Rice Gene Index: a comprehensive database for homology, collinearity, and transcripts of genes in rice pangenome.

Variation ID: 127564_XL628S_TRA1206740

Variant Type:

Ref Genome:

Query Genome:

Chromosome:

Ref Start:

Ref End:

TRA

Os XI-3A: LIMA | Os127564RS1

Os XI-adm: Xiangling628S | XL628S

Chr12

7523848

7530333

SV Length:

Query Start:

Query End:

Allele sv Count:

9345 bp

15911536

15920880

15 There is no gene in this region.

SV_id	Chromosome	ref_start	ref_end	query_start	query_end	length
127564_117425_TRA1211260	Chr12	7523848	7535417	15548165	15567595	19431
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127564_HZ_TRA1205040	Chr12	7523848	7525167	5710299	5711621	1323
127564_II32_TRA1204710	Chr12	7523848	7535420	8945190	8956717	11528
127564_LK638S_TRA1206680	Chr12	7523848	7530333	15919973	15929317	9345
127564_R9311_TRA1205050	Chr12	7523848	7535420	9048040	9059671	11632
127564_XL628S_TRA1206740	Chr12	7523848	7530333	15911536	15920880	9345
127564_YX1_TRA1204890	Chr12	7523848	7525167	6348594	6349916	1323
127564_ZS97RS3_TRA1207010	Chr12	7523848	7530333	15855797	15865141	9345

>127564_XL628S_TRA1206740
ACCACGTCACGGCCGAGGACGTGCTGACAACTCCAGACGTCATCGTTGGTACGTTCCTCATTCATTCCATCCCTGCTACCATTTTGTTCGACTCTGGAGCTTCCCACTCGTTTATATCTGTGCCATTCGTGGGGAGAAATCAGTTGGGGGTAGAAAGGCTTAGGAACCCTCTGCTCATCACCACCCCTGGAGGGGTTATGACAGCAAAGTATTATAGTCCTGCCGTCCCTATAGAAATTCAGGGGATTCCTTTTGCTTCGGATCTGATTCTTCTAGACACCAAGAACTTGGATGTGATCCTTGGGATGAATTGATTAGCTCAATTCCAAGGAGTAGTGGATTGTGCAAGACGCACTGTCACTCTGTACCGAGAGCCGGAACAATCGGTTGTTTTCTTTGCACCCCCAACCTCTGTCTGTAGTTCAGAACTTCATCAGATAGGACTGTCAGAAATCCCCATCGTCAGGGAGTTCGGAGACGTGTTTCCGGAAGAACTACCCGGTATGCCGCCCAAGCGAGAGATTGAGTTCCGGATAGATCTTGCTCCAGGAACCACTCCTCTGTATAAGCGACCCTACCGTATGGCAGCAAATGAACTGGCCGAAGTTAAGAAACAGTTGGAAGAGTTGAAAGAAAAGGGGTATATACGTCCGAGTACTTCCCCCTGGAGTGCTCCTGTGATTTTTGTGGAGAAGAAAGACAAGACGAAGAGGATGTGCGTTGACTACAGAGCTCTCAATAAAGTCACCATAAAAAACAAGTACCCTCTTCCCCGGATCGATGATCTGTTCGATCAGCTTAAAGGTGCCACTGTATTCTCCAAGATTGATCTTCGTTCCGGATATCACCAATTACGTATTCGTGAAGAAGATATTCCTAAGACCGCATTCACCACGCGATACGGACTGTATGAATTCACGGTGATGACGTTCGGTTTAACCAATGCTCCTGCCATCTTCATGAACTTAATGAACAAAGTGTTCATGGAATACTTGGATAAGTTTGTTGTGGTGTTCATTGATGACATTCTGGTGTACTCACAATCAGAGGAAGACTATCAGCACCATCTCCGTCTGGTGTTGGGAAAGTTGCGGGAACATCAATTGTATGCCAAACTTAGCAAGTGTGAGTTCTGGTTGTCCGAAGTCAAATTCTTAGGGCACGTGATATATGCTAAAGGAGTTGCTGTGGACCCCGAAACAGTGACCGCCGTCACTGATTGGAAGCAACCCAAGACAGTCACTCAAATTCGCAGTTTCTTAGGTTTGGCTGGAGGTTTATCGAGAACTTCTCCAAAATCGCTCGACCCATGACACAGTTGTTGAAGAAAGAAGAGAAATTTGTGTGGAGCCCGCAATGCGAGAAGGCGTTCCAAACACTCAAAGAAAAGCTGGTTTCCTCGCCGGTGTTAATCTTGCCGGATACTCGCAAGGACTTCATGGTGTATTGTGACGCTTCGCGCCAAGGATTGGGGTGCGTGCTCATGCAGGACGGTCATGTGGTGGCCTATGCCTCACGCCAGCTATGGCCTCATGAAGGCAACTACCCTACCCATGATTTGGAGTTAGCCGCGGTGGTTCATGCTCTAAAAATCTGGCGGCACTATCTCATTGGGAATCGCTGTGAAATATATACTGATCATAAGAGTTTGAAATACATCTTCACCCAGTCGGATCTGAATCTTCGGCAGAGGAGATGGTTAGAACTCATCAAGGATTATGATGTGGGAATTCACTATCATCCTGGTAAGGCCAACGTGGTCGCCGACGCTCTAAGTCGAAAGAGCCATTGCAACACCCTTAACGTCCGTGGCATTCCACCCGAACTTAACAAACAGATGGAAGCCCTGAATCTAAGTATAGTGGGTCGTGGATTCTTGGCTGCGTTGGAAGCCAAGCCCACCTTGCTCGATCAAATCCGCGAGGCTCAGAAGAACGACCCGGACATGCATGGACTCCTCAAGAATATGAAACAGGGTAAAGCCGCTGGTTTCACAGAGGATGAACACGGAACCCTATGGAACGGAAATCGGGTATCCGTTCCAGATAACAAAGAACTTAAACAGCTGATACTTCAGGAAGCTCACGAAAGTCCTTATTCCATCCACCCTGGCAGTACGAAGATGTACTTAGACTTGAAGGAGAAATACTGGTGGGTTAGTATGAAGCGGGAAATTGCAGAGTTCGTGGCCCTTTGTGATGTGTGCCAGCGTGTCAAGGCAGAGCACCAACGACCGGCCGGACTTCTCCAACCTCTCCAAGTACCAGAATGGAAATGGGATGAAATTGGGATGGATTTCATCACCGGATCCAAAAACCCAAGGTGGATATGATTCTATATGGGTAGTTGTGGATCGATTAACCAAGGTAGCTCGATTTATTCCTGTGAAGACCACCTATGGAGGGAACAAACTAGCCGAGCTCTACTTCGCTAGGATCGTGAGTCTCCATGGCGTTCCCAAGAAAATCGTATCTGATAGGGGAAGCCAATTCACCTCTCACTTTTGGAAGAAGCTCCAAGAAGAGCTGGGTACCCGATTAAATTTCAGCACCGCGTATCACCCGCAGACAGATGGACAGACCGAGCGTCTAAATCAGATCCTAGAAGATATGCTTCGCGCATGTGTCCTAGATTTCGGGAAGACCTGGGATAAGAGTCTCCCCTATGCCGAGTTCTCCTACAATAACAGCTACCAAGCCAGTATACAAATGGCACCTTATGAAGCATTGTATGGGCGCAAATGCCGGACACCGCTCTTGTGGGACCAAGTTGGGGAAAGTCAAGTGTTCGGGACCGATATCCTGAGAGAAGCTGAAGCGAAGGTTAGAACCGTTCGGGATAATCTAAAGGTGGCACAGTCCCGGCAGAAAAGTTATGCAGATAACTGTCGCCGTGACCTGGAATTCGCAGTGGACGATTTTGTGTACCTTCGGGTCACACCATTGCGGGGTGTACACAGGTTTCAGACAAAAGGGAAGCTCGCACCTCGGTTCGTGGGTCCTTTCCGTATCATTGCTCGGCGCGGAGAAGTCGCTTACCAGTTGGAGCTGCCCGCCTCCTTGGGCAACGTGCATGATGTGTTCCATGTGTCGCAACTCAAGAAATGTCTTCGAGTGCCATCCGAGCAGGCCGACTCAGAACAAATGGAAGTTCGCGAAGACTTGACCTACGTGGAGAGGCCAGTGAAAATCCTGGACACCATGGAGCGCAGGACCAGGAACCGGGTAATCCGTTTTTGCAAGGTCCAATGGAGCAACCACGCCGAGGAAGAAGCTACCAGGGAGCGTGAAGACGAGCTGAAGGCAGCCCATCCCGATCTCTTCGCCAGTTCTTCCGAATCTCGGGGTCGAGATTCCGTTTAAGGGGGGTAGGTTTGTCGCGTCCCAAAACGACTCTAAAATACATCCTCTAAATTATGCATAGAATAAGTAAAATCCATGTGAAAGCCTCCAACAATTAAAATGTGCAAAGTTAAAAGTCAAATAAGGCTTGGAGGATTCTTGTATATTTCCTAAAAGCCTAAAATGCGTAAATAAATTTTAGTGGAATTTTCAGAGCACAAATAATAATTAAGAAGAAAAAAACAAAGTTAAAATGGTTTTATAAAAAGAAAAGCTCTAAAAAGTCTTTTCTCTCCCCCTCCCCCTCTTGGGCTGTCACGCCCGGAATTTCTATCCAAAATTCCAAACGCTTACATGTGTGTTAAACCCTCGTCCAGGAATCAACCGAGGCACACAATGACAATTTGATAATAGAGTACAAATAAATAACTATTTAATATTCGCAAATAATAAAAGATTACAGAGGTAGATAGTTCCTCTAAAAAAAATAACATTCTACGCAGTGGAAAAATAAAAACTATAACAAACTACGGAACAGCTATGGCGACTCCACTCCACAGGCATCTTAACCAAGAACAAGCCTAATCCTCCAGATCATCACCTTCACTGAGATACTCGTCTTCTGATGAATGAATATTGCAAGAATGAGCATATGACATACTCAACAAGCCACACAGCAAATATGCAAGTGCACAGGATAACAAAGGATGGCATAATAGAGCTCATTTGCAGAAACAGCATTTGACAAATACTTTAAGAGAATAGTAAAACAGTTAAATAATTAATCAATATTAAATAAACACCATACAACACACCCATGTTGCATAGGCCCAACCACATTTGAACAACCAACCCCAGTTGAACAAATTTAACCTCCAAACCAGGAATTATCCATCCCAAACCAGGAGTTAAATTAATTACCACATTATTACCATTAATGAGTAGTGTGAGACTAATCACGAAAAACATTGCTCAACTCACCCATAACCGCGGGTACGGCTATTCGAATAGATTAAACTCTGATCAGAGGTGTACCACTGTACCCACAAGACACAACCCCACATCATGTCACTATGTGCCTCAATACCACCACGATACCTCGGAAAGGAGTTGTGACAATACCCCTCGCATAACACAACTCACCACAGTGCAGCGTACCTGGATCATAATCACCCCCTCTACAACCAGAGGCATGGACTCCCCAGCGACCCCCACGGACTTCTCGCCGCTTCTCAGTCTGGCACCCCGTAATGAATCATGCTATACAAACGGTAAGCCGTTGCCCACGCTGGCTTGTGGTTGGCATGGTAAATGTTTCACAACAGTAGCTCGCGAACCGGTCCTTAATTGTCATGAACACAACCATCAAAACCATATGCTCACAACCCACCTTAACCAGGTTTTAATTATCAATTAATTAACATCACACGATTTACCATCGTGAGCTACCATTGAATATAACCCTAATTAATAATAATAATTATATAATTTAATTTATATTTAACCCCTTTAGTTAGCTAATGTTTCTAAGCATGGCTAAGCAAACATATATATAGCATTTAGCTGAACCAATCCAATATATAAGGTTCATGCTAATCAAATTATAACCCATAGAAAAATAAAGTCATCTTCGGCCATTAATTAATTGGGAAAGGTTCA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