Basic Info |
Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
LOC_Os09g17329 | OGI:09031540 | 12/16 | Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | Chr09:10604980-10622218 | ||||||||
Gene Symbol | - | ||||||||||
DNA seq | 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CDS seq | ATGATGGCTGCGAGTAACGGAGAGGAACCTCCTAGCACATCCATGGCAACAAGTTCTTCTCCATTGCCCATGGTCGCTCAACTGATGGTCACCACAGACCGTGCTGTAAGCCAGCAGCTGAAGGATCTAGTGAATAAGGAAAACTCCACTACCATGGTGGCGGCGTTGTCCTTAAGTAGAGAGGCTTATGAGGTGGCGATGGCGTTGAAGAACGGGGAGGAGCATCGGCAAGGGAGATGCAGCGGCAAGGGAGATGCAGCGGCAATGTTGATGATGATGGCGTCCAAAAAAGAAGACGCCGCAAAGCCTTCCACTGCGTCCATGAACCCCCTGTTGCTATCACTAGCATCGCAGGGTCGTCTAAATGATTATGATGCAGAGTCGGGCATGGATCTGGACGGGGTCACCACTGAAGGGAACACTGCACTCCATGTTGTGGCCACCTGCGGTGATGGCCCGGGCTACTTGAGGAGTGCAGGCGTCATCTACAGCAGGTCCCAACATCTCATGTTAGTGCAGAACAACAACGGTGACACACCTCTGCACTGCGCTGTCCGGGCTGGCCATTCCAAAATGGTTGATCATCTAATTGATCTGGTTGAAACTAAGGACAACTCCCCTAGCAGCGCGAGACTGGAGGAACTCCTGAGAAAGGAAAACTGCCGTAAGGAGACGGCCTTTCATGATGCCGTCTGCATTGGAAATAAGGATATAATCACCAACCTTCTTAAATATTATTCAGAATTGGCCGGCTTCCTTATGGATGCAACAGGTACTTCACCGTTGTACCTAGCTGTCTTGCATCAACAGGTCGACATTGCAAAGTTATTGCATCAAATGACAGACGGGAATCTTTCGTACTCTGGCCCAAATAGACAAAATGCATTGCACGCAGCCGTTCTACAAGACCAAGTGATGACCAAAATGTTGTTGAACTGGAACAATGGCCTCACAGAGCAATCGGACGAAAATGGGAGCACGCCACTCCATTTCGCTGCATCACTTCTACGGAGAGGAATATACAATACGGTCATCCCTGTGCTGAGAGCCAACCCAGTTCAGTTGTATAAGCAAGACTCTGAAGGATTGTACCCCATACACGTCGCTGCCTCCTCCGGTGCCAATCTGACAGTCAAGTCCTTTATTAGAGAGCGACCTGAGATCGCTGGTTTACGCGATTCTAAGGGGAGGACTTTCCTTCATGTTGCCGTTGAAAGGGAAAGATGGAATGTAGTTGTGTATGCTTGCCATACTCAATCGTTGGCTAGGATTTTGAATATGCAAGACAACGATGGAAACACTGCATTGCACATAGCAGTGAAGCATGGGAATAAGGCTATCTTCTGTTCTCTACTGATGAATAAGGAGGTAAACTTAAATATATCAAATAATAAGGGGCAAACTGCTTTAGATATATCGCAGAGTAAGATTCTTGCAGGATATTTCTATGGATGGAACCCTAACAAACTGATATTGCGGGCACTAACGTTTTGCAATGCAAGAGGTGGTTGTCGTCGGGTAGATCACCTGCAGGAACAATATATTATTCATCAAAAACAAGTAGATGAAGTGAGGGAATCGGACAAAATGACAAATTCAACACAAACTTTGGGTATTGCCTCAGTGCTGATTGTTACTGTCACGTTTGGCGTAATGTTTGCCATACCAGGAGGTTACAAAGCAGACGATCACAATAATGGTGGCACACCAACACTTGCTGGAAGTTATATATTTGATGCATTCATCATGGCTAACACAATAGCATTCATTTGCTCGAGCTTGGCTATCATCAACCTCATGTACTCTGGAATGCCTATGGTTAGTCTACCACTTCGCCGTCGGCACTTTAACATATCTCTACTCCTGGCCTTCAGTTCAGTGACAAGTTTGGGTACTGCCTTTGCACTAGGTATGTATTTAGTGCTGGCCCCAGTGACTCGATGCACTGCAATTGCAATCTGTGCAATGATGATGATTGCATCACTGTGCTTATATACGGAGCCTTTAAATGGCGTTCGTTTTGCAATAGCACTATATGTTAGGAGGGGCAATCGGGTATTGCTAGTTATTGCACAGATTCTACTTATTCGAACGCTAATTACATATTGGCCCTGTGTGATAATCTTTGGCTGGGCAGCGATTTCAACAAAAGATGGGCACACAAGACATGGATGA
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Function | Protein ACCELERATED CELL DEATH 6 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q8LPS2] |
Transcripts
Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
LOC_Os09g17329 | LOC_Os09g17329.1 | Chr09 | 10604980 | 10622218 | - | MSU_osa1r7 | ||
CDS seq | ATGATGGCTGCGAGTAACGGAGAGGAACCTCCTAGCACATCCATGGCAACAAGTTCTTCTCCATTGCCCATGGTCGCTCAACTGATGGTCACCACAGACCGTGCTGTAAGCCAGCAGCTGAAGGATCTAGTGAATAAGGAAAACTCCACTACCATGGTGGCGGCGTTGTCCTTAAGTAGAGAGGCTTATGAGGTGGCGATGGCGTTGAAGAACGGGGAGGAGCATCGGCAAGGGAGATGCAGCGGCAAGGGAGATGCAGCGGCAATGTTGATGATGATGGCGTCCAAAAAAGAAGACGCCGCAAAGCCTTCCACTGCGTCCATGAACCCCCTGTTGCTATCACTAGCATCGCAGGGTCGTCTAAATGATTATGATGCAGAGTCGGGCATGGATCTGGACGGGGTCACCACTGAAGGGAACACTGCACTCCATGTTGTGGCCACCTGCGGTGATGGCCCGGGCTACTTGAGGAGTGCAGGCGTCATCTACAGCAGGTCCCAACATCTCATGTTAGTGCAGAACAACAACGGTGACACACCTCTGCACTGCGCTGTCCGGGCTGGCCATTCCAAAATGGTTGATCATCTAATTGATCTGGTTGAAACTAAGGACAACTCCCCTAGCAGCGCGAGACTGGAGGAACTCCTGAGAAAGGAAAACTGCCGTAAGGAGACGGCCTTTCATGATGCCGTCTGCATTGGAAATAAGGATATAATCACCAACCTTCTTAAATATTATTCAGAATTGGCCGGCTTCCTTATGGATGCAACAGGTACTTCACCGTTGTACCTAGCTGTCTTGCATCAACAGGTCGACATTGCAAAGTTATTGCATCAAATGACAGACGGGAATCTTTCGTACTCTGGCCCAAATAGACAAAATGCATTGCACGCAGCCGTTCTACAAGACCAAGTGATGACCAAAATGTTGTTGAACTGGAACAATGGCCTCACAGAGCAATCGGACGAAAATGGGAGCACGCCACTCCATTTCGCTGCATCACTTCTACGGAGAGGAATATACAATACGGTCATCCCTGTGCTGAGAGCCAACCCAGTTCAGTTGTATAAGCAAGACTCTGAAGGATTGTACCCCATACACGTCGCTGCCTCCTCCGGTGCCAATCTGACAGTCAAGTCCTTTATTAGAGAGCGACCTGAGATCGCTGGTTTACGCGATTCTAAGGGGAGGACTTTCCTTCATGTTGCCGTTGAAAGGGAAAGATGGAATGTAGTTGTGTATGCTTGCCATACTCAATCGTTGGCTAGGATTTTGAATATGCAAGACAACGATGGAAACACTGCATTGCACATAGCAGTGAAGCATGGGAATAAGGCTATCTTCTGTTCTCTACTGATGAATAAGGAGGTAAACTTAAATATATCAAATAATAAGGGGCAAACTGCTTTAGATATATCGCAGAGTAAGATTCTTGCAGGATATTTCTATGGATGGAACCCTAACAAACTGATATTGCGGGCACTAACGTTTTGCAATGCAAGAGGTGGTTGTCGTCGGGTAGATCACCTGCAGGAACAATATATTATTCATCAAAAACAAGTAGATGAAGTGAGGGAATCGGACAAAATGACAAATTCAACACAAACTTTGGGTATTGCCTCAGTGCTGATTGTTACTGTCACGTTTGGCGTAATGTTTGCCATACCAGGAGGTTACAAAGCAGACGATCACAATAATGGTGGCACACCAACACTTGCTGGAAGTTATATATTTGATGCATTCATCATGGCTAACACAATAGCATTCATTTGCTCGAGCTTGGCTATCATCAACCTCATGTACTCTGGAATGCCTATGGTTAGTCTACCACTTCGCCGTCGGCACTTTAACATATCTCTACTCCTGGCCTTCAGTTCAGTGACAAGTTTGGGTACTGCCTTTGCACTAGGTATGTATTTAGTGCTGGCCCCAGTGACTCGATGCACTGCAATTGCAATCTGTGCAATGATGATGATTGCATCACTGTGCTTATATACGGAGCCTTTAAATGGCGTTCGTTTTGCAATAGCACTATATGTTAGGAGGGGCAATCGGGTATTGCTAGTTATTGCACAGATTCTACTTATTCGAACGCTAATTACATATTGGCCCTGTGTGATAATCTTTGGCTGGGCAGCGATTTCAACAAAAGATGGGCACACAAGACATGGATGA
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Protein seq | MMAASNGEEPPSTSMATSSSPLPMVAQLMVTTDRAVSQQLKDLVNKENSTTMVAALSLSREAYEVAMALKNGEEHRQGRCSGKGDAAAMLMMMASKKEDAAKPSTASMNPLLLSLASQGRLNDYDAESGMDLDGVTTEGNTALHVVATCGDGPGYLRSAGVIYSRSQHLMLVQNNNGDTPLHCAVRAGHSKMVDHLIDLVETKDNSPSSARLEELLRKENCRKETAFHDAVCIGNKDIITNLLKYYSELAGFLMDATGTSPLYLAVLHQQVDIAKLLHQMTDGNLSYSGPNRQNALHAAVLQDQVMTKMLLNWNNGLTEQSDENGSTPLHFAASLLRRGIYNTVIPVLRANPVQLYKQDSEGLYPIHVAASSGANLTVKSFIRERPEIAGLRDSKGRTFLHVAVERERWNVVVYACHTQSLARILNMQDNDGNTALHIAVKHGNKAIFCSLLMNKEVNLNISNNKGQTALDISQSKILAGYFYGWNPNKLILRALTFCNARGGCRRVDHLQEQYIIHQKQVDEVRESDKMTNSTQTLGIASVLIVTVTFGVMFAIPGGYKADDHNNGGTPTLAGSYIFDAFIMANTIAFICSSLAIINLMYSGMPMVSLPLRRRHFNISLLLAFSSVTSLGTAFALGMYLVLAPVTRCTAIAICAMMMIASLCLYTEPLNGVRFAIALYVRRGNRVLLVIAQILLIRTLITYWPCVIIFGWAAISTKDGHTRHG
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Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
LOC_Os09g17329 | LOC_Os09g17329.2 | Chr09 | 10605006 | 10619471 | - | MSU_osa1r7 | ||
CDS seq | ATGACGACGCAGCAAGCTTCTGGTGCAGATGCAGAGTCGGGCATGGATCTGGACGGGGTCACCACTGAAGGGAACACTGCACTCCATGTTGTGGCCACCTGCGGTGATGGCCCGGGCTACTTGAGGAGTGCAGGCGTCATCTACAGCAGGTCCCAACATCTCATGTTAGTGCAGAACAACAACGGTGACACACCTCTGCACTGCGCTGTCCGGGCTGGCCATTCCAAAATGGTTGATCATCTAATTGATCTGGTTGAAACTAAGGACAACTCCCCTAGCAGCGCGAGACTGGAGGAACTCCTGAGAAAGGAAAACTGCCGTAAGGAGACGGCCTTTCATGATGCCGTCTGCATTGGAAATAAGGATATAATCACCAACCTTCTTAAATATTATTCAGAATTGGCCGGCTTCCTTATGGATGCAACAGGTACTTCACCGTTGTACCTAGCTGTCTTGCATCAACAGGTCGACATTGCAAAGTTATTGCATCAAATGACAGACGGGAATCTTTCGTACTCTGGCCCAAATAGACAAAATGCATTGCACGCAGCCGTTCTACAAGACCAAGTGATGACCAAAATGTTGTTGAACTGGAACAATGGCCTCACAGAGCAATCGGACGAAAATGGGAGCACGCCACTCCATTTCGCTGCATCACTTCTACGGAGAGGAATATACAATACGGTCATCCCTGTGCTGAGAGCCAACCCAGTTCAGTTGTATAAGCAAGACTCTGAAGGATTGTACCCCATACACGTCGCTGCCTCCTCCGGTGCCAATCTGACAGTCAAGTCCTTTATTAGAGAGCGACCTGAGATCGCTGGTTTACGCGATTCTAAGGGGAGGACTTTCCTTCATGTTGCCGTTGAAAGGGAAAGATGGAATGTAGTTGTGTATGCTTGCCATACTCAATCGTTGGCTAGGATTTTGAATATGCAAGACAACGATGGAAACACTGCATTGCACATAGCAGTGAAGCATGGGAATAAGGCTATCTTCTGTTCTCTACTGATGAATAAGGAGGTAAACTTAAATATATCAAATAATAAGGGGCAAACTGCTTTAGATATATCGCAGAGTAAGATTCTTGCAGGATATTTCTATGGATGGAACCCTAACAAACTGATATTGCGGGCACTAACGTTTTGCAATGCAAGAGGTGGTTGTCGTCGGGTAGATCACCTGCAGGAACAATATATTATTCATCAAAAACAAGTAGATGAAGTGAGGGAATCGGACAAAATGACAAATTCAACACAAACTTTGGGTATTGCCTCAGTGCTGATTGTTACTGTCACGTTTGGCGTAATGTTTGCCATACCAGGAGGTTACAAAGCAGACGATCACAATAATGGTGGCACACCAACACTTGCTGGAAGTTATATATTTGATGCATTCATCATGGCTAACACAATAGCATTCATTTGCTCGAGCTTGGCTATCATCAACCTCATGTACTCTGGAATGCCTATGGTTAGTCTACCACTTCGCCGTCGGCACTTTAACATATCTCTACTCCTGGCCTTCAGTTCAGTGACAAGTTTGGGTACTGCCTTTGCACTAGGTATGTATTTAGTGCTGGCCCCAGTGACTCGATGCACTGCAATTGCAATCTGTGCAATGATGATGATTGCATCACTGTGCTTATATACGGAGCCTTTAAATGGCGTTCGTTTTGCAATAGCACTATATGTTAGGAGGGGCAATCGGGTATTGCTAGTTATTGCACAGATTCTACTTATTCGAACGCTAATTACATATTGGCCCTGTGTGATAATCTTTGGCTGGGCAGCGATTTCAACAAAAGATGGGCACACAAGACATGGATGA
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Protein seq | MTTQQASGADAESGMDLDGVTTEGNTALHVVATCGDGPGYLRSAGVIYSRSQHLMLVQNNNGDTPLHCAVRAGHSKMVDHLIDLVETKDNSPSSARLEELLRKENCRKETAFHDAVCIGNKDIITNLLKYYSELAGFLMDATGTSPLYLAVLHQQVDIAKLLHQMTDGNLSYSGPNRQNALHAAVLQDQVMTKMLLNWNNGLTEQSDENGSTPLHFAASLLRRGIYNTVIPVLRANPVQLYKQDSEGLYPIHVAASSGANLTVKSFIRERPEIAGLRDSKGRTFLHVAVERERWNVVVYACHTQSLARILNMQDNDGNTALHIAVKHGNKAIFCSLLMNKEVNLNISNNKGQTALDISQSKILAGYFYGWNPNKLILRALTFCNARGGCRRVDHLQEQYIIHQKQVDEVRESDKMTNSTQTLGIASVLIVTVTFGVMFAIPGGYKADDHNNGGTPTLAGSYIFDAFIMANTIAFICSSLAIINLMYSGMPMVSLPLRRRHFNISLLLAFSSVTSLGTAFALGMYLVLAPVTRCTAIAICAMMMIASLCLYTEPLNGVRFAIALYVRRGNRVLLVIAQILLIRTLITYWPCVIIFGWAAISTKDGHTRHG
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|
Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
Leaf | Root | Panicle | |
FPKM | 5.632617 | 4.769748 | 0.477652 |
Homologues
Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
---|---|---|---|---|---|
Leaf | Root | Panicle | |||
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_09g0343200 | RBH | 10.366726 | 9.794417 | 2.683925 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os09g15370 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os09g0343200 | RBH | None | None | None |
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_09g0006450 | SBH | 0.090379 | 0.0 | 0.0 |
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_09g0006460 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.000000 |
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_09g0006700 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_09g0006550 | SBH | 0.000000 | 0.0 | None |
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_09g0006660 | RBH | 3.620526 | 23.517025 | 13.299588 |
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_09G0185900 | RBH | 0 | 0.0048205 | 0 |
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_09g0006670 | SBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_09G0161700 | RBH | 0 | 0 | 0.010459 |
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_09g0006500 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_09g0006400 | RBH | 0.310064 | 0.0 | None |
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_09g0006340 | RBH | 0.0 | 0.000000 | None |
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_09g0006260 | RBH | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_09g0006330 | RBH | 0.0 | 0.0 | None |
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_09G006860 | RBH | 0.051388 | 13.900421 | 1.647125 |
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_09g0006730 | RBH | 0.0 | 25.470318 | 2.086420 |