Rice Gene Index: a comprehensive database for homology, collinearity, and transcripts of genes in rice pangenome.

Basic Info

Gene ID	OGI # \| Score	Accession \| Assembly \| Annotation	Location	Links
OsLaMu_12g0019050	OGI:12063980 \| 45/50	LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	Chr12:24404432-24427028	Homologues MicroCollinearity
Gene Symbol	-
Mutant	-
Stuctural Variations	Nipponbare_125619_INS1253590,LJ_125619_INS1252450,125827_125619_INS1246350,127652_125619_OTH1238920,127652_125619_INS1238930,127652_125619_OTH1238940,LK638S_125619_INS1242640,OglaRS2_125619_DEL1252080,OglaRS2_125619_DEL1257290,OglaRS2_125619_OTH1256780,117534_125619_INS1241200,Kosh_125619_INS1253790,Basmati1_125619_INS1241720,117425_125619_INS1238670,117425_125619_INS1238680,132278_125619_INS1249600,132278_125619_INS1249610,ZH11_125619_INS1255830,KY131_125619_INS1252070,FS32_125619_INS1237250,CN1_125619_INS1243920,Y58S_125619_INS1249160,NamRoo_125619_INS1246210,NamRoo_125619_INS1246220,02428_125619_INS1250770, More
DNA seq	atgtcaccggccgctccagacgccatcgtggactccccatcagcccactccctcacgctgccctcctctgcatcagcctccgcgccgtcgtcgacagcgccagccactccagattgtcaccgccgccgcgtcttcctcctgcccatcagcctgtcgtcgacgtcgctgccgctcctcttccccatcagcctgccgtcgacgtcacggtgcctcgcctctttacctgccactgccgctggcctcctgcccatcaccatgcagccattggagtctgccgccgcctgcgttaaggtcattcaacccattctatgaattcctttgcttaatttcctacttatcgatcagaaaactaacaagtacatctgttagtatgtctggaacattgatttaatatcattttgtatggcagaattcatcaaaatctaaaatttacttgagatttattattcctgtggtttgttcatcacaatactgtagttagtaaataatgttagctctccaaatttttcgtcttttggccacttttgttgccagccaccactctaggagctggatgcttcctgccatattcatagcctccttctgtaaatgccagtttctatcaacatgattagacggcatcatgctacctaggcagaaattggggagcttgattgtgatggttggtgggctgctgagtaaacttatctttatgtaatctgcttccaaggaaaattgtacgttttttttatgtcccatagcaaattttgcctttataaatgtatgtcttatattatgtacgatcaccattgcggatgtagcttaaaaaggtttgttcacgatctgactttgtttatgtagactaaagatttttttagggtgaagcttgaaaaggttttggtttttcagtttcaatagatgccctccaggatggcatctatcaggctctcgttgccgttcttttcatgtaactgtatcacacatgcatgttgtcggtcagcaagtgctactaattcctttcaaaacatcaaacctttgtagtttgcacctgaataaattagcccggttgaaagtgcaacattggttatggcctggccagtgaatctttgttgatcaggggcactgaataaaatgtatcttctctgcatcatcctggttcctatttccttgttttttgggaacagttttatcattaaaatgtacttgtattttttggacgtacacttgcttgctcttttctgctcactgaggatcaaaaagaaagacatttcagagtttagctacagacaactgttaatcatttctgtccttatgctatatcatggaattaaaatatatgatggtaaaaatgtgtcttgcaaagaaacaatctcactctgtatgtttttcaatctattgcaggggttagactgcttgggtacatctcaacaaaaaaaaaaacatcattctgatgtccgatacatcttaggtggtgtcctcatattgccttattgtgatctgattgtcggaaagtcaaacagaggttatcatcaacaaggtaatacttgtgccgatctgcttatattatgcattctctggccatagggttgccacattcgaatatatatctccacatgcaaaattaaagcttgtggtggatgcccttttctgtgaatcgttatgctaaactggcagttctattcattcatatttgaagtgagcatggatctttgtattaatcgcggcagccagcccccgacaacgtgaccccgcactgcctcccctccctcctcgacctcagcagttgctgccggatcgtgggagctggccccttacgacgcaaccccgcgccaagcagcagccgatcaccccgccgcggcagaaggttgcctcgaagctctgacattgaaaaggtcattattgtattaaatacttctgcgtttgatgatttttttaaaacccaaaaaaagcaagaagtgacctgatagggcagccttacggcataataagtatatagttttgtttgtggttttgaattatcaacattgataactgatatttatttcatgcaaactaaaaacttgagaaaaaatgtgtatgctgcactactaatgttgttgttaatgagatcatagtaatcttcctttcaagaaagacctctcagtgtattcataattcatcctcaatttattgagagttccttatttatgcctcaatatagaagttgatcttgagttggacttgtacaagctaaatgttggctgaaggtataatctgtaactaatttaggttatcaccagaaacatacatatacataaccaatggcttagacttgaaaaaacttgggcaggatggatgggttagatcaaatgaaatggcctttgtatagtgtaaagaacaagagaggagattcttttgtttattgagcttgcaatttagttgagatctcgctggcgtaagaaactgatgttcgatgaccaagtcatgcttcactgtccagttctgctctattgttggggattttcacgccttttttccccacctcgatgccatatcctttctaaactatataatgctatcttcagattaattgcacataacttctgatcaagtgctgctttatttttcttaatgcattaacgtctcaagtcacagcatattgaggctgatctgttctgattgttgtggtgtttttggctgcagctgtccagcccagccaatcggttgctacccaaaatggaaccagcggtggaaaacgaaaaaaatcttgcatcaggctgtcaagcttttaaacatttatatgggattgaggctgcaactataaaccttttgctctatatatttttctcttaaactttatcctgttgcctgtcatattcatatgtttacatgggattgaagtagccagtgttgatatagatatatgcaaactagactcaaggatgctaaacatgtttttttaacagtaagttaataaatatttaacttacaaataggagtacataggctgctaggactgcctacaaatatgttttcagaagaacaaagctaaatttcttttgatgtataagtagatagcatttcctgtgtagcctacattttgtagaaagctttataagattccctaaatttagttaacgttagactattagaaattggggttttctgtacgaaaccctccatctgtttactcatattccatggcttttaattgcactgtttatgctacatcaacagatcgatgtcatttgtttagagctgacttttggattgatttgttctcttttttcagcaaagtatcaatttagtgggtccaggagccctgataatactatatatggctaccactatgcacatatgcaatccaattcatttttttggcttatgtatcatccaagcatagaattgattgtccattacccacttgaggattagctatttccttgaaccatagcgactgttctaaaatatccaccaaaaagttCcccctcttctctcttataaagaagaggctctatcctttgtttttaggtatgtattttctatatgtgacccatgaaatgtctttgttgttgaagaacttgtggagaaatttaagaaataatacttttaagaaagcggatttgtccttttgagaaatagttcatgggccaatgtcctttcttgatccagatctcaaagcttctcttttatgcaactattttcccttctttttttaaaagattttgcttgtggctgatgtttttatctttgcacaaattacatgttatgcttcagtatattagaagcaaacacatagtattatcgtatagagaaaatagttatacgggaatggtatgacatacatatatataactattactatatactggcaaataaggactgacccattttccccttatctaggcaaaccaaaccaagtaaccttcctcaattcctctcccattgtaacatcacctgctatgaatatgaccaaacaagctagcttgtggtgcacctgtggtgtgtgattctggaggacatattgatgctttatgtgttgtggtttagtatatttttatattgaatatattgcaggcatagagaatatgttcctcatgacaaaagatacttgtgcgtgttctcaatcaatcgttgacactatgatgtcctagcagtgtgaacattatggtattgttctgggtttgaattgtggacgtgtgatcctatgctgtcactacaacaaaaaccttatataaagacacttttgtagaggcattttgcaaattgcctcttagatcaggagttttatagtgtagagacattttatagaggcattttaaaaaaatacatgtattgtttggtttagtcccttctactcgcAaaattacttctcttgcattcacttgccatgttacgaaatacagaatgtcatctgtatatacttgttgccaaacaaatgtgctattagttgattagttacttgatttgatgtcatgagtgtaaaactgtaaatacagctgaatacgtatatcctcggactgaattaggattttattatttactacttttcttaagaaacactcaataattatttaacataattttatcggtctgattacgataagcttacattcaataactattcagcacaattttactctgtaatttgaaattgatgtgtttttttcccgttgcaacgcacgggcacttaactagttttttaaaaaatttccgatccgaatgaacgaccaagatttttcccaccaaccaaagaggcaaaaccccacattttcccgaaacaaatccaagtgaaaaaggcatatgcatatgaaaaggggttcagagggctcttaggttttccagttggcttgtcctacggtcaacgtcggcgatctgggccgtcggtcccgtggaccggcggtggaccacccgcgtggtcccgatccacggtggaccggcagccttgggccgctgacccgggggccccacttgccggcgcccctctctccccttgagccgctgacatgcgggccccgcccgtcggcgccgccgcccc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CDS seq	atgtttgcaaagaatgtccaaggtctgatttctggagtagccaaactagaagttccagatggcaaaacatatgatgttgagatatctaaggaacataatgagttagtatttcgatctggatgggaggtgtttgccattgcttatgaactcgaacagggtgatatcttggcttttggttacagtgggaactcccacttcaaagttcagatatttaatccaagtaattgtgagaaagagttatcctgtgttgtgatgaacaggagcatctctgatgataaccatcgacaatcacccagaagggaaaggatgaacaagcctagcacaacatgcatggactgcattacaaatcattattggctccatatggatgacagggaaagatatttctttaaggttatgatgagtgtgagtgatatcaaggatgaactggctataccgaaaaagtttgcggccaatgtcagagggaagatacctgaacaagtcagactagaagtgtcagatggtaaaatgtataacgttcaagttactgaggaacaggatgagctggtccttcgatctggatgggaaaatttttccagtacttaccaacttaaacatggtgatctcttggtgttcatacatagtgggcactcccacttcaaagttctaatatttgatccaagttgtaccgagaaagagttctcctgtgttgtgacggacaacactagtcatgtgcatgagaggagcatttctcatgataatcatttgcaatcaccaaggagtgaaatcttgggaaagaattatagtctttgctctagtaggaaacggtcaaggatgaatccagcagactatccttcacagagaccagacgtcccatcttctgaagacattaaggatcccatgagttcaggtggcctccagaagtcaaaaaagtcttgctatgttttaccaatgttgtacaatatgactagtgcacaagaggcagaagttctcgctcttgagaagaaaattcaacctcaaattccactgtacatcacagctatggacaagacaagtgtggcaagtggatcactggtcttctgtaagaattatgctgtcagatatcttcttgaccaaaataggaccatcaaactatgtcaatctggtggtagcaagacatgggacatcagtttggacatggacactgatgatctatatgccctctctactggctggttggacttctttcgcggcaatctgttgcaagaaggtgacatctgtgtatttgaagcttcaaagagcaagagaggagtggcattaacatttcatcctttcaaagaaagtcattgcccaaagtcatcagaatataccctttccaccaagagtcctacacgtagagttcctaagcgggactaTtttgcaacaaatcttactaatctaactgatcaacaagagaggaaggttaaaaacaaaataaaatctatacagtctgatatccccattttcttgtctgtcatgcgcagttccaactgtacccgtcaaagttctctgtgcttcagcgtgaaatacgcttcaaagtatctcccacataaagaccaaaatatgaggctgcggctgccggagacgaaatataagtgcaaagctgcgttacatatcgacacaagcaccaatcttcacaagcttctcaaaggctgggggaaatttgtcaacgataacaaattagaaatacatgatatctgcctcttccagcttatgaaaaacaagaaaaagcttacaatgaccatccatatcattcgaaaaggcgagatggaaaaatctcacagagtctgcaagaattgtgttgcaaatcattattggctccacatggacaatcacggaaagagtttcatcaaggttatgattactgatttcaaaaatggagtgactataccagcgaagtttgcacgcaatttcggagggcagatgtctggaacagtcaaactcgaaactcgcaatggtaaaacatatgaagttcaagttgccaaggaactaaacaatcttgtcctccgatctggatgggaaagatttgccagtgcttatgagcttgaaaagggtgacattttggtgttcatatacagtggaaactcccacttcaaagtctggatttatgatccaagtgcttgtgagaaagaattaccctgtatcataacggaacagcttcctcgtgtacaacaaaggagcatctctcataataatcatactcaattgaaaaggaatgcaaagtcagctaagctgtatgttgatagctctggtcacagtaaggaaacttcagagacaaatccagcaaactctccttcatggaaaccaactgaaagggtcccatcttctgaagaacttgatgaacccgtggatttggccaacgtccagaaggcaaccaagtctttctattcgttaccaaggatgtgcaatatgaccagtgcacaaaaggctgaagtagatgctcttgagaagagaattaaacctcaaattccattttacatcacagtcatggacaaagcaagtgcgactgacggattactggccatctcgaaggattatgctgtcagttatcttcttgacaaaaatgagaccatcaaactatgtcattctggtcgtagcatgacatgggatatcagtttggacattgacactgatgatcagtatgccctttcaactggttggttggacttcattcgcaacaatcatttgcaagaaggtgatatctgcgtattcgaagcatcaaaaaacaagaggggagttgcattgatatttcatcctttgaagcagagccatcacccaaaaccgccaggatgtgttccttccaccaagtttcctaggcatggagttagtaagcctaactacattgtgtcaagatttaccactctatctggtcagcttaaaataaaagtggaagccaaagtacaagctattcaatccgaaatccccatttttgtagctgtcatgcgggaaagcttcattagaggcaggtcaagatatatgtgcttcagtgcaaaatatgctgccaaatatctcccacgggagaagaacaaaattatgagtcttcgactgcccaataagagctacaagtataaggctgtattcaagatcaataacaaagttcataaacttggtggaggatgggggaaatttgtcgatgacaacaaaataaaactaggtgatatctgcctcttccagctcatgaaaaacaagaagaagctcatgatgatggtccatatcatccgaaaatctgagttctgctga More
Protein seq	MFAKNVQGLISGVAKLEVPDGKTYDVEISKEHNELVFRSGWEVFAIAYELEQGDILAFGYSGNSHFKVQIFNPSNCEKELSCVVMNRSISDDNHRQSPRRERMNKPSTTCMDCITNHYWLHMDDRERYFFKVMMSVSDIKDELAIPKKFAANVRGKIPEQVRLEVSDGKMYNVQVTEEQDELVLRSGWENFSSTYQLKHGDLLVFIHSGHSHFKVLIFDPSCTEKEFSCVVTDNTSHVHERSISHDNHLQSPRSEILGKNYSLCSSRKRSRMNPADYPSQRPDVPSSEDIKDPMSSGGLQKSKKSCYVLPMLYNMTSAQEAEVLALEKKIQPQIPLYITAMDKTSVASGSLVFCKNYAVRYLLDQNRTIKLCQSGGSKTWDISLDMDTDDLYALSTGWLDFFRGNLLQEGDICVFEASKSKRGVALTFHPFKESHCPKSSEYTLSTKSPTRRVPKRDYFATNLTNLTDQQERKVKNKIKSIQSDIPIFLSVMRSSNCTRQSSLCFSVKYASKYLPHKDQNMRLRLPETKYKCKAALHIDTSTNLHKLLKGWGKFVNDNKLEIHDICLFQLMKNKKKLTMTIHIIRKGEMEKSHRVCKNCVANHYWLHMDNHGKSFIKVMITDFKNGVTIPAKFARNFGGQMSGTVKLETRNGKTYEVQVAKELNNLVLRSGWERFASAYELEKGDILVFIYSGNSHFKVWIYDPSACEKELPCIITEQLPRVQQRSISHNNHTQLKRNAKSAKLYVDSSGHSKETSETNPANSPSWKPTERVPSSEELDEPVDLANVQKATKSFYSLPRMCNMTSAQKAEVDALEKRIKPQIPFYITVMDKASATDGLLAISKDYAVSYLLDKNETIKLCHSGRSMTWDISLDIDTDDQYALSTGWLDFIRNNHLQEGDICVFEASKNKRGVALIFHPLKQSHHPKPPGCVPSTKFPRHGVSKPNYIVSRFTTLSGQLKIKVEAKVQAIQSEIPIFVAVMRESFIRGRSRYMCFSAKYAAKYLPREKNKIMSLRLPNKSYKYKAVFKINNKVHKLGGGWGKFVDDNKIKLGDICLFQLMKNKKKLMMMVHIIRKSEFC
Function	B3 domain-containing protein LOC_Os12g40080 [UniProtKB/Swiss-Prot:Q2QMT6]

Transcripts

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsLaMu_12g0019050	OsLaMu_12g0019050.02	Chr12	24419447	24427028	+	NAM
CDS seq	-
Protein seq	MFAKNVQGLISGVAKLEVPDGKTYDVEISKEHNELVFRSGWEVFAIAYELEQGDILAFGYSGNSHFKVQIFNPSNCEKELSCVVMNRSISDDNHRQSPRRERMNKPSTTCMDCITNHYWLHMDDRERYFFKVMMSVSDIKDELAIPKKFAANVRGKIPEQVRLEVSDGKMYNVQVTEEQDELVLRSGWENFSSTYQLKHGDLLVFIHSGHSHFKVLIFDPSCTEKEFSCVVTDNTSHVHERSISHDNHLQSPRSEILGKNYSLCSSRKRSRMNPADYPSQRPDVPSSEDIKDPMSSGGLQKSKKSCYVLPMLYNMTSAQEAEVLALEKKIQPQIPLYITAMDKTSVASGSLVFCKNYAVRYLLDQNRTIKLCQSGGSKTWDISLDMDTDDLYALSTGWLDFFRGNLLQEGDICVFEASKSKRGVALTFHPFKESHCPKSSEYTLSTKSPTRRVPKRDYFATNLTNLTDQQERKVKNKIKSIQSDIPIFLSVMRSSNCTRQSSLCFSVKYASKYLPHKDQNMRLRLPETKYKCKAALHIDTSTNLHKLLKGWGKFVNDNKLEIHDICLFQLMKNKKKLTMTIHIIRKGEMEKSHRVCKNCVANHYWLHMDNHGKSFIKVMITDFKNGVTIPAKFARNFGGQMSGTVKLETRNGKTYEVQVAKELNNLVLRSGWERFASAYELEKGDILVFIYSGNSHFKVWIYDPSACEKELPCIITEQLPRVQQRSISHNNHTQLKRNAKSAKLYVDSSGHSKETSETNPANSPSWKPTERVPSSEELDEPVDLANVQKATKSFYSLPRMCNMTSAQKAEVDALEKRIKPQIPFYITVMDKASATDGLLAISKDYAVSYLLDKNETIKLCHSGRSMTWDISLDIDTDDQYALSTGWLDFIRNNHLQEGDICVFEASKNKRGVALIFHPLKQSHHPKPPGCVPSTKFPRHGVSKPNYIVSRFTTLSGQLKIKVEAKVQAIQSEIPIFVAVMRESFIRGRSRYMCFSAKYAAKYLPREKNKIMSLRLPNKSYKYKAVFKINNKVHKLGGGWGKFVDDNKIKLGDICLFQLMKNKKKLMMMVHIIRKSEFC More

Gene	Transcript	Chromosome	Start	End	Strand	Source
OsLaMu_12g0019050	OsLaMu_12g0019050.01	Chr12	24404432	24419444	+	NAM
CDS seq	-
Protein seq	MSPAAPDAIVDSPSAHSLTLPSSASASAPSSTAPATPDCHRRRVFLLPISLSSTSLPLLFPISLPSTSRCLASLPATAAGLLPITMQPLESAAACVKAVPTKFANFIRGQISEVVKLEVPNGKTYDVHVAKEHNELVLRSGWGAFARDYELKQCDILVFTYSGSSRFKVRIFNPSGCEKELSCVMMNNTPCGHEGSMSYHDNHLQSPSESPFQELSGVGSTSLLVSDPPNMQQFCLRCSWTNPKRLAKPSLAIASLSHQHLAFDKPY More

Event Type

Chromosome

Start

End

Strand

Alternative mRNAs

Total mRNAs

Source

Expression

	Leaf	Root	Panicle
FPKM	0.0	0.0	None

Homologues

Genome & Annotation	Homologs	Type	Expression(FPKM)
Genome & Annotation	Homologs	Type	Leaf	Root	Panicle
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNip_12g0591500	RBH	0.0	0.0	0.0
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| MSU	LOC_Os12g40080	RBH	0.0	0.0	0.0
Nipponbare \| IRGSP 1.0 \| RAP-db	Os12g0591500	RBH	None	None	None
Azucena \| AzucenaRS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsAzu_12g0019210	RBH	0.0	0.0	0.0
KETAN NANGKA \| Os128077RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKeNa_12g0019320	RBH	0.0	0.0	0.0
CHAO MEO \| Os132278RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsCMeo_12g0019660	SBH	0.0	0.0	0.0
ARC 10497 \| Os117425RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsARC_12g0018980	SBH	0.0	0.0	None
PR 106 \| Os127742RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsPr106_12g0018580	RBH	0.0	0.0	0.0
Minghui 63 \| MH63RS3 \| HZAU	OsMH63_12G0329900	RBH	0.0214435	0	0.01045
IR 64 \| OsIR64RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsIR64_12g0018450	RBH	0.0	0.0	0.0
Zhenshan 97 \| ZS97RS3 \| HZAU	OsZS97_12G0359300	RBH	0	0	0.7347095
LIMA \| Os127564RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLima_12g0018690	RBH	0.0	0.0	None
KHAO YAI GUANG \| Os127518RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsKYG_12g0018920	RBH	0.0	0.0	None
GOBOL SAIL \| Os132424RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsGoSa_12g0018840	RBH	0.0	0.0	None
LIU XU \| Os125827RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLiXu_12g0018870	RBH	0.0	0.0	0.0
LARHA MUGAD \| Os125619RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsLaMu_12g0019060	SBH	0.0	0.0	None
N22 \| OsN22RS2 \| Gramene(+IsoSeq)	OsN22_12G018710	SBH	0.0	0.0	0.000000
NATEL BORO \| Os127652RS1 \| Gramene(+IsoSeq)	OsNaBo_12g0018400	SBH	0.0	0.0	0.607428
Os XI: R9311 \| R9311 \| AGIS	R9311C12g39984	RBH	None	None	None
Os XI-adm: HZ \| HZ \| PKU	OsHZ_12g0218600	RBH	None	None	None
Os XI-adm: J4155S \| J4155S \| PKU	OsJ4155_12g0226100	RBH	None	None	None
Os XI-adm: LK638S \| LK638S \| PKU	OsLK638S_12g0216700	RBH	None	None	None
Os XI-adm: XL628S \| XL628S \| PKU	OsXL628S_12g0223400	RBH	None	None	None
Os GJ-temp: 02428 \| 02428 \| SICAU	Os02428G1224717500.01	RBH	None	None	None
Os cB: Basmati1 \| Basmati1 \| SICAU	OsBasmati1G1239108100.01	RBH	None	None	None
Os O.glaberrima: Ogla \| OglaRS2 \| DIADE	Oglab_032562	RBH	None	None	None
Os XI-1A: CN1 \| CN1 \| SICAU	OsCN1G1234656500.01	RBH	None	None	None
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Os XI-adm: FH838 \| FH838 \| SICAU	OsFH838G1233128300.01	RBH	None	None	None
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Os XI-1B: Y3551 \| Y3551 \| SICAU	OsY3551G1228786900.01	RBH	None	None	None
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Os XI-adm: YX1 \| YX1 \| SICAU	OsYX1G1233192100.01	RBH	None	None	None
Os GJ-temp: ZH11 \| ZH11 \| SICAU	OsZH11G1233247700.01	RBH	None	None	None

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