Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| Os03g0429900 | OGI:03048140 | 3/16 | Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Chr03:18001380-18011820 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | 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| Function | - | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| Os03g0429900 | Os03t0429900-01 | Chr03 | 18001380 | 18011820 | + | irgsp1_rep | ||
| CDS seq | ATGCCATATCATTTTATTAAACTTATATGCCATATCACTGAAGTTGGTGCAGTCACTACTATACGTCCTAAGTCCAGAAACGCTGAGAGCTTAAAAAGGACATTACAGATCCGCGATGCAAGCAATTCAACTCTTCCTGTCACACTCTGGGGAGAAAGAGCAACCTCTTTTGATGCTAATGACATATACAATGCTGGTCAAACTCAAGCTCAAGTTGTTGTGTTTGTTGGAACACTTGTGAAAGATTACAGAGGATTAGGCCTTACACTAACTGGAAGCTCACCATGCAAATGGTATATTAATCTAAATATTCCTGAAGTAGCAGAACTAAATGAGAGCTTTAGCACAAACTTTCAGCCAATCAAGTGGGTTGATGAGCCTGCTACAGGATACAACCAGGATGTACCAGAAGAAAAGAGTATTGCAGAAATCCTTAATATCAACCCTCACAAACACAAGGGAACATGTTTTATAGTAAATGTGACTGTCAGAAGGATATGTAATGAATATTCTTGGTGGTACAATTCATGTTGA
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| Protein seq | MPYHFIKLICHITEVGAVTTIRPKSRNAESLKRTLQIRDASNSTLPVTLWGERATSFDANDIYNAGQTQAQVVVFVGTLVKDYRGLGLTLTGSSPCKWYINLNIPEVAELNESFSTNFQPIKWVDEPATGYNQDVPEEKSIAEILNINPHKHKGTCFIVNVTVRRICNEYSWWYNSC |
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | None | None | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_03g0429900 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os03g31560 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | NA | NA | NA | NA | NA |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_03g0042630 | SBH | 1.743245 | 14.798334 | 9.287885 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_03g0042300 | SBH | 0.906937 | 2.877776 | 4.708432 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_03g0042340 | SBH | 1.737289 | 6.541905 | 14.873166 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_03g0042170 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_03G0296500 | RBH | 0.001988 | 0.010486 | 0.0068475 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_03g0041870 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_03G0299700 | RBH | 0 | 0 | 0 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_03g0042070 | SBH | 0.0 | 0.0 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_03G041940 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_03g0041590 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
