAGGTGATCCCTATTTTGAAGACATTGAATGCTTACTGACATTCTGGGATTCTTATGATGGCTCTTCAATTGATTTTACTACTTTGAAGAAAGTTTACCCTTGTGTTCCAAAACAGAGATCTTGGTATATAATCCAAGTTGATGCTTTTGGACAGGGTTGA
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| Protein seq | MGWTWSYVDRASRWIPWPDYFALCKFRFPRLSVAVFYFPSLIPLSPRISLSRFPLFFSSLLVFSARRERDLVGVSACWRGLSRRCKCSPERTVLSVCVLTGECRSDLLTGEMPRVQTSRLGKNPIEVDSDGGEDFHVDYEVGNDVDEGPEHGEIDGLLSVVLRKMIVQEVKKNLVDTSSVNFHNPIDKKSKVHSKTEPSYSRFSTKYFSTVLSSLSPDQKRIIGDYGFNSLLMFDNAYVPNKFASWIANHVDVKSSQIVLKDKVIAINKECVHHILGLPIGGMEFPTDCDAGKSFILSKFGKSALPSVRFFGDMFIRKETLSDDEVLYLDYVEFGDKNVPIGFPRISHWKNNMITLYSDLDKVDEENFGLRPIKDFNDTTYFKVVPPENRINTFRDKLESAIGTMLPAFIKEKICSMVVSHCSANHIVDSESCEDIAISIMLLLCEHAGSRDGGDPDENLIFDDINPGFQPNYAIDVESEIPCDAHNNGSTNKSVASKANETSFRHTPSHDKELGVNDDSVIVSKSAVRFSLSPNFKKDQGLLTPEVGYANNSKSRFEHSRSASGPTVSAVAAVRNVANKIKSRLSQLNNDDKRGPLFPDLIDSCEDEAVGYAKSLSCQKEYLNPRYVTSSSSQPGISFHCLDNSPVQVIGINNNEGTSRTHCIQNVKKRRFDDVTNSPDVEYLGHSTFPDCCKVLCTQTDNLYNAKNMLKSNNLDLSSTGGKLPPHGPRRVLVPSRKFSDPYVLSVRRRFPVSDKEKRHYNAICKLSESSKWHSYDAVDIDNVRAKFSSFGQSLMKGGTVLSYVINVFCRVLFNNNHPSNSKRHYFFSSIGELLLTDLSCADLSKVKRSFLGAASARKLHLSDMLFFPIEHLEHWFLFVVDIKDRMLVLLDSLHEKGDPYFEDIECLLTFWDSYDGSSIDFTTLKKVYPCVPKQRSWYIIQVDAFGQG
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| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.0 | 0.000000 | 0.000000 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_01g0946800 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os01g71840 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os01g0946800 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_12g0021900 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.000000 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_01g0046430 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.000000 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_01g0046860 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_01g0007890 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_01g0037700 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_01G0584700 | SBH | 0.003944 | 0 | 0 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_01g0037400 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_01G0581200 | SBH | 0.3393985 | 0.2038645 | 0.097094 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_01g0040060 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_01g0037660 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_01g0037890 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_07g0000240 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_07g0000230 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_07G000240 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_07g0000240 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
