Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
Os08g0170200 OGI:08010490 | 16/16 Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db Chr08:4111865-4115417
Gene Symbol -
DNA seq

AGCATGGAGCTGGTTACAGGGGTGATGGGCAGTCTGCTCCCCAAGCTGGGTGAGCTTCTCAAAGACGAGTATGACCTGCAGAGGGGCTTGAGAGAGAAGATCAAGTCTCTCTCCCGGGAACTCGAGAGCGTGCACGCTGTCCTCCGAAAGGTCGGCGCGGTGCCATCGGATCAGCTCGATGAGCTGGTCAAGCTCTGGGCACGTGATGTCAGGGAGCTGTCCTACGACATGGAGGACATTGTTGACATGTTCTTCGTGCGCTTCAATGACGGTCATGAGTCCGATGACCCACGTGTGCTCAGGCGCTTCCGCAAGAAGATGAGCAAACTGTTCAAGAAAGCCAAGGATCGCCGCGAGATTGCTGGCGCGATACAAAGAATCAATGAGAAGCTCTAGGAGGTGTCAAATAGGCGTGCCAGGTACAGAGTCGACAGCTTTGTCACCAAACCTGCAGGTCCAGTGAGCATTGATCCTCGCCTTCAGGCTCTGTACAAAAGGTCAACAGAGCTTATTGGCGTTGATGGACCAATGGACAAGATCATAAACATGCTATCACCTTGGAATGATATTCATCTGTCTGATAAGAAGAAGATCATCTCAATTGTAGGATTTGGAGGACTAGGAAAGACCACCCTTGCCAAAGCAGTTTATGACAAGCTTAAACCAGATTTCGATTGTGGGGCTTTTGTTTCGGTCGGTCGGAATCCTGACATGGAAAAAGTTTTAAGGGACATTCTGATTGATCTTGACAAGCAAAAGTATAAGCATTCAATTATAATGACATTGAATGAAAGGCAGCTCATCAACGAAATCAAGGATCTAGTCGAGAAAAAGAGGTACTGATATATATTCAGTTATTCAATCATGGAAGGCTGGTCGCAAAGATTGCTGCGATAGTTAGTTTTGGTAGCTTTAGAATGCTTTCTTAATGCCTAACTAGTGCTATGTACACTTGTATTCTACTCCCTCCAAGTATGGTTTCCAAATTTCCACAGGTAACCACGCAAAAATAAAATAAATTAAAAATCCATAGATAACCTTTTGCCAAAAATATGTTATGCTCCTTCCCTCCGAATTAACAATTTATACTTAATCTTGCACAAAGACCGAATGCTAGTCTAAATGGATGTGCCTATAAAGCACAAAGTAAAACTGTTTTGAGTATGGAAGGAATGACACACTTAAAACACCTTGGAATATGCAATAAACCCTCTAAAAAATGAGGACAACCAAGGAGGAACTTAGTTGTCAAATAATTAGAACAAATTGTGAGTCTGTTGAGAATTGAACACGGAACTTGGGGTTGAAACCACACACCCCTTGCCACTGTACTATCAAGCATTATGAAAAAAAAAAAACATAATGCTAACCTTTACTTCTCATTTCAACATACAAGGGTAACTCTCCTGCTTGCTGATGGTTGATAATTCCTTATAGCTGACATGCTTCTTCCTTTTATATATTCTTTCACTAGTTTTAGTTACTAACTTGTGGCTCTTGCATTATCATTGAGATGTACAGGTGCTTTATTGTTGTTGACGACATATGGGATAAGAAATCATGGGAACTGATAAAATGTGCACTGCAAGATAGTAATTGTGGAAGTATAGTTGTCGCAACTACTCGTATTTCCGAAGTTGCCATGCATGTCGGTCATGTTTACAAAATGGAGCCACTTTCTCTTGATGACTCCAAAAAATTGTTGTATGCAAGATTAGCTGGTGCTCAAGGCAAGTGTCTGAATATACCACCAGCTGTGGCATGTGAAAAAATTTTGAACAAATGTCATAGTGTGCCATTAGCCATAACTACAATAGCTAGTTTGCTGGTGAACAAACCAGAAGAGGATTGGTCTGAGGTGTACAATTCTATTGGTTTTGGTCATGAAGGCAATAATGATGTAGAGAATACTAGAAGGATATTGTCTTTTAGCTACTATGATCTGCCTTCACATCTAAAGGCTTGCCTATTGTATCTAAGCATATTTTCTGAAGATGTTGAGATCGATAAAAATATTTTGATATGGAAATGGATAGCTGAAGGTTTTGTTCAAGACGAACAAGCAGCAGGGGTAGAGTTATTTGAGCTTGGAGAGGGTTGTTTCAACGAGCTGATAAACAGAAACATGATCATGCCAGTGGAGGTACAATATCAAGGGTATCAATCTAAGGCACGCTATAATGAAGGGTATGTATATGGTTGCCGTGTCCACGATATGATGCTTGATTTGATCTGTTCATTGTCGAAGGAAAAAAATTTTGTTACCCTGGTGGACAGCTATGAGCAAGTGGAACTTCCGCTGAGCCATGCTCGCAGGTTAGCCATGCAGAGTATGAGTATTAAAGAGATAAACCGTCTTCAGCTGCCTAATATGGGCATGGAGCAAGTGAGGTCCTTTTTGGCTAATCGTTGTTATGGTATTAGTTTGGCATTCTCAGACTTTCGAGTGTTACGTATATTAGCTCTAGAATATTGTCAGGGCAAAATTAATTTGTCGCATTTCAGGAGTTTATATCACCTGAGGTACCTGGGGCTAGTCAATGCGGAAATTACAGAGCTCCCCAAGGAAGTGGGAGATCTGATGTTTCTCCAGACATTGGATCTACGAGAAACTTCTATACTGGAGCTGCCAGAATCTGTGGGTCTGCTGACACAACTGTTATGCCTATATGTTGATCATCGTACATGGGCGCCAGTTGATCTGATCGGGAAGCTGACGTCCCTGCAAGAGCTGTGCATAAGGCCTGCTTATGCGTACGACAGGTTCTACGATGACAAGGCCAATGGTATGAGACAGTTTGTGAAGGCGTTGGGCAGGCTGGGAGAATTGAGGGTGCTCCAGACTCAGATTGATATATTGGATGATAGCATGGAGAAAGATTTGCTAGAGTCTCTAGACAATCTGCAGAAGATACGGTCCTTGGAAATTTTGGGGGCATCACGAGGGTTGAACGTCGAATGGACTAGAACAGGATTCATTTCCCCTAGGCATCTCCAGCGCCTGTATTTGGAATGCCTTGAGTTTTCTGGACTGCCTGCATGGATTAACTCGTCACTTCTTCCAAACCTCTCCTATCTAAATATGACAATGGAGGTTGTGCAAGAGCAGGACATGGAAACCCTTGGGATGTTTCCTATACTCTGTTACCTAAAATTATATTCGCGTTGTACAAAGCTAGTAAGCTTTAAGCATACAAGCAATGCAGGCTACTTCCAGAAGTTGAAATCCTTCAAGATTGTTGGTTCATCAGTCAGGTTTGATCTGAGTGGCTGCGACATAGAATCTTCTTTCATGCCAAGCCTTGAAACCTTTGAGACTGATGTCCATGTACGCTTCCTAAAAGATGCGAACATGCTTGGTTTCGACAAGCTTGGCTTGGAGAACCTCCCTAGTTCGCTAAAGAGAATCATTGTTGTAATCTGCTGTCGAGATGCCAGTGGTGCAGAGGTTGAGGAAGCACAGGCGGCATTGGAGCATGCAACTGACAGCCATGCCAACAGTCCTAAACTTACAATTATGAGATATGGAGTACAAATTAAACGGCCCTTGTGA

More
CDS seq

ATGGACAAGATCATAAACATGCTATCACCTTGGAATGATATTCATCTGTCTGATAAGAAGAAGATCATCTCAATTGTAGGATTTGGAGGACTAGGAAAGACCACCCTTGCCAAAGCAGTTTATGACAAGCTTAAACCAGATTTCGATTGTGGGGCTTTTGTTTCGGTCGGTCGGAATCCTGACATGGAAAAAGTTTTAAGGGACATTCTGATTGATCTTGACAAGCAAAAGTATAAGCATTCAATTATAATGACATTGAATGAAAGGCAGCTCATCAACGAAATCAAGGATCTAGTCGAGAAAAAGAGGTGCTTTATTGTTGTTGACGACATATGGGATAAGAAATCATGGGAACTGATAAAATGTGCACTGCAAGATAGTAATTGTGGAAGTATAGTTGTCGCAACTACTCGTATTTCCGAAGTTGCCATGCATGTCGGTCATGTTTACAAAATGGAGCCACTTTCTCTTGATGACTCCAAAAAATTGTTGTATGCAAGATTAGCTGGTGCTCAAGGCAAGTGTCTGAATATACCACCAGCTGTGGCATGTGAAAAAATTTTGAACAAATGTCATAGTGTGCCATTAGCCATAACTACAATAGCTAGTTTGCTGGTGAACAAACCAGAAGAGGATTGGTCTGAGGTGTACAATTCTATTGGTTTTGGTCATGAAGGCAATAATGATGTAGAGAATACTAGAAGGATATTGTCTTTTAGCTACTATGATCTGCCTTCACATCTAAAGGCTTGCCTATTGTATCTAAGCATATTTTCTGAAGATGTTGAGATCGATAAAAATATTTTGATATGGAAATGGATAGCTGAAGGTTTTGTTCAAGACGAACAAGCAGCAGGGGTAGAGTTATTTGAGCTTGGAGAGGGTTGTTTCAACGAGCTGATAAACAGAAACATGATCATGCCAGTGGAGGTACAATATCAAGGGTATCAATCTAAGGCACGCTATAATGAAGGGTATGTATATGGTTGCCGTGTCCACGATATGATGCTTGATTTGATCTGTTCATTGTCGAAGGAAAAAAATTTTGTTACCCTGGTGGACAGCTATGAGCAAGTGGAACTTCCGCTGAGCCATGCTCGCAGGTTAGCCATGCAGAGTATGAGTATTAAAGAGATAAACCGTCTTCAGCTGCCTAATATGGGCATGGAGCAAGTGAGGTCCTTTTTGGCTAATCGTTGTTATGGTATTAGTTTGGCATTCTCAGACTTTCGAGTGTTACGTATATTAGCTCTAGAATATTGTCAGGGCAAAATTAATTTGTCGCATTTCAGGAGTTTATATCACCTGAGGTACCTGGGGCTAGTCAATGCGGAAATTACAGAGCTCCCCAAGGAAGTGGGAGATCTGATGTTTCTCCAGACATTGGATCTACGAGAAACTTCTATACTGGAGCTGCCAGAATCTGTGGGTCTGCTGACACAACTGTTATGCCTATATGTTGATCATCGTACATGGGCGCCAGTTGATCTGATCGGGAAGCTGACGTCCCTGCAAGAGCTGTGCATAAGGCCTGCTTATGCGTACGACAGGTTCTACGATGACAAGGCCAATGGTATGAGACAGTTTGTGAAGGCGTTGGGCAGGCTGGGAGAATTGAGGGTGCTCCAGACTCAGATTGATATATTGGATGATAGCATGGAGAAAGATTTGCTAGAGTCTCTAGACAATCTGCAGAAGATACGGTCCTTGGAAATTTTGGGGGCATCACGAGGGTTGAACGTCGAATGGACTAGAACAGGATTCATTTCCCCTAGGCATCTCCAGCGCCTGTATTTGGAATGCCTTGAGTTTTCTGGACTGCCTGCATGGATTAACTCGTCACTTCTTCCAAACCTCTCCTATCTAAATATGACAATGGAGGTTGTGCAAGAGCAGGACATGGAAACCCTTGGGATGTTTCCTATACTCTGTTACCTAAAATTATATTCGCGTTGTACAAAGCTAGTAAGCTTTAAGCATACAAGCAATGCAGGCTACTTCCAGAAGTTGAAATCCTTCAAGATTGTTGGTTCATCAGTCAGGTTTGATCTGAGTGGCTGCGACATAGAATCTTCTTTCATGCCAAGCCTTGAAACCTTTGAGACTGATGTCCATGTACGCTTCCTAAAAGATGCGAACATGCTTGGTTTCGACAAGCTTGGCTTGGAGAACCTCCCTAGTTCGCTAAAGAGAATCATTGTTGTAATCTGCTGTCGAGATGCCAGTGGTGCAGAGGTTGAGGAAGCACAGGCGGCATTGGAGCATGCAACTGACAGCCATGCCAACAGTCCTAAACTTACAATTATGAGATATGGAGTACAAATTAAACGGCCCTTGTGA

More
Protein seq

MDKIINMLSPWNDIHLSDKKKIISIVGFGGLGKTTLAKAVYDKLKPDFDCGAFVSVGRNPDMEKVLRDILIDLDKQKYKHSIIMTLNERQLINEIKDLVEKKRCFIVVDDIWDKKSWELIKCALQDSNCGSIVVATTRISEVAMHVGHVYKMEPLSLDDSKKLLYARLAGAQGKCLNIPPAVACEKILNKCHSVPLAITTIASLLVNKPEEDWSEVYNSIGFGHEGNNDVENTRRILSFSYYDLPSHLKACLLYLSIFSEDVEIDKNILIWKWIAEGFVQDEQAAGVELFELGEGCFNELINRNMIMPVEVQYQGYQSKARYNEGYVYGCRVHDMMLDLICSLSKEKNFVTLVDSYEQVELPLSHARRLAMQSMSIKEINRLQLPNMGMEQVRSFLANRCYGISLAFSDFRVLRILALEYCQGKINLSHFRSLYHLRYLGLVNAEITELPKEVGDLMFLQTLDLRETSILELPESVGLLTQLLCLYVDHRTWAPVDLIGKLTSLQELCIRPAYAYDRFYDDKANGMRQFVKALGRLGELRVLQTQIDILDDSMEKDLLESLDNLQKIRSLEILGASRGLNVEWTRTGFISPRHLQRLYLECLEFSGLPAWINSSLLPNLSYLNMTMEVVQEQDMETLGMFPILCYLKLYSRCTKLVSFKHTSNAGYFQKLKSFKIVGSSVRFDLSGCDIESSFMPSLETFETDVHVRFLKDANMLGFDKLGLENLPSSLKRIIVVICCRDASGAEVEEAQAALEHATDSHANSPKLTIMRYGVQIKRPL

Function Disease resistance protein RGA5 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q2R8L1]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
Os08g0170200 Os08t0170200-00 Chr08 4111865 4115417 + irgsp1_rep
CDS seq

ATGGACAAGATCATAAACATGCTATCACCTTGGAATGATATTCATCTGTCTGATAAGAAGAAGATCATCTCAATTGTAGGATTTGGAGGACTAGGAAAGACCACCCTTGCCAAAGCAGTTTATGACAAGCTTAAACCAGATTTCGATTGTGGGGCTTTTGTTTCGGTCGGTCGGAATCCTGACATGGAAAAAGTTTTAAGGGACATTCTGATTGATCTTGACAAGCAAAAGTATAAGCATTCAATTATAATGACATTGAATGAAAGGCAGCTCATCAACGAAATCAAGGATCTAGTCGAGAAAAAGAGGTGCTTTATTGTTGTTGACGACATATGGGATAAGAAATCATGGGAACTGATAAAATGTGCACTGCAAGATAGTAATTGTGGAAGTATAGTTGTCGCAACTACTCGTATTTCCGAAGTTGCCATGCATGTCGGTCATGTTTACAAAATGGAGCCACTTTCTCTTGATGACTCCAAAAAATTGTTGTATGCAAGATTAGCTGGTGCTCAAGGCAAGTGTCTGAATATACCACCAGCTGTGGCATGTGAAAAAATTTTGAACAAATGTCATAGTGTGCCATTAGCCATAACTACAATAGCTAGTTTGCTGGTGAACAAACCAGAAGAGGATTGGTCTGAGGTGTACAATTCTATTGGTTTTGGTCATGAAGGCAATAATGATGTAGAGAATACTAGAAGGATATTGTCTTTTAGCTACTATGATCTGCCTTCACATCTAAAGGCTTGCCTATTGTATCTAAGCATATTTTCTGAAGATGTTGAGATCGATAAAAATATTTTGATATGGAAATGGATAGCTGAAGGTTTTGTTCAAGACGAACAAGCAGCAGGGGTAGAGTTATTTGAGCTTGGAGAGGGTTGTTTCAACGAGCTGATAAACAGAAACATGATCATGCCAGTGGAGGTACAATATCAAGGGTATCAATCTAAGGCACGCTATAATGAAGGGTATGTATATGGTTGCCGTGTCCACGATATGATGCTTGATTTGATCTGTTCATTGTCGAAGGAAAAAAATTTTGTTACCCTGGTGGACAGCTATGAGCAAGTGGAACTTCCGCTGAGCCATGCTCGCAGGTTAGCCATGCAGAGTATGAGTATTAAAGAGATAAACCGTCTTCAGCTGCCTAATATGGGCATGGAGCAAGTGAGGTCCTTTTTGGCTAATCGTTGTTATGGTATTAGTTTGGCATTCTCAGACTTTCGAGTGTTACGTATATTAGCTCTAGAATATTGTCAGGGCAAAATTAATTTGTCGCATTTCAGGAGTTTATATCACCTGAGGTACCTGGGGCTAGTCAATGCGGAAATTACAGAGCTCCCCAAGGAAGTGGGAGATCTGATGTTTCTCCAGACATTGGATCTACGAGAAACTTCTATACTGGAGCTGCCAGAATCTGTGGGTCTGCTGACACAACTGTTATGCCTATATGTTGATCATCGTACATGGGCGCCAGTTGATCTGATCGGGAAGCTGACGTCCCTGCAAGAGCTGTGCATAAGGCCTGCTTATGCGTACGACAGGTTCTACGATGACAAGGCCAATGGTATGAGACAGTTTGTGAAGGCGTTGGGCAGGCTGGGAGAATTGAGGGTGCTCCAGACTCAGATTGATATATTGGATGATAGCATGGAGAAAGATTTGCTAGAGTCTCTAGACAATCTGCAGAAGATACGGTCCTTGGAAATTTTGGGGGCATCACGAGGGTTGAACGTCGAATGGACTAGAACAGGATTCATTTCCCCTAGGCATCTCCAGCGCCTGTATTTGGAATGCCTTGAGTTTTCTGGACTGCCTGCATGGATTAACTCGTCACTTCTTCCAAACCTCTCCTATCTAAATATGACAATGGAGGTTGTGCAAGAGCAGGACATGGAAACCCTTGGGATGTTTCCTATACTCTGTTACCTAAAATTATATTCGCGTTGTACAAAGCTAGTAAGCTTTAAGCATACAAGCAATGCAGGCTACTTCCAGAAGTTGAAATCCTTCAAGATTGTTGGTTCATCAGTCAGGTTTGATCTGAGTGGCTGCGACATAGAATCTTCTTTCATGCCAAGCCTTGAAACCTTTGAGACTGATGTCCATGTACGCTTCCTAAAAGATGCGAACATGCTTGGTTTCGACAAGCTTGGCTTGGAGAACCTCCCTAGTTCGCTAAAGAGAATCATTGTTGTAATCTGCTGTCGAGATGCCAGTGGTGCAGAGGTTGAGGAAGCACAGGCGGCATTGGAGCATGCAACTGACAGCCATGCCAACAGTCCTAAACTTACAATTATGAGATATGGAGTACAAATTAAACGGCCCTTGTGA

More
Protein seq

MDKIINMLSPWNDIHLSDKKKIISIVGFGGLGKTTLAKAVYDKLKPDFDCGAFVSVGRNPDMEKVLRDILIDLDKQKYKHSIIMTLNERQLINEIKDLVEKKRCFIVVDDIWDKKSWELIKCALQDSNCGSIVVATTRISEVAMHVGHVYKMEPLSLDDSKKLLYARLAGAQGKCLNIPPAVACEKILNKCHSVPLAITTIASLLVNKPEEDWSEVYNSIGFGHEGNNDVENTRRILSFSYYDLPSHLKACLLYLSIFSEDVEIDKNILIWKWIAEGFVQDEQAAGVELFELGEGCFNELINRNMIMPVEVQYQGYQSKARYNEGYVYGCRVHDMMLDLICSLSKEKNFVTLVDSYEQVELPLSHARRLAMQSMSIKEINRLQLPNMGMEQVRSFLANRCYGISLAFSDFRVLRILALEYCQGKINLSHFRSLYHLRYLGLVNAEITELPKEVGDLMFLQTLDLRETSILELPESVGLLTQLLCLYVDHRTWAPVDLIGKLTSLQELCIRPAYAYDRFYDDKANGMRQFVKALGRLGELRVLQTQIDILDDSMEKDLLESLDNLQKIRSLEILGASRGLNVEWTRTGFISPRHLQRLYLECLEFSGLPAWINSSLLPNLSYLNMTMEVVQEQDMETLGMFPILCYLKLYSRCTKLVSFKHTSNAGYFQKLKSFKIVGSSVRFDLSGCDIESSFMPSLETFETDVHVRFLKDANMLGFDKLGLENLPSSLKRIIVVICCRDASGAEVEEAQAALEHATDSHANSPKLTIMRYGVQIKRPL

More
Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM None None None

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) OsNip_08g0170200 RBH 0.0 0.0 0.174182
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os08g07340 RBH 0.0 0.0 0.047575
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db NA NA NA NA NA
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_08g0004770 SBH 0.998658 0.430401 0.642041
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_08g0004860 SBH 0.330677 9.358120 1.459795
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_08g0004780 SBH 0.738067 2.015869 1.832498
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_08g0004820 SBH 0.264594 0.017447 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_08g0004580 RBH 3.278679 0.929752 4.195461
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU OsMH63_08G0061500 RBH 0.003807 0.4255575 0.0839755
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_08g0004370 SBH 0.053493 0.079847 0.250843
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU OsZS97_08G0067500 SBH 2.8703735 9.310707 2.6230105
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_08g0004530 SBH 0.504364 0.406550 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_08g0004530 SBH 0.367978 2.671728 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_08g0004410 SBH 2.201033 10.113585 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_08g0004690 SBH 0.744127 4.136412 0.704250
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_08g0004540 SBH 0.473200 0.714047 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) OsN22_08G004470 SBH 0.933405 0.0 0.954578
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsNaBo_08g0004410 SBH 4.158404 9.999269 5.769902
Powered by

© 2021- Rice Gene Index @Zhang Lab. All Rights Reserved.

National Key Laboratory of Crop Genetic Improvement

Huazhong Agricultural University

Any comments and suggestions, please contact us.