Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsARC_07g0023080 | OGI:07070370 | 16/16 | ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr07:25200284-25205704 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | gcctccccgccgccgccgccgccgtggatccctccgcccaccgccggcgagcccttccgccgccgcctcaccctagcgctgctcccgtgggacggactgcggtccgccacttcctcggcgtgctcctcctccagctcacctcagtgtcgtccctcccggtaagctccccatggcctcgccgctgtgcccgcccaccccctgcccctctcatccagctcgcgcccggagactcggagagtggacggctgcttcgtcggtgagcgatgaccgggctctcgttcgcgggagctcactgaccaggggattctctggaacacacaaacttttattatttctttttttaaattatttctttgcttcaagtgagagcttgactggtattgttatagcgatatgattttgtgtttttgttctctttgcaggagatttgattcaaatttgtaaacctgggcgaattctttctcggaggcctggtccatgaagtgtaatttctgtgtaggatcttcttcctgctcatatcctgtcaatgtaaggaggggattgggcgtcccttgtctatgcacagggcagtgccagggttcctgcgtcgagccctcataaccagaaaccacccacaggcgtcgcgatttacttcactggcttgttgcttgaacaacctggatcatcaagagcccactcagagtaccatttctggtgattatagacgtcagtgccttcttcccttgatcacactagcagtgcggacttcaaactgggacggcgcaagaaagataagcttcagggagtgtgagaggttatatggcctttcccagtcaattgggttgtttgcattgcttatacagtcattcttgcctcggagagtcatagaggtccggtgcttgattcagagcattgtcaattactgtggaaatgctggtccggagttgtttgagttggcacttatgctggtgaacaatttgggtggatcgataacattgcttcaagtttatgctgcgctcatacgggtttttatagagttgtcaatgtttgaggatgctcttgtcacctacatcgaggccaagaagattggagttgagcttcagctttgcaacttcttgctgaagtccttagtcaagaggaatcagttcatgtatgcgaggagtttgtttgatgatatgaagagcactggtccctcaccaaatgtctactcttattcagttttgatgagtatgtatacacatggtgataaaccatgtttggaggaagcttttgatcttctttgtgaaatgaaaatcagaggcgtgaagccgactgcggcaacctacggaacctacctttatggactttgccgtgccaaacaagtcgaatctgcatgggactttcttcaagtgcttcggcagagaggctacccttgcaacagctattgttttaatgcagtgattcatggtttctgtaacgataatcaggttcacaaagccatggaggtatttgatgagatgaagaaaggtggggttgtcccagatgtccatagctacagcatattagttgatgcgctttgcaaacaaggtgctctatcattaggctctaatttgcttgatgaaatggaaagaaacagagtcagtcctactcttgtcatttacagttcacttctgcatggtctttgcaaagctggaaaagttgaggaggcccttgaacttttcgaacgtctcaaatatcaaggtttcaagcatgaccaaattacttacagcattgttcttcatggttgttgccgacatatggatatagaggttgcctatggtctttggattgacatggttaaccataattttgttccagatgtttacaattacactagtcttatatatgcattttgtagacatagataccttaaagaagcattggggttatttgaactaatgcttgacaacaagataaaccccaatatcattacatgcactattctagttgacggcttcatgaaagaagggctgattagtgaagcctttcttttcttggatgaagtacgccaatttgacattgtccccaacctttacacatacaaagttatcatcaatggcctcttcaagggtaacgaatctgatgatttgtggggattctttggggacatgataaaaaggggatatattcccgatgttgtcctatacagtattattattgatggctttgtgaaagctttggatttgcaggaggctttcaggttgtatcataaaatgttggatgaggggacgatgccaaatatctttacatatactagcctcataaatgggttgtgccatgatgatagactccctgaaatgacgccactgttaaagaatatgattttggaggggctgacacccgacagaattatgtacacttctctcattgcatgctattgtaagcgttcaaacatgaaaaaagctatggaaattttcagagagatgaaaaataggggtatatcgccagatacttttgtttatacatgtttaattggtggctacaccaaagttcgtgctatggattttgcggagttgttgatggaagaaatggaaactaaagggcttacacctaccgtagtaacttatacagatctaataattggatacttaaaaacaggagatgagaaaagtgcctataggacatatcataatatgattcagagaggtattacaccagatgccaagctgagctgcatattggaccttggcaatgatgcagatgttgataattctccaaaagagaaggatgtatcttagctatttccattgagatctacaaattgttcaagggatatcttttaaagggattaacccacatactgtggattgattattaggtctatttatttctctactatggactgtggagataagaaatgggcaagacatgacagttttatccataaacagcacctggggagctcagttgagctcattcagggatttcaggcggatttggtctaagcttccccgtactctccggcgcctgcagtttcatgtgtctacggctgctgctgggtgaccaaggtgggtggttctacgagtaaatttctttggatgcctaaagatgtaaaatcccaaaacatgtatgcagttacataaccacttcttctgtagattcatctgactctatgtgatgatactgcaatagagaaaatgttagcttgcgattccttccattggttaattatgctgttcgtccttcatgcattgatatatggtttctcaaattaatcttcaattgaatatatccattaaaattgcagctgacaaattagtgacagcatattaacacattagtaacttatatgtcattgttgattcccattttgcgctgtatttgttgtttatcatatttttctttgtcaatcggcactttatttgctgttgaaggcttgaagtgttgatggtctaggttatatagtgcatccattacattcagacagttgtgccttttgatttctctgtaggtggaatggtggtgccttttggcttcttcaggagtcaagattgcagggttcagatccaattgtgattaggcttgatgcttctactgttaacgctgttcttgctgatcttttctcctctgttgacacattaactaaaagtaggtgctactgtttagttttgctcgatgcttccatcctatgtaatgcaagtggtacatgcggtaataaaacctctttggtctttcttgtttcccttttgcaggtccaccattgacccatgaagaggaagatgatttgggttagacaaatataaatgggtatgactataaacaaaaaggtactcagccacattaaccagttttctgttgtgtcaattcttgttctgcttgatttggtcatacaatgttgggacttgagatatgtaatatttgttccgattttagagttttatccttgcatgacattgcaatactgattcttgtgcaggtgatacatatctcttattcccttggcatgttagattgatattattggggtcttaattagtcgaggccaatttacactaattgaatgactggaataatgttcctggaattgtttagctgtcgtattttctcatatacttggtgtatatctgttttcaacttacaactgaatgctgtctgctccttaactgtcaacaagttgaatcctggaaactgttagaaagaaaattttaacctccattcagaagtagccatagattaagtacacatgatgctccgtttttttttcaatctaatgaagtggactttaacctctaagcttagtctgactcatttatgtacatctctattctgttcactggttttacctgacacttttttatcgcaaatccagtgttctttcattggcgatgatttcctgatcaacaccattggaccagctggtaaagagaaggtactgggcaatctctatgacggcacaccagtaagaatggtttcatattgcagtctccatttgtaagtgttttcgatctatctgcttgatgtactaggaaaactaatcggttttcttttattttgttatgcaggtgatgatctcgactagtctattgctattcttctacctgatcatccaactgagatggtaagttttcacgtgtacacttgttccagaccagccatctgtgatttcttttgccagcacgtactagataatctgtagtataatttaaacttatttgccaacagaatattgttcttttaatccaaaggaatatttagccaacccgattctggaagcaagatgttttccagtttgttacgatttaactgaaccttggaagatgaattttgtttgtgcacttgatgtcagatatgctggaggtagcttcattgtcttagggcccgtttagttccccaaaattttttcccaaaaacatcatatcgaatctttggacacatgcatgaagcattaaatatagataaaaagaaaaactaattgcacagttatgggggaaatcgcgagacgaatcttttaagcctaattagtccgtgattagccataagtgctacagtaacccacatgtgct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| CDS seq | atgcacagggcagtgccagggttcctgcgtcgagccctcataaccagaaaccacccacaggcgtcgcgatttacttcactggcttgttgcttgaacaacctggatcatcaagagcccactcagagtaccatttctggtgattatagacgtcagtgccttcttcccttgatcacactagcagtgcggacttcaaactgggacggcgcaagaaagataagcttcagggagtgtgagaggttatatggcctttcccagtcaattgggttgtttgcattgcttatacagtcattcttgcctcggagagtcatagaggtccggtgcttgattcagagcattgtcaattactgtggaaatgctggtccggagttgtttgagttggcacttatgctggtgaacaatttgggtggatcgataacattgcttcaagtttatgctgcgctcatacgggtttttatagagttgtcaatgtttgaggatgctcttgtcacctacatcgaggccaagaagattggagttgagcttcagctttgcaacttcttgctgaagtccttagtcaagaggaatcagttcatgtatgcgaggagtttgtttgatgatatgaagagcactggtccctcaccaaatgtctactcttattcagttttgatgagtatgtatacacatggtgataaaccatgtttggaggaagcttttgatcttctttgtgaaatgaaaatcagaggcgtgaagccgactgcggcaacctacggaacctacctttatggactttgccgtgccaaacaagtcgaatctgcatgggactttcttcaagtgcttcggcagagaggctacccttgcaacagctattgttttaatgcagtgattcatggtttctgtaacgataatcaggttcacaaagccatggaggtatttgatgagatgaagaaaggtggggttgtcccagatgtccatagctacagcatattagttgatgcgctttgcaaacaaggtgctctatcattaggctctaatttgcttgatgaaatggaaagaaacagagtcagtcctactcttgtcatttacagttcacttctgcatggtctttgcaaagctggaaaagttgaggaggcccttgaacttttcgaacgtctcaaatatcaaggtttcaagcatgaccaaattacttacagcattgttcttcatggttgttgccgacatatggatatagaggttgcctatggtctttggattgacatggttaaccataattttgttccagatgtttacaattacactagtcttatatatgcattttgtagacatagataccttaaagaagcattggggttatttgaactaatgcttgacaacaagataaaccccaatatcattacatgcactattctagttgacggcttcatgaaagaagggctgattagtgaagcctttcttttcttggatgaagtacgccaatttgacattgtccccaacctttacacatacaaagttatcatcaatggcctcttcaagggtaacgaatctgatgatttgtggggattctttggggacatgataaaaaggggatatattcccgatgttgtcctatacagtattattattgatggctttgtgaaagctttggatttgcaggaggctttcaggttgtatcataaaatgttggatgaggggacgatgccaaatatctttacatatactagcctcataaatgggttgtgccatgatgatagactccctgaaatgacgccactgttaaagaatatgattttggaggggctgacacccgacagaattatgtacacttctctcattgcatgctatttttcatgtgtctacggctgctgctgggtgaccaaggtgggtggttctacgagtaaatttctttggatgcctaaagatgtaaaatcccaaaacatgtggaatggtggtgccttttggcttcttcaggagtcaagattgcagggttcagatccaattgtgattaggcttgatgcttctactgttaacgctgttcttgctgatcttttctcctctgttgacacattaactaaaagtccaccattgacccatgaagaggaagatgatttggttttatccttgcatgacattgcaatactgattcttgtgcagtgttctttcattggcgatgatttcctgatcaacaccattggaccagctggtaaagagaaggtactgggcaatctctatgacggcacaccagtgatgatctcgactagtctattgctattcttctacctgatcatccaactgagatggctgatgaagagaggcggcggcgctccggcaagcctcccaagattgtcaagcaccggcatcctcgacttatcgacgtga
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| Protein seq | MHRAVPGFLRRALITRNHPQASRFTSLACCLNNLDHQEPTQSTISGDYRRQCLLPLITLAVRTSNWDGARKISFRECERLYGLSQSIGLFALLIQSFLPRRVIEVRCLIQSIVNYCGNAGPELFELALMLVNNLGGSITLLQVYAALIRVFIELSMFEDALVTYIEAKKIGVELQLCNFLLKSLVKRNQFMYARSLFDDMKSTGPSPNVYSYSVLMSMYTHGDKPCLEEAFDLLCEMKIRGVKPTAATYGTYLYGLCRAKQVESAWDFLQVLRQRGYPCNSYCFNAVIHGFCNDNQVHKAMEVFDEMKKGGVVPDVHSYSILVDALCKQGALSLGSNLLDEMERNRVSPTLVIYSSLLHGLCKAGKVEEALELFERLKYQGFKHDQITYSIVLHGCCRHMDIEVAYGLWIDMVNHNFVPDVYNYTSLIYAFCRHRYLKEALGLFELMLDNKINPNIITCTILVDGFMKEGLISEAFLFLDEVRQFDIVPNLYTYKVIINGLFKGNESDDLWGFFGDMIKRGYIPDVVLYSIIIDGFVKALDLQEAFRLYHKMLDEGTMPNIFTYTSLINGLCHDDRLPEMTPLLKNMILEGLTPDRIMYTSLIACYFSCVYGCCWVTKVGGSTSKFLWMPKDVKSQNMWNGGAFWLLQESRLQGSDPIVIRLDASTVNAVLADLFSSVDTLTKSPPLTHEEEDDLVLSLHDIAILILVQCSFIGDDFLINTIGPAGKEKVLGNLYDGTPVMISTSLLLFFYLIIQLRWLMKRGGGAPASLPRLSSTGILDLST |
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| Function | Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g15630, mitochondrial [UniProtKB/Swiss-Prot:Q9ZQF1] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsARC_07g0023080 | OsARC_07g0023080.01 | Chr07 | 25200284 | 25205704 | + | NAM | ||
| CDS seq | atgcacagggcagtgccagggttcctgcgtcgagccctcataaccagaaaccacccacaggcgtcgcgatttacttcactggcttgttgcttgaacaacctggatcatcaagagcccactcagagtaccatttctggtgattatagacgtcagtgccttcttcccttgatcacactagcagtgcggacttcaaactgggacggcgcaagaaagataagcttcagggagtgtgagaggttatatggcctttcccagtcaattgggttgtttgcattgcttatacagtcattcttgcctcggagagtcatagaggtccggtgcttgattcagagcattgtcaattactgtggaaatgctggtccggagttgtttgagttggcacttatgctggtgaacaatttgggtggatcgataacattgcttcaagtttatgctgcgctcatacgggtttttatagagttgtcaatgtttgaggatgctcttgtcacctacatcgaggccaagaagattggagttgagcttcagctttgcaacttcttgctgaagtccttagtcaagaggaatcagttcatgtatgcgaggagtttgtttgatgatatgaagagcactggtccctcaccaaatgtctactcttattcagttttgatgagtatgtatacacatggtgataaaccatgtttggaggaagcttttgatcttctttgtgaaatgaaaatcagaggcgtgaagccgactgcggcaacctacggaacctacctttatggactttgccgtgccaaacaagtcgaatctgcatgggactttcttcaagtgcttcggcagagaggctacccttgcaacagctattgttttaatgcagtgattcatggtttctgtaacgataatcaggttcacaaagccatggaggtatttgatgagatgaagaaaggtggggttgtcccagatgtccatagctacagcatattagttgatgcgctttgcaaacaaggtgctctatcattaggctctaatttgcttgatgaaatggaaagaaacagagtcagtcctactcttgtcatttacagttcacttctgcatggtctttgcaaagctggaaaagttgaggaggcccttgaacttttcgaacgtctcaaatatcaaggtttcaagcatgaccaaattacttacagcattgttcttcatggttgttgccgacatatggatatagaggttgcctatggtctttggattgacatggttaaccataattttgttccagatgtttacaattacactagtcttatatatgcattttgtagacatagataccttaaagaagcattggggttatttgaactaatgcttgacaacaagataaaccccaatatcattacatgcactattctagttgacggcttcatgaaagaagggctgattagtgaagcctttcttttcttggatgaagtacgccaatttgacattgtccccaacctttacacatacaaagttatcatcaatggcctcttcaagggtaacgaatctgatgatttgtggggattctttggggacatgataaaaaggggatatattcccgatgttgtcctatacagtattattattgatggctttgtgaaagctttggatttgcaggaggctttcaggttgtatcataaaatgttggatgaggggacgatgccaaatatctttacatatactagcctcataaatgggttgtgccatgatgatagactccctgaaatgacgccactgttaaagaatatgattttggaggggctgacacccgacagaattatgtacacttctctcattgcatgctatttttcatgtgtctacggctgctgctgggtgaccaaggtgggtggttctacgagtaaatttctttggatgcctaaagatgtaaaatcccaaaacatgtggaatggtggtgccttttggcttcttcaggagtcaagattgcagggttcagatccaattgtgattaggcttgatgcttctactgttaacgctgttcttgctgatcttttctcctctgttgacacattaactaaaagtccaccattgacccatgaagaggaagatgatttggttttatccttgcatgacattgcaatactgattcttgtgcagtgttctttcattggcgatgatttcctgatcaacaccattggaccagctggtaaagagaaggtactgggcaatctctatgacggcacaccagtgatgatctcgactagtctattgctattcttctacctgatcatccaactgagatggctgatgaagagaggcggcggcgctccggcaagcctcccaagattgtcaagcaccggcatcctcgacttatcgacgtga
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| Protein seq | MHRAVPGFLRRALITRNHPQASRFTSLACCLNNLDHQEPTQSTISGDYRRQCLLPLITLAVRTSNWDGARKISFRECERLYGLSQSIGLFALLIQSFLPRRVIEVRCLIQSIVNYCGNAGPELFELALMLVNNLGGSITLLQVYAALIRVFIELSMFEDALVTYIEAKKIGVELQLCNFLLKSLVKRNQFMYARSLFDDMKSTGPSPNVYSYSVLMSMYTHGDKPCLEEAFDLLCEMKIRGVKPTAATYGTYLYGLCRAKQVESAWDFLQVLRQRGYPCNSYCFNAVIHGFCNDNQVHKAMEVFDEMKKGGVVPDVHSYSILVDALCKQGALSLGSNLLDEMERNRVSPTLVIYSSLLHGLCKAGKVEEALELFERLKYQGFKHDQITYSIVLHGCCRHMDIEVAYGLWIDMVNHNFVPDVYNYTSLIYAFCRHRYLKEALGLFELMLDNKINPNIITCTILVDGFMKEGLISEAFLFLDEVRQFDIVPNLYTYKVIINGLFKGNESDDLWGFFGDMIKRGYIPDVVLYSIIIDGFVKALDLQEAFRLYHKMLDEGTMPNIFTYTSLINGLCHDDRLPEMTPLLKNMILEGLTPDRIMYTSLIACYFSCVYGCCWVTKVGGSTSKFLWMPKDVKSQNMWNGGAFWLLQESRLQGSDPIVIRLDASTVNAVLADLFSSVDTLTKSPPLTHEEEDDLVLSLHDIAILILVQCSFIGDDFLINTIGPAGKEKVLGNLYDGTPVMISTSLLLFFYLIIQLRWLMKRGGGAPASLPRLSSTGILDLST
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|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.142313 | 0.121844 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_07g0615000 | RBH | 2.395421 | 1.956745 | 0.659378 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os07g42354 | RBH | 1.535804 | 0.998865 | 0.256267 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os07g0615000 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_07g0023220 | RBH | 0.386843 | 0.992114 | 1.391544 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_07g0023280 | RBH | 0.148828 | 0.000000 | 2.313920 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_07g0023120 | RBH | 0.783510 | 1.661296 | 4.790214 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_03g0018630 | SBH | 0.081876 | 0.067611 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_07g0023150 | RBH | 0.434551 | 0.000000 | 2.813223 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_07G0415300 | RBH | 1.623367 | 3.2024325 | 0.6074655 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_07g0023640 | RBH | 0.109323 | 0.304610 | 0.250048 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_07G0425600 | RBH | 1.509966 | 4.067374 | 6.3668495 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_07g0022950 | RBH | 0.0 | 0.000000 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_07g0023090 | RBH | 0.148112 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_07g0022970 | RBH | 0.0 | 8.636552 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_07g0023180 | RBH | 0.046712 | 0.0 | 0.429763 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_07g0022950 | RBH | 0.044638 | 0.000000 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_07G022900 | RBH | 0.0 | 0.358928 | 0.728853 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_07g0022920 | RBH | 0.636070 | 3.209943 | 0.637364 |
