Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| LOC_Os11g16370 | OGI:11026140 | 16/16 | Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | Chr11:9034216-9042631 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | 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| Function | Uridine kinase-like protein 3 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q8VYB2] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| LOC_Os11g16370 | LOC_Os11g16370.1 | Chr11 | 9034216 | 9042631 | + | MSU_osa1r7 | ||
| CDS seq | ATGGGTTCAACTTCAAGGCCAGTTGATGATGAAGTTCTTGATGCCGCCACCGGGGTACACTACTCTGCGCTCCGTTTGGAAGAGCTTAACATGAATGGCTCCGTGTCAGGGGAGGACCAACCGACAACCTCGGGCGTGGAGAATGGGCACCAGGAGCCATTTGTCATTGGTGTCGCTGGGGGTGCATCTTCAGGTAAAAGTACTGTATGCAAGATGATAATTGATCAGCTACGTGATCAGCGTGTGGTTGTTGTTACTCAGGAGTCCTTTTATTATGGGTTATCTGATGAGGAATTGGTCCATGTTCATGATTATAACTTTGATCATCCAGATGCATTTGATACGGAGTTACTACTCTCTTGTATGGAGAACTTGAAACATGGCAAGGCTGTGGACATTCCTAATTATAACTTCAAAACATATAAGAGTGTAGCAAGCGCAAGAAAGGTCAATCCTTCAGATGTAATTATTTTGGAAGGTATTCTGGTTTTCCATGATTCACGTGTCCGGGACTTGATGAACATGAAGATATTTGTTGATACAGATGCTGATGTGCGATTAACAAGGAGGATTCGACGTGACACCATTGAGAAGGGTAGAGATATCAAAACTGTGCTAGATCAGTATTCAAAGTTTGTTAAGCCTGCTTTTGAAGACTTCATCCTCCCAACCAAGAAGTATGCTGATATTATCATCCCACGAGGTGGAGATAATGATGTTGCGATTGACTTAATCGTTCAGCATATTCGCACTAAGCTTGGTCAACATGATCTCTGTAAAGTACACCCCAATTTGTATGTCATTCAGACTACTTATCAGATACGAGGTATGCACACAATAATACGCGATGCTGCCACAACAACACATGATTTCATATTCTATGCCGATCGGTTGATTCGATTGGTTGTCGAGCATGGTCTTGGTCATCTTCCATTCAAGGAAAAACAGGTCATAACTCCAACTGGTTCTGTTTACACTGGGGTAGAGTTCTCTAAAAGATTGTGCGGTATCTCAGTGATTAGAAGTGGTGAGAGTATGGAGAATGCATTGCGGGCATGCTGTAAAGGTATAAAAATTGGGAAGATTCTTATTCACAGAGAAGGAGACAATGGCAAACAGCTAATCTATCACAATGTACCAAAAGATATAGCAAACAGGCATGTTCTATTGTTGGATCCCATACTGGGAACAGGAAATTCAGCTGTTCAAGCTATATCCCTACTCTTGAAGAAGGGTGTACAGGAAACAAACATTATCTTTCTGAATCTTATATCAGCTCCCCAAGGAGTGCATGTCGTTAGCAAGAGATTTCCGAGAGTCAAGATCGTGACATCAGAAATTGACTTTGGTCTGAACGATGATTTCCGCGTCATCCCTGGAATGGGTGAGTTTGGAGATAGGTACTTCGGAACAGATGATTATCAGTCATCAACACCATTCTTTTGCGACGAGAAAAATCGTGTCAGGCTTTTGTGA
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| Protein seq | MGSTSRPVDDEVLDAATGVHYSALRLEELNMNGSVSGEDQPTTSGVENGHQEPFVIGVAGGASSGKSTVCKMIIDQLRDQRVVVVTQESFYYGLSDEELVHVHDYNFDHPDAFDTELLLSCMENLKHGKAVDIPNYNFKTYKSVASARKVNPSDVIILEGILVFHDSRVRDLMNMKIFVDTDADVRLTRRIRRDTIEKGRDIKTVLDQYSKFVKPAFEDFILPTKKYADIIIPRGGDNDVAIDLIVQHIRTKLGQHDLCKVHPNLYVIQTTYQIRGMHTIIRDAATTTHDFIFYADRLIRLVVEHGLGHLPFKEKQVITPTGSVYTGVEFSKRLCGISVIRSGESMENALRACCKGIKIGKILIHREGDNGKQLIYHNVPKDIANRHVLLLDPILGTGNSAVQAISLLLKKGVQETNIIFLNLISAPQGVHVVSKRFPRVKIVTSEIDFGLNDDFRVIPGMGEFGDRYFGTDDYQSSTPFFCDEKNRVRLL
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|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.511961 | 0.469444 | 1.043848 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_11g0265000 | RBH | 0.759737 | 0.700444 | 4.063015 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os02g17320 | RBH | 0.508958 | 0.839749 | 1.595332 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os11g0265000 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_11g0009910 | RBH | 0.095456 | 10.673013 | 4.107535 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_11g0009800 | RBH | 0.0 | 1.444655 | 3.093556 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_11g0009820 | RBH | 1.689520 | 12.950826 | 9.713905 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_11g0009630 | RBH | 0.214466 | 0.577089 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_11g0009750 | RBH | 6.372453 | 22.019262 | 11.336144 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_11G0138800 | RBH | 6.2198795 | 9.284657 | 12.9727285 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_11g0009730 | RBH | 0.120954 | 0.852605 | 1.774104 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_11G0139800 | RBH | 7.1365855 | 7.109835 | 26.153205 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_11g0009850 | RBH | 0.125776 | 0.029103 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_11g0009970 | RBH | 0.237317 | 0.0 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_11g0009730 | RBH | 2.510102 | 2.722569 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_11g0009590 | RBH | 0.230705 | 0.0 | 1.371128 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_11g0009760 | RBH | 0.060720 | 12.286927 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_11G009910 | RBH | 0.110611 | 5.977567 | 4.412032 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_11g0009660 | RBH | 0.520171 | 11.990493 | 5.621943 |
