Rice Gene Index: a comprehensive database for homology, collinearity, and transcripts of genes in rice pangenome.

Variation ID: 127564_MH63RS3_INV1204280

Variant Type:

Ref Genome:

Query Genome:

Chromosome:

Ref Start:

Ref End:

INV

Os XI-3A: LIMA | Os127564RS1

Os XI-adm: Minghui 63 | MH63RS3

Chr12

5706425

5713722

SV Length:

Query Start:

Query End:

Allele sv Count:

7620 bp

5544366

5551985

8

Gene_id	Chromosome	Start	End
OsMH63_12G0088500	Chr12	5544590	5548336
OsMH63_12G0088600	Chr12	5551163	5553128

SV_id	Chromosome	ref_start	ref_end	query_start	query_end	length
127564_FH838_INV1204560_1	Chr12	5706425	5713722	5540805	5548420	7616
127564_LK638S_INV1204300_3	Chr12	5706425	5713722	5593659	5601280	7622
127564_Nipponbare_INV1209070_5	Chr12	5706425	5713619	6106001	6113573	7573
127564_R498_INV1204330_1	Chr12	5706425	5713722	5555760	5563379	7620
127564_XL628S_INV1204310_3	Chr12	5706425	5713722	5585715	5593336	7622
127564_Y3551_INV1204640_1	Chr12	5706425	5713722	5541126	5548743	7618
127564_ZS97RS3_INV1204640_2	Chr12	5706425	5713332	5563250	5570652	7403
127564_MH63RS3_INV1204280	Chr12	5706425	5713722	5544366	5551985	7620

>127564_MH63RS3_INV1204280
CCGGGACTAAAGATAGCGATCTTTAGTCTCGGTTGGTAACACGAACCGGGACTAAAGATCGGTCAGCCACGTGGCCGGCTGATCCATCTTTAGTCCCGGTTGGTGTTCTGTGTACCATTTTTTTTATTTGCATGGCCCTGTTTGCTGCATGGTTGATTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGCAAAGCTATAGCTACGACTTCGACGCTGGCGTTACGTCAGAAGAGGAAGGACCGACGTTATGAATTGTCGATCCGTCGTAGTAGAATTCACCATCGGGATTAAGGACTTCTTCGTTGATGAACCCCATCAGTTGTTCTTGAACAGCCGTGATAAAATCCTTGTGTGGGAGATTTTCCCTCATGTGAATACGCTATCATTCGAAAAATAATGACATATCAATATATGAAATTAATAAACAACTTAACAAATCGATACGCAATGAAATTTTGAATGGTTTATGTATACGTACATCGAGCTCTCGTATGGTGTATATTTGGTTTGATAGGCAGTGGTCATACTCGCATACGTAGTAGCCGCATAAGTTAGTTCCCTGGTCCTGCTTTGCAAACTACATGAGAAACGATGAGAGATTTAATATACTCTTTATATTAACTGTAATTAGAGATTCAATTCAATATAATTTTGGATCATGCATGTACTCACTGGAAAATGAAACCTCCATCCAAGTTTTTCTTTCCAAGTCCCGCGGACCAATTGACGGAACCAATCCCAAGCCCTACATGTGCAGTTGCTAGCTATGATTAATTAATTATTACCCGAGATCAACATAATAGCAACAGAGTCCCGTGACTTTGGAATAGATGGTATTATATTACCTGTCTATCAGTTGGAAGACCTTGTCAAAAACCTTCTCCTCTTTATTCATTGAGTCGTACACAGTGACTCTGCATGCGTCCAAGTCGAAAAAGAACAGGACCTGGTGGAATCTGGAATATGCGTGAGATGAGATAAATATCAGAATGTATATGTTATATGTATGGGAATGAAATTTGTTCGAATGACAATAAAAACTCACTCTGTGTTGTACGGCAATAGTATGAACGTCTTGAAATGCTGCTGCGTTAGGAGATGGACGAGATTGTCCTCTGTGTCTTTCTCGTACTTGTCAATCATTTCAGTGTTGATTTTCCGAGGGTCGATGAACCCAGTATCGTAAACCCCCCGCCGTCGGGCCCTTTGAATCTCCATTCTACAACAATAAAAGGAAATTATTATTGCTTACATATATGCCAGGAGCTAATTATTGAACGAAACAAATCGAACTCAAAGATACTTACAAAATCCATGCGCCCAGAAGAGAGACGTCGAGGGCGTCCAGATGGTACAGATCGAAGACATCCTTGAAATGGATCCATAGAACATCTTCTCCTTGCAAGAAATCAGGGTTTCTGATCCTCGCTCTGAACATCTCTCTACCCTTGGCACTCATTTCCATGTACCGTTCATGGAATTTGTATATTTTTGTCGGTAGGGACTGCAACTGCTCAGGCCTAACAAGTGGTTTACCGAGTTCAAACTTGTATGCCACTTCCGCCTTCGGGATTGGTGCGCCTCCAACCAACTGAGCCACAGTTAAACCGGTGTCCGAAATAAAATCCGTTATGCCAAAGTCTTCGCCGGTTACCAATGGCTCGACCACTTGGTTTGGTTGTTTTCCAAGCTGAGGAATTGGTTTGGACTTCTTGTAATAGGCTTTCCTAAGTGTTCGGTCATAGTCCGATAGCTTTAAGGCCTCCTTGTTTGTGGTGGACATTCCCTTGAAGAAATTCTTCATGCTCGGGTCAATAGGTATCTTCTTTTTAGGACTCCGAGGCTTGAGTTGCCTCTTCACTTCTCCTGCCACATAAGCGTCAAGCTCCTCTTGACTGCAATCGTACGGCGGCTCCTTGTTTTGGGTGGTGTCAACTTTGGCCTTCTTCGTTGTCCTTGTGCTGGCAGAAGGTGGAGCTTGGCGAGACCTTGTCTTGGGAGGTGCAGGCGGACACGGTGGAGGCGGAGGCGGAGGAGGCGGAGGAGCCGGAGGAGATGGTGCAGGAGGAGGTGGTGGAGGAGCCGGAGGAGATGGTGTAGGAGGACGTGGCAGAGGAACCGTTGGAGATGGTGCAGGAGGAGACGGCGGAGCCGGAGGAGATGGTGCACGAGACGCCGCTTGTCGCCCAGGGAGGATGATGTACCGCTTGCGCCATAGTATAATGGCGTGGCTTGTGTCTCGTAGATGCGTCTCACCGTCTCCTCCTGGGTAGTCCAACTCGAGGTCCTCGCACACGGCTTCCACCAGCTCAACTTCGACCCTCGAGTATCCTGCTGGAATCGGCCTGTAGTGGTAAGTCCCTGAAATGTCCGTTGGGATGGCCATTCCCGACGCCACCTTCACGTGATGAGAGGTTATCTATTAGTAATCAACCTAAGCAGCAACCTGCGGAACGTACAAGTAAAAAATCATATATTACATCGAGCATACCTTGATTGATAAGTTCTTGAAGGGAATATGCAGCACAAATGGTGTCCGTTGCATGATCTCATCAACAGGGCAGGTGGTTTTGTCCTGGGTTTGCATGGCGTCCATGCTCTGTGATCCTACCTGCCCCGTTGAGGCGCAGATACTACGATTGCCTGATGGGCTGACCATTGGAGGAGGTATGTACAGCTGGGGATCGTGTGACCGATGTGCTGCCATGCGTTCATCCACCTTCCGGGCCACCTCCTCTTGCATGCTGAGCTCGTAGCTCGATACCCTGTACTCAAGATATGCAATCTTCGCCTCGGTATCTCTCTTGCTCCTCATCCGACTCTTGTACGTGTGGATGTCCTCCTTGAATCCAATCTTCCAGGGAATCACGCCTTTCCCTCGTGTTCGTCCTGGATGCTCGGGAGTTTGTAGGGCGAGTGACAGCTCGTCCTTCTCTCTGTCGGGTCGGAACGTGCCCTGAGAAGAGGCTTTCACTGCGTCCGTTAGTCGACTGGCAGCCTTGCGTATATGATTGCTGAAGACCAGGGAGCCATCAACTGGGTTAAGCATTCCACCGTGAGCATAGTACCAGAACTTCGATCGATCCGGCCATTTAGCGGTGGCCGGTTCGATACCCCTCTCAATCATTCTTGCCTCCATCTCCTCCCACTTCGGTATTGCGACGCTATAGCCACCTGACCCCAAGTGGTGATGATACTTCTTCTTGGCAGCGTTTTCCTTGTTTTTACCATCATCGCTTGCCCTTGTTGCCCTGTCTTGTAAGCAACGAACTCGTCCCAATGATCCCTTAGCTTTGAGAATACGTCGAAGTTCGGTGTTAGTCCCTTCAGGATGTATTTCTTGTACAGATCTCCCTTGAAGCTCTGGAACTGTTCTGCCATTTTCTTAAGAGTCCACTATTTCACTATGTTCTCCATACCCATAGGGAGCGTGAACATCTCGAGCATTGTGGTCCACAGTATCTCTTTCTCTGATTCCGGGACAAAGCTATCATTATCCCCGCGTGCTCTTGTTCTACGCCAGTACACCTTGCTGACAGGCACGTTATCTCTCACAACCCAACCGCTGTGGCGTACAAAATTCTTGGCTACTTCTACCGGGGCACTAGGTCAGCCGTCTGCGTCCACCTCAGTTATGATGTGCCGACCCTCTATCTTCTTCACGGCACCTCGTTGTCCGCGTGCCCTCTTCTGTCCAGTGGAGGGACGACTTCCACTAGCCTCCTCCTCGTTCCCTTCCGCATCCCTCTCCACGTTCCCCTCCTCGTTCCCCTCCGCATCCCTCTCCACGTTCCCCTCCTCGTTCCCCTCTGCATCCCTCTCCATGTTCCCCTCCTCGTTCAAGTACTGGTTTGTATCCTCGTTCCCCTCTTCTTTGTTCCAGTACTGGCTGCTTCCCTCTACGATTGTATCGTACAGTATCTGTTCATCATCGTGATCAGCCATCTGTTCATAGAAGAAATATTTGCTAAGCGTAATATTAAAACTCTACTAATCTTGTATTAAAACTCAAATAATCATATATGCTAAGTCTAAGTGTCGTGTGTTATAACCCTAGATAATCATATATGCTAAGTCTAATTAAGTTTCGAATATTACATTTCTAATAATCTTATATTAAATCTCAAACAATCTCTAACAATCAAATATGCTAAGTCTAATTAAGTTCCGTATATTAAACCTCTAATAATCTTATATTAAATCTCTAACAATCTCTAACACACACATATGCTAAGTCTAATTAAGTTTCGTATATTAAACCTCTAATAATCTTATATTAAATCTCTAACAATCTCTAACACACACATATGCTAAGTCTAATTAAGTTTCGTATATTAAACCTCTAATAATTTTATATTAAATCTCTAACAATCTCTAACACTCACATATGCTAAGTCTAATTAAGTTTCGTATATTAAACCTCTAATAATCTTATATTAAATCTCTAACAATCTTTAACACTCAAATATGCTAAGTCTAATAATCTAATAATCTCTAACACTCACATATGCTAACTCTAATAATCTAATAATCTTATATTAGAAATCTAACAATCTTATATTATATCCCTAACAATCACATCTTTACATCACTTGCCTGCGCGAATTCCTTCGAGGGCTAGCTACCACTTCGGCTTGGGGGACGACGACGACGACGTCTTCTCTGCAACATGCAAAAAAAATGTATTAGTCTAAATGCAAAGGAACATATAATGTATTTCACGTTTCCAAGTATATATAATCATATATATATGCTAAGTTCAACAATAGTTTAATTATATCGTTCATACACATTTCGCTCGCGTTCGTTCTCACACTTTTAGTTCAAGTGCATTCACGTTCGTTAACGTTTCAATCACGTTCGTTCGCGTTTCATTCACGTTCGTTTGAGTTCGTTCACTAACACTCACGTTCGTTCACGTTTCAGTCACGTTCGTTCGCGTTCGTTCATGTTTGTTCACGTTTCGTTCGCGTTCGGTCGCGTTTCTTTAACGTTTCGTTCGCGTTCGTTCACGTTCGTTCGCGTTCGTTAAGCGTTCGTTCGCGTTCGTTCACCTTAGTTCGCGTTCGTTCGCTAACACTCACGTTCGTTCACGTTTCAGTCACGTTGCTCGCGTTCGTTCACATTCGTTCACGTTTCGTTCGCGTTCGTTCACGTTTCTTTAACATTTCGTTCGCGTTCGTTAAGCGTTTGTTCGCATTCGTTCACAATCGTTCGCGTTCGTTCACGTTTCTTTAACGATTCGTTCGCGTTCGTTAAGCGTTCGTTCGCATTCGTTCACGTTCGTTCGCGTTCGTTCGCGTTTGGTCACGTTCGTTTCGCGTTCGTTAAGCGTTCGTTCGCGGCGGCGACGTCTCGCGGCGGTGGGGACGCGGTCCGGCGCCGTGGGCCGGCCCGGCGGCGTGGCGGCGGCGGCGTCAATCGTGGCGGTGGCGGTGGCGTGGCGGCGGCGGCGGCATCAATCGTTACGTGGCCCGGCGGCGTAGGGGCACGGCGGCGGCGTCGTCTCGCGGCGGCAGTGTCTCGCAGCGATGGGGGCGCGGTCCGGCGGCGGGCCACGGCAGCGGCATGGGGGTCCGGCGGCGTGGGGGCCCGGCGGCATGGGGGCGCGGCGGCGGCGGGCCACGGCAGCGGCTTGGGGGCCCGGCGTCGGCGTCGAGAGAGAGACAGAGAGCTACATCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGCGGGGGCTCTCACCCAAGAGACGTGGCGGCGGCGTCTGCGGCGGAGGCGGCGAGGACTGCCAGGCGACGGTGAGAGACGACGGCGGCGTCGACGCGGGGTTGCCCTAGGCAATGGCGGCGAAGGAGAAGCCGATGCTCAATCTCGATGGAAAAACGTCTAAGTGTTGGTGGAGAAGACGAGGGCGCACCGGGAATATATATACCCCCGGATCTTTACTCCCGGTTGGTGAGAAGAACCGGGAGTAAAGATATCTTTACTCCCGGTTCTTCTCTCTTTACTCCCGGTTCCTAACAACAACCGGGATTAAAGAGTAAAGATATCTTTACTCCCGGTTCTTCTCACCAACCGGGAGTAAAGATATTTTCCCGCTATTTCCAAATTCTTTTTTAAACCCGATTAGGGTTAAGAACCGGGACTAAAGTTAATAGCACTGAATATTGAATTTCGTTGCATATATGCTTCTAAAATAGTAAATAATGCTTTAAAAATTCTAATTAACATATGTAAATCCCACATGTATGGTTTAAAACTTTTAAAAATTCTAGTAATCATATATAATTAGCATATGCATGATATTAAATTGTTAAAAATTGTAACTAACATATGTAAATCCCACATGCATGATTTAAAACTTTTAAAAATTCTAATAATCGTATATAATTAGCATATGCATGATATTAAATTGTTAAAAATTGTAACTAACATATGTAAATCCCACATGCATGATTTAAAACTTTTAAAAATTCTAATAATCGTATATAATTAGTATATGCATGATATTAAATTGTTAAAAATTGTAATTAATCATATGTAACTAACATATGTAAATCCCACATGCATGATTTAAAACTTTTAAAAATTCTAATAATCGTATATAATTAACATATGCATGATATTAAATTGTTAAAAATTATAACTAACATATGTAAATCCCACATGCATGATTTAAAACTTTTAAAAATTCTAATAATCGTATATAATTAGTATATGCATGATATTAAATTGTTAAAAATTGTAATTAATCATATATAACTAGCATATTCAATACATCTAAAATAGTTTACAACAATTACGGCAATAGATCGGCGGTGACGGTTGTCCGCACGTACTTTCTCCTCACTGTTGTTCCTTCCTTGTGATCGCTACATGAGTAAGGGGTGTCTTCGTTTGATAGGAGGATGCTAGGGTCAACCGTCACCGTGAAAGGGGGTTGCCCATCAAACTGATCGTAATCCTCGTCAGTCTTGTCCTCTACTCCGATGATTTTTCTTTTGCCTGGGAGAACCACGTGGCGCTTCGGCTCGTCAGGCCCTTTGCCCTTCTTTCCTTTGCTAGACATGTCCTTCACATAAAAAACTTGCGTTACATCATTGGCAAGGACAAAAGGTTCGTCCGAGTATCTAACCTTGTTAAGGTCAACCGTTGTCATCCCACTATCATCAATCGTTACGCCTCCACCAGTCAACCTAACCCATTGGCACTGGAACAGAGGGACCTTGAGAGGTCCATATTCAAGTTTCCATATCTCCTCGATGGCACCGTAATACGTGCCAGTTGTACCATCGTGTCCCATGGCATCGATACGAACAGCACTGTTCTGGTTCGTGCTCTTCATGTCTTGGGCTCTTGTGTAGAATGTGTACCCATTGATCTCATATCCCTGGAATGTCGCGATCGAGCCAGATGGACCCCTCGCCAGGAAGGCCAATTGCTGGTTAATCGTCTCGTTACCCATGAGATGTTGTCGTAGCCATGCGGGGAAAGTATCAATGTGATGCCGTGTAATCCATGCATCGGACTTACCGATGTTTCTGGCGCGAACTAGAGCCAAGTGCTCCTCGATGTAAGGAGCCACCAATGAAGATTGTTGTAAAACCGTGAAATGGGCTTT