Rice Gene Index: a comprehensive database for homology, collinearity, and transcripts of genes in rice pangenome.

Variation ID: G630_XL628S_OTH1204110

Variant Type:

Ref Genome:

Query Genome:

Chromosome:

Ref Start:

Ref End:

OTH

Os XI-adm: G630 | G630

Os XI-adm: Xiangling628S | XL628S

Chr12

5741704

5745068

SV Length:

Query Start:

Query End:

Allele sv Count:

3061 bp

5613460

5610400

8

Gene_id	Chromosome	Start	End
OsXL628S_12g0076400	Chr12	5612779	5613019

SV_id	Chromosome	ref_start	ref_end	query_start	query_end	length
G630_FH838_OTH1203080	Chr12	5741704	5745068	5568540	5565482	3059
G630_LK638S_OTH1204100	Chr12	5741704	5745068	5621405	5618345	3061
G630_Nipponbare_OTH1209160	Chr12	5741704	5745068	6127612	6124478	3135
G630_R498_OTH1204030	Chr12	5741704	5745068	5583503	5580443	3061
G630_XL628S_OTH1204110	Chr12	5741704	5745068	5613460	5610400	3061
G630_Y3551_OTH1203090	Chr12	5741704	5745068	5568861	5565801	3061
G630_ZS97RS3_OTH1204390	Chr12	5741704	5745068	5590776	5587716	3061
G630_MH63RS3_OTH1203210	Chr12	5741704	5745068	5572109	5569049	3061

>G630_XL628S_OTH1204110
AGGTAGCTCGACCAAAACCAAGCCTCCTTACTACATCGCACCACCGACCCTCGTGATCAAGATCCATAAGTTATAGTAGCACAATTTAATACTGCTGTAAAATATCTATATGCCCTTAAAATAATCATTCACAAAATGCTGTAAAGGTATACATACAGATGCTTCTTCGTTGTATCTTCAATACAACCATACCATAAGTTACTTAAATACTCTCTCCGCCCTTATTTTTAGAAAAATCAAACTCGGTAACTGTTGACTAATAAGTACACTAATAATATCTACACCAAGTGTTATATATGTGATACTGATTTTATAGTTGTTGATGATATAATATGAAAATTAATAGTTAAAGTATGTTATTAATGACCATGTAAAAAAAATTAGGACAGAGGTATGATATAAGGCAGAAGAATACTTGAGTAGTGAAGCCAAGATCGAACAACTCTCAACAGTCTTGGGATTATACTATTTCTGGTTTGAGGCCTATTAATTAATAAAGTTTTACAGTTTATGGTTTTCACCGTGGTGTTTTAAATGTGGACTGACCTAGAGTGGACTAACTCACAATATTTGGCTCACAGCTGGATATCTACCCTTGACGTATGCAATATTCTAGATAACTCTTGTGGCTGAGCTTTTTAGTTGACAAATCATTAATGCACGATTAATTGATAACTATTAAATATTATAAACTTAAAAAAATTTATATATACTCTCATATCAAAATATAAGATACAACCACCCTTAAAAAAACCAAAAAATAATTATTTTTTAATAAAAGCGGCAAGAGTGTTGCCGATTAGATTAGGAGTAGAAATAAACGTTTTTACATTAGGGCGATTACATAAGTGTTATAGTAACAACTCTGTGGCAGCAAAAGACAGCCAAGCAAAATAGAATAATCTCGCCCAAAAATCATGGTGGCTGAAAACCGAATCGACATTTGTGAATATCCTTCTAGTTTGGATCACCTGATAAATATAATGCACACACCACCTAATAGAACTAGAGATTTGAGGGTGCAAGATTTAAAAAATAAGAGTAAATTACACTTTGGTCCACCTTTTATTACCCAAGTTTTAATTTGGACCACCCTTAACCCTATCTTTTCAATTTGGACCGGGTAAATTTACCATTGTTGCATTTTAGACTACCATAAACAACTTTTCTCGTCATGTTTAACTTTCCTTTCGGCAAACATATGAACCATACATAGAGGAGTACGGCCGTATACTAGAGCTGATGTGTTTAAGGTCGTTAATTGTACTTAAAAAAAATCTTTCGTGGTGGTCCAAATCATAATAATAGCAAATTTATCCGATCCAAAGTGAAAAGATATGTTTAAGGGTGGTCCAAAGTGAAACTTAGGTAATAAAATATGGCCCAAAGCGTAATTAACTCAAAAAATAATAATCTAGTGGAGAGAAGGTGTTAGTTAATTGTTGCACGTATGCACGTCTTATATTATGAACGTATTATATTATGAAACATCTGAAAAAAAATAGTTGTGTCTTATATTATATTATGGAACGAAGGGAGTGGTAAGGGTTTTTTTTAAGAAAAAAGCACATGGCCTAAAAAGCGTGATCATTAATAATGAGAAACTAGCTAAGCCCTTAAAGTGTTTAGAATGCATATGGTACCCAAATTAGACTTCTTATAGTTGTACTCCGTACAAGGTTGTGGTCATCTCATTATGCAAAGTTGGTTGATGATGTTAACCTATAACTACATTGTTTGGTGATGGTTTGGCATCGATGAGCGTGGACTCGCAAACATGAAGTCTTCTTATAGTACTACTAAACTAATAATTAATAATGTTTCACGTACGTTGATTGACTAGAATAGAAGAAATCTACTCCATCCTTTCTATAGAAAACCAATCTACCGGTACTGAATGTGACACATCCTAGTACTATGAATACATGTCTCTGTCCAGATTCATTATACTAGAATATGTCACGTCTAGTCACTGGTGGAGAAACCATCTTTGTTCGGTCCGGCAAAATCCACAATAGTCCCGGATCCAAAAAGAACCGGGACTAAAGATTATTTTTAGTCCCGGTTATAAAAATTTTGATCACACCAACCGATCTTTAGTCCCGGTTCATCTCCTATCAGATGTATGTTAGGGGGCCGAGAATCTTTAGTCCCGGTTGGTGTCAATAATCGGGACTAAAGATCACCACTTTAGTCACGGTTGGTACTACCAACCGGGACTAAAACTAAACACGTAGTATATAATCCCTATCCCTTATCCTCTCCTCCACAGTTACAACTTAACAGATCGAATCTCACCCCCTCTCGTCAGATCTATCCTCTCTAACTCTCTTCTCCAACTCCTCCCCTTCCTCCTCTCCTTCCCCTTCTCTCCCCTTCCTCATCCCCTTCCCGGTTGGCCTCCCCTTCCCATCCGACGGCAGGGCCGTGCGCGGCGGTGGCTGGCGGCGGCCGGCGGGGCCGCGCCCGGCGGAGGGCGGCAGGCCGCTGGGCCTCGGGCGGCGGCAACCGTGGCGGGTGGCGGATGGCGGGGCCACAGCCGCGGCGGGTGGCGGGCGGTGGGGCCTCGGCCGGCAGGGCTGCGCCCGTCGTTCGTGGCGACCGGCGGCGGCAGCGGCATTCTTTTTTTTTTTAATTTGTGATGATTCACTGAGATGTATTTGTCTGAGAAGTTACAAATTTGTGATTCATTGTTTTGATCTGTGATGTATTTGAGTAATTTCTTAGGGTATTGTGATGTATTTGATTTGTGATGTGGATTTGGTGATGTGAATTTGGGATGTTAGTTTAATTTGGGGATTTGGGGATTTGCCTACTTGATTTGGGAGAAAATAAAAAGGAAAAAGAAAAAGGGACCAGCTGTACTGCCTGCTATTGTCTCTTTAGTCCCGGTTGGTCTTTAGTCCCGGTTATTTCAACCGGGACTAAAGATGTCAATCTTTAGTCCCGGATTCTTACTCCCGGTTGGAAAACCGGGATTAAAGGGGGGTTTTCAATCGGGAGTAAAGATGGTTTCTCCACCAGTGAGTACTAGATTTGTTTTTTTGGGACGGAAGGAGTA