Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
Os12g0159100 OGI:12007920 | 16/16 Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Chr12:2954867-2964873
Gene Symbol -
DNA seq

TGCTTCCCCGGTTTCGTTTTCTTTCCTTGGAAGCTTCGCTGCCGTGCTCTCCTTTCTTCCCAATTGTTTTCACTTTGTTGCCGTCCATGGAGACCGCGAGGTGAAATACGGCCAATTTTTTCTTCATTTGAAGGATCTCCTTCTCTCTACTTACTGGATGGCTACCTGTTGTAGGAACACTTTCGTTGTTTGCGCTGTCGCCGTCGTGGGTGTCTAGGAGACGAAGGTATTCTCCGTTTTGACCCCGGTGACCTAATCCTTCCGTTCTTGCTGTTCCAAGGAGTTCTTTGTGCCGTCAAGCCGCCCTCTGGTTCTTCCATCCGTCGTCTTCAGGCCTCCCCTTTTGAAGGTGATTCCTTGCTACGGTTTTACATCCTTTACTCGCTTTATGGTCTCCGCTTCCGTTATGTGTGCATTTATGTTGTGTCCATTGGGGAGAAGAGAGTGGGTAGTTGGGACGGACGTCGACGGTCAACGTTCCTCTTTTTTCCTTTTGTTGTCCACAGGCCAGAGCATGTATGCTATGGCTGTCCCTGGGCTTTATCTGGTCTCCTCTTTCTTACGCCTTGCCTACACTTCACACACGCTCCTTCTGTAGTTCATTGGCTTGCTTTGTCTATTTTTTGAGTAGTCTCTCTGCGATTCGCAGTGCCAGGCGGGATGGTCGTGGTTGGGGTTTCCTTCGTTTCGTTGTTGAACGCGGCCGCTTGCCATTGCCGTCTTCCCTTGGTGTCGTACCTTTGGGAGCTGGATGGCGATGGTGTCTTGCTAGCTGGCGTAGAGCTTGCTCTGCCAGTCGAGGCGCCCAGTTGCGATACAGTGAGCAAGTTTTTTTGGTGCCTGCAGCAAAGCCTCTTACTGTTTCTCATGAAATGGCTGCTCAGCAAGCTGTTCGTTTCCTACAAGCTAAGTACGGTTTTGCAGTGCACGACTACAACTTTGAAATGTTGCTCTCCTATAGGAGGATAGCGTCGTCTGCTGTAGACGCGGCTATCATGGCTGCTGCGTGTCTTGCTAGTTCCCAAGGACGCTATGGAGCAGCATATCTGCCTTGCGAAACTATTATGAGGCAGTGCAGCTCTCTATGGTTTAGGTTTGTTATGGAGGAGCATTTTTTCTGTAGCGTTCACAGACCTTAGAGCTGCCCTATGGTGTGGAACACTTCCTACGTTAAGAACTCCTATTCAGTCTATTGTTTGTCTTGCATCTGCAATGTAATAACTCGAATTATTTTTTCCCCTGGTTTGATGGTTGCTTGATTCCTCATGGTATGTTCAATGTTAATGAGCTTACTACATATGCTAATTCTATTGTCATGGTGTGTTCAATGTTAGGGAGCTTACTACCTATGTTAATATGACGTTTCCTGTTAATTGTATTGTCATGTTATGTCTGACCTATGGTTTGCTATGCCATGTTTCTTGCGCAAGCCTGCAGACCAACTTGGAACAGCTGTTTTCGCTTTAGCCTAATGTCAGGTCAGCCCACAGCGCGTGTCCAACGGGCACGTGAAAGTCGGCTAAGACGGCAATGTTTGATAGGCCAGGGTCTGTGCTATGTACCATTTTTTCCCCCTTTCATTTTCGGCCTGTGTATCTAACTAACCAGCAAGGCTTGATTGGGTAGGTTACTTGCAAGGTCCAGTCTTTACAGGGTCTAGCTCTACAGCTTGTGAAATCCGTGCTCCTTTGGCATCTACACCGGCTGTTCCTAGATATAATGAGTGTCCAAGCACATCCTTACTACCTTCATATCAGGTAGGGCAGTGTTCTTCTAGTACTGGCACAGGTCTTGCCATGGAAGGGACTTCTACTGGCGAATGTGTTCTAGCGAACTCTAAGAGTAAGCACACATCTGATTAGTTGTCTTGCGTTACTTTGATAAAAAAACTGAAGAGAACATTATTTCGATGCCTTGCTTACTGCATATGGTTGTGTTTAGGAAAGAGAACATTGCTAGATATACCGAGAAATGCTGCTGCAGCCAATAGGGAAAGACGTTGTTTGAAGAGATCAGGAGATCGGGCAAACTGTTTGGTGCCAGATATTCGTAGCGGTATGGTTGTTATATGTATTGCTGTTCTTTCCCCTTTCCCTGTGTGCCTCGGAGTTACTTCTATCTTATGACGTGCTCCTTCAATTGCACACACTCTTCTAATGTTAGGTCCCAAGCCTACTGCTGATGACGTATTACCTTTGCCTAAGGATTATATTGCATCTTTAAAAGGTCAGTGCTATTGTGTGTTAAACAATAACTGTGTACATTTAGTGCTGGATCTGCCCTTATAGTTCTAAGATGCAGCATTGTACCCGGAACGGTCTTACTATGGTGGTCCATCCCATGAATGTCCATATTGTGGTGCCATCTTTTGGTACCAGGAGAGGGTAAAGAAAGGGAGTGTGCTCTCACAGCGGAAAATCATTTACAATCTGTGTTGTAGAAGCGGTAAGATAAACCTGCCCGAGCTGAAAGATCCACCTACTTACCTAGCAAAGCTTCTAAAATACGATGGCGATGCGCGATCCAAAAGATTCTTGCGTCAAATCCGATCATACAACTCCCTTTTTGCATTTACTTCCTTAGGAGCAAGCGTTGATAAGTCGATAAACAATGGATCAGCACCATGTGTTTTTAAAATCAATGGAGTGGTTCACCATCGGATTGGTGGTTTGCTGCCACAACGAGGTGCTCCACCAAAATTTGCTCAGCTATACATTTACGACACTGAAAATGAGATAAAAAACAGAATGGATATCTTTGAGAAAGATAAACCCAGTGATGAACCAGATCCAAAAATTGTTGCTGGCCTGACCTCTATGCTTGATGAGCATAATGAATTGGTGAAAGCATTCCGCTTTGCTAGGGATCGTTTGCAGGCCCATGGCGATCACAAGGTTGCTCTTAGATTACTTGGGTGCGATTCTAGGGATGAAATTCAGTATAATCTCCCAACAAGTGGTGAGATTGCTGGCATTGTGGTTGGTGACTATTCAAACAGTCAATATACATACGATGTCATGGTTCAGTCCACCGATGCTAGGTTGCGACGTGTTTCTGCTCTACATCCATGTTATATGGCCCTTTAGTACCCTTTGCTTTTCCCTTATGGAGAGCATGGATTTCATTTAGGCATAAAATATACTGACTTCCCTAGCATCGTCGGTAACTCTCGACGCTATGTGACAATGCTCGAATACTATCGATACCAGCTACATTATCGACTAAATAAACCAAATCCATTTACATGTTGTGGCCGTCTTAGCGATTCTTTGTGTGTGGACTCATATTCGACTGTTGAGGCATCAAGACTTAAGTACATAGCTGACAATCAACCTGATCTTCGTACTGAATCTGTCCAAGGGATATCAGATGCGATTGACCATGGGCTTGCATCTGGGGATTCTGTTGGCCAAAAATATGTGCTTCCTACCAGTTTCACTGGAGGAAGGCGCTACATGGTGCAGAATTACCAAGATGCAATGGCCATCTGTCGTGTGTTTGGCTCCCCCGATCTTTTTGTGACTTTCACATGCAACTCAAAGTGGCAGGAAATATATGACGCTCTTTTATTCGAACCAGGCTAGCTGCCAAGTGACCGTTCTGACATGATTGTTAGAGTCTTTAACATGAAAGTGAATGAATTTATTTCAGACATTAAAGAAGGGAAAACGTTCGGTCCAGTCCTTGCTGGTGAGAGGCCAAACTAACACGGTTCTTTGCTCTATTTGTAGCAAATTCTAATTGTGGTCATCTGTGTATTGTAGTTCTCTACACAGTAGAATTCCAGAAGCGTGGGCTTCCCCATATCCATTGCCTTATCTGGCTTGCTGCAGCAAATGCTGAATTTAGCGTGCCCATTATTGATGGCTTCATTTCTGCCGAAATTCCCGATGTACTCACCGATCCTTTAGGTTATGCTTTGGTTGACGAATCTATGATACATGGCCCTTGCGGCAAACAAAACAAATCATGCCCATGTATGAAAAAAGATGAATGCTCCAAGCATTTCCCTAAGTGCTTTCAGGATGAGACCACTATGGATGAGTTTGGTTTTACTGTTTATAGACGCAAAAACAATGGTCGATATGTCATTAAGAATGGGGTTAAGCTTGACAACCAGTGGGTAGTGCCATGCAACATGGATCTTTTGAAAAAATACCAGGCGCATATAAATGTAGAATGGTGCAATAAATCTAACATGATTAAATACCTCTTTAAGTACGTGACAAAAGGGGCTGACAGAACAAAAGCATACTTTGAGGTTTCTTCCGATGCATCCAGCAAACCATCTGAAAATAATACTGCTCCAAAAAATGAAATACAAGAATACATTGATGCAAGGTTTCTGTCCACTTGTGAGGCGCTTTGGCGTTCTTTCGAATTTGATATACACTATAGAATGCCTTCTGTAGAACGCTTAACTGTTCACCTTCCAAACATGAACTTTGTCCGATACAAAAAGGGTTCTGATCTAAAGTCATTGCTGTCCAGCCCAGCAGCCAAAAAAACAATGCTGACAGAGTGGTTCGAGGCTAATAAGAAACATAGCAGCGCACGTACACTTACCTACTGCGATTTCCCAAAGGAGTGGTCATGGGACACCAGCTCACGTCGTTGGCGTCCTAAAACACCATCCCAGAAAGTAGGCAGAATGTACTATGTGAGCCCAGTGAGTGGGGAGCTTTACTATCTACGAATGCTATTGATGATTGTGAAAGGAGCGATGTGCTATGCCGACGTTAGAACCTACGACGGGGTTGTTTACCCAACTTTTAGACAAGCATGTGAGGCTAGAGGACTCCTAGAAAGCGATAACGAGTGGCATTTGCTTTTTGATGAGGCTGTGATTTCTGCTTCATCAGCCCAGCTAAGACAACTATTTGCAACTGTCGTGATGTTTTGCTCTGTTGGGAATGTGCGGGCTCTCTTTGAAAAATATTGGGTGTACTTTACTGATGATATCCAGCGACGCCTCCAAATAGCTCTGTCAAATCCTTCTT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CAATTAC

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CDS seq

GCTTCCCCGGTTTCGTTTTCTTTCCTTGGAAGCTTCGCTGCCGTGCTCTCCTTTCTTCCCAATTGTTTTCACTTTGTTGCCGTCCATGGAGACCGCGAGGAACACTTTCGTTGTTTGCGCTGTCGCCGTCGTGGGTGTCTAGGAGACGAAGGTATTCTCCGTTTTGACCCCGGTGACCTAATCCTTCCGTTCTTGCTGTTCCAAGGAGTTCTTTGTGCCGTCAAGCCGCCCTCTGGTTCTTCCATCCGTCGTCTTCAGGCCTCCCCTTTTGAAGATGGCCGAGGTCCTCATTCCAGATCTTGA

Protein seq

ASPVSFSFLGSFAAVLSFLPNCFHFVAVHGDREEHFRCLRCRRRGCLGDEGILRFDPGDLILPFLLFQGVLCAVKPPSGSSIRRLQASPFEDGRGPHSRS

Function -

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
Os12g0159100 Os12t0159100-01 Chr12 2954867 2964873 + irgsp1_rep
CDS seq

GCTTCCCCGGTTTCGTTTTCTTTCCTTGGAAGCTTCGCTGCCGTGCTCTCCTTTCTTCCCAATTGTTTTCACTTTGTTGCCGTCCATGGAGACCGCGAGGAACACTTTCGTTGTTTGCGCTGTCGCCGTCGTGGGTGTCTAGGAGACGAAGGTATTCTCCGTTTTGACCCCGGTGACCTAATCCTTCCGTTCTTGCTGTTCCAAGGAGTTCTTTGTGCCGTCAAGCCGCCCTCTGGTTCTTCCATCCGTCGTCTTCAGGCCTCCCCTTTTGAAGATGGCCGAGGTCCTCATTCCAGATCTTGA

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Protein seq

ASPVSFSFLGSFAAVLSFLPNCFHFVAVHGDREEHFRCLRCRRRGCLGDEGILRFDPGDLILPFLLFQGVLCAVKPPSGSSIRRLQASPFEDGRGPHSRS

Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM None None None

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_12g0159100 RBH 0.0 0.0 0.0
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os12g06230 RBH 0.0 0.0 0.0
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db NA NA NA NA NA
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_12g0003960 RBH 0.0 0.0 0.0
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_12g0004200 RBH 0.0 0.0 0.0
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_12g0004200 RBH 0.0 0.0 0.0
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_12g0004030 RBH 0.0 0.0 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_12g0004230 RBH 0.0 0.0 0.0
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_12G0051300 RBH 0.0084155 0 0
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_12g0004220 RBH 0.0 0.0 0.0
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_12G0055800 RBH 0.0127615 0 0
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_12g0003990 RBH 0.0 0.0 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_12g0004210 RBH 0.000000 0.0 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_12g0004220 RBH 0.0 0.000000 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_12g0004170 RBH 0.0 0.0 0.0
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_12g0004120 RBH 0.0 0.0 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_12G013220 RBH 0.0 0.0 0.0
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_12g0004250 RBH 0.0 0.0 0.0
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