Rice Gene Index: a comprehensive database for homology, collinearity, and transcripts of genes in rice pangenome.

Variation ID: XL628S_Y3551_DEL1203210

Variant Type:

Ref Genome:

Query Genome:

Chromosome:

Ref Start:

Ref End:

DEL

Os XI-adm: Xiangling628S | XL628S

Os XI-1B: Y3551 | Y3551

Chr12

7516254

7524413

SV Length:

Query Start:

Query End:

Allele sv Count:

8343 bp

5543545

5551887

4 There is no gene in this region.

SV_id	Chromosome	ref_start	ref_end	query_start	query_end	length
XL628S_FH838_DEL1203410	Chr12	7516254	7524413	5543222	5551564	8343
XL628S_R498_DEL1204510	Chr12	7516254	7524413	5558181	5566523	8343
XL628S_Y3551_DEL1203210	Chr12	7516254	7524413	5543545	5551887	8343
XL628S_MH63RS3_DEL1203170	Chr12	7516254	7524413	5546787	5555129	8343

>XL628S_Y3551_DEL1203210
CACCTTCACGTGATGAGAGGTTATCTATTAGTAATCAACCTAAGCAGCAACCTGCGGAACGTACAAGTAAAAAATCATATATTACATCGAGCATACCTTGATTGATAAGTTCTTGAAGGGAATATGCAGCACAAATGGTGTCCGTTGCATGATCTCATCAACAGGGCAGGTGGTTTTGTCCTGGGTTTGCATGGCGTCCATGCTCTGTGATCCTACCTGCCCCGTTGAGGCGCAGATACTACGATTGCCTGATGGGCTGACCATTGGAGGAGGTATGTACAGCTGGGGATCGTGTGACCGATGTGCTGCCATGCGTTCATCCACCTTCCGGGCCACCTCCTCTTGCATGCTGAGCTCGTAGCTCGATACCCTGTACTCAAGATATGCAATCTTCGCCTCGGTATCTCTCTTGCTCCTCATCCGACTCTTGTACGTGTGGATGTCCTCCTTGAATCCAATCTTCCAGGGAATCACGCCTTTCCCTCGTGTTCGTCCTGGATGCTCGGGAGTTTGTAGGGCGAGTGACAGCTCGTCCTTCTCTCTGTCGGGTCGGAACGTGCCCTGAGAAGAGGCTTTCACTGCGTCCGTTAGTCGACTGGCAGCCTTGCGTATATGATTGCTGAAGACCAGGGAGCCATCAACTGGGTTAAGCATTCCACCGTGAGCATAGTACCAGAACTTCGATCGATCCGGCCATTTAGCGGTGGCCGGTTCGATACCCCTCTCAATCATTCTTGCCTCCATCTCCTCCCACTTCGGTATTGCGACGCTATAGCCACCTGACCCCAAGTGGTGATGATACTTCTTCTTGGCAGCGTTTTCCTTGTTTTTACCATCATCGCTTGCCCTTGTTGCCCTGTCTTGTAAGCAACGAACTCGTCCCAATGATCCCTTAGCTTTGAGAATACGTCGAAGTTCGGTGTTAGTCCCTTCAGGATGTATTTCTTGTACAGATCTCCCTTGAAGCTCTGGAACTGTTCTGCCATTTTCTTAAGAGTCCACTATTTCACTATGTTCTCCATACCCATAGGGAGCGTGAACATCTCGAGCATTGTGGTCCACAGTATCTCTTTCTCTGATTCCGGGACAAAGCTATCATTATCCCCGCGTGCTCTTGTTCTACGCCAGTACACCTTGCTGACAGGCACGTTATCTCTCACAACCCAACCGCTGTGGCGTACAAAATTCTTGGCTACTTCTACCGGGGCACTAGGTCAGCCGTCTGCGTCCACCTCAGTTATGATGTGCCGACCCTCTATCTTCTTCACGGCACCTCGTTGTCCGCGTGCCCTCTTCTGTCCAGTGGAGGGACGACTTCCACTAGCCTCCTCCTCGTTCCCTTCCGCATCCCTCTCCACGTTCCCCTCCTCGTTCCCCTCCGCATCCCTCTCCACGTTCCCCTCCTCGTTCCCCTCTGCATCCCTCTCCATGTTCCCCTCCTCGTTCAAGTACTGGTTTGTATCCTCGTTCCCCTCTTCTTTGTTCCAGTACTGGCTGCTTCCCTCTACGATTGTATCGTACAGTATCTGTTCATCATCGTGATCAGCCATCTGTTCATAGAAGAAATATTTGCTAAGCGTAATATTAAAACTCTACTAATCTTGTATTAAAACTCAAATAATCATATATGCTAAGTCTAAGTGTCGTGTGTTATAACCCTAGATAATCATATATGCTAAGTCTAATTAAGTTTCGAATATTACATTTCTAATAATCTTATATTAAATCTCAAACAATCTCTAACAATCAAATATGCTAAGTCTAATTAAGTTCCGTATATTAAACCTCTAATAATCTTATATTAAATCTCTAACAATCTCTAACACACACATATGCTAAGTCTAATTAAGTTTCGTATATTAAACCTCTAATAATCTTATATTAAATCTCTAACAATCTCTAACACACACATATGCTAAGTCTAATTAAGTTTCGTATATTAAACCTCTAATAATTTTATATTAAATCTCTAACAATCTCTAACACTCACATATGCTAAGTCTAATTAAGTTTCGTATATTAAACCTCTAATAATCTTATATTAAATCTCTAACAATCTTTAACACTCAAATATGCTAAGTCTAATAATCTAATAATCTCTAACACTCACATATGCTAACTCTAATAATCTAATAATCTTATATTAGAAATCTAACAATCTTATATTATATCCCTAACAATCACATCTTTACATCACTTGCCTGCGCGAATTCCTTCGAGGGCTAGCTACCACTTCGGCTTGGGGGACGACGACGACGACGTCTTCTCTGCAACATGCAAAAAAAATGTATTAGTCTAAATGCAAAGGAACATATAATGTATTTCACGTTTCCAAGTATATATAATCATATATATATGCTAAGTTCAACAATAGTTTAATTATATCGTTCATACACATTTCGCTCGCGTTCGTTCTCACACTTTTAGTTCAAGTGCATTCACGTTCGTTAACGTTTCAATCACGTTCGTTCGCGTTTCATTCACGTTCGTTTGAGTTCGTTCACTAACACTCACGTTCGTTCACGTTTCAGTCACGTTCGTTCGCGTTCGTTCATGTTTGTTCACGTTTCGTTCGCGTTCGGTCGCGTTTCTTTAACGTTTCGTTCGCGTTCGTTCACGTTCGTTCGCGTTCGTTAAGCGTTCGTTCGCGTTCGTTCACCTTAGTTCGCGTTCGTTCGCTAACACTCACGTTCGTTCACGTTTCAGTCACGTTGCTCGCGTTCGTTCACATTCGTTCACGTTTCGTTCGCGTTCGTTCACGTTTCTTTAACATTTCGTTCGCGTTCGTTAAGCGTTTGTTCGCATTCGTTCACAATCGTTCGCGTTCGTTCACGTTTCTTTAACGATTCGTTCGCGTTCGTTAAGCGTTCGTTCGCATTCGTTCACGTTCGTTCGCGTTCGTTCGCGTTTGGTCACGTTCGTTTCGCGTTCGTTAAGCGTTCGTTCGCGGCGGCGACGTCTCGCGGCGGTGGGGACGCGGTCCGGCGCCGTGGGCCGGCCCGGCGGCGTGGCGGCGGCGGCGTCAATCGTGGCGGTGGCGGTGGCGTGGCGGCGGCGGCGGCATCAATCGTTACGTGGCCCGGCGGCGTAGGGGCACGGCGGCGGCGTCGTCTCGCGGCGGCAGTGTCTCGCAGCGATGGGGGCGCGGTCCGGCGGCGGGCCACGGCAGCGGCATGGGGGTCCGGCGGCGTGGGGGCCCGGCGGCATGGGGGCGCGGCGGCGGCGGGCCACGGCAGCGGCTTGGGGGCCCGGCGTCGGCGTCGAGAGAGAGACAGAGAGCTACATCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGCGGGGGCTCTCACCCAAGAGACGTGGCGGCGGCGTCTGCGGCGGAGGCGGCGAGGACTGCCAGGCGACGGTGAGAGACGACGGCGGCGTCGACGCGGGGTTGCCCTAGGCAATGGCGGCGAAGGAGAAGCCGATGCTCAATCTCGATGGAAAAACGTCTAAGTGTTGGTGGAGAAGACGAGGGCGCACCGGGAATATATATACCCCCGGATCTTTACTCCCGGTTGGTGAGAAGAACCGGGAGTAAAGATATCTTTACTCCCGGTTCTTCTCTCTTTACTCCCGGTTCCTAACAACAACCGGGATTAAAGAGTAAAGATATCTTTACTCCCGGTTCTTCTCACCAACCGGGAGTAAAGATATTTTCCCGCTATTTCCAAATTCTTTTTTAAACCCGATTAGGGTTAAGAACCGGGACTAAAGTTAATAGCACTGAATATTGAATTTCGTTGCATATATGCTTCTAAAATAGTAAATAATGCTTTAAAAATTCTAATTAACATATGTAAATCCCACATGTATGGTTTAAAACTTTTAAAAATTCTAGTAATCATATATAATTAGCATATGCATGATATTAAATTGTTAAAAATTGTAACTAACATATGTAAATCCCACATGCATGATTTAAAACTTTTAAAAATTCTAATAATCGTATATAATTAGCATATGCATGATATTAAATTGTTAAAAATTGTAACTAACATATGTAAATCCCACATGCATGATTTAAAACTTTTAAAAATTCTAATAATCGTATATAATTAGTATATGCATGATATTAAATTGTTAAAAATTGTAATTAATCATATGTAACTAACATATGTAAATCCCACATGCATGATTTAAAACTTTTAAAAATTCTAATAATCGTATATAATTAACATATGCATGATATTAAATTGTTAAAAATTATAACTAACATATGTAAATCCCACATGCATGATTTAAAACTTTTAAAAATTCTAATAATCGTATATAATTAGTATATGCATGATATTAAATTGTTAAAAATTGTAATTAATCATATATAACTAGCATATTCAATACATCTAAAATAGTTTACAACAATTACGGCAATAGATCGGCGGTGACGGTTGTCCGCACGTACTTTCTCCTCACTGTTGTTCCTTCCTTGTGATCGCTACATGAGTAAGGGGTGTCTTCGTTTGATAGGAGGATGCTAGGGTCAACCGTCACCGTGAAAGGGGGTTGCCCATCAAACTGATCGTAATCCTCGTCAGTCTTGTCCTCTACTCCGATGATTTTTCTTTTGCCTGGGAGAACCACGTGGCGCTTCGGCTCGTCAGGCCCTTTGCCCTTCTTTCCTTTGCTAGACATGTCCTTCACATAAAAAACTTGCGTTACATCATTGGCAAGGACAAAAGGTTCGTCCGAGTATCTAACCTTGTTAAGGTCAACCGTTGTCATCCCACTATCATCAATCGTTACGCCTCCACCAGTCAACCTAACCCATTGGCACTGGAACAGAGGGACCTTGAGAGGTCCATATTCAAGTTTCCATATCTCCTCGATGGCACCGTAATACGTGCCAGTTGTACCATCGTGTCCCATGGCATCGATACGAACAGCACTGTTCTGGTTCGTGCTCTTCATGTCTTGGGCTCTTGTGTAGAATGTGTACCCATTGATCTCATATCCCTGGAATGTCGCGATCGAGCCAGATGGACCCCTCGCCAGGAAGGCCAATTGCTGGTTAATCGTCTCGTTACCCATGAGATGTTGTCGTAGCCATGCGGGGAAAGTATCAATGTGATGCCGTGTAATCCATGCATCGGACTTACCGATGTTTCTGGCGCGAACTAGAGCCAAGTGCTCCTCGATGTAAGGAGCCACCAATGAAGATTGTTGTAAAACCGTGAAATGGGCTTTACGGAATAAATTGTTGTCTACCGTCATTATTGCTTTCCTTCCGAGAGTCCCCTTTCCCCGTAGTCTCCCTTCATGGCGTGATTCAGGTACCCTGATTGGGCGAAGGTCTTCAATAAATTCTATGCAGAATTCAATGACCTCCTCTGTTCCATACCCCTTGGCGATGCTTGCCTCTGGACGAGCACGGTTACGAACATACTTCTTCAGAACGCCCATGTACCTCTCGAAAGGAAACATGTTGTGTAGAAACACAGGCCCGAGAATACCGATCTCTTTCACTAGGTGACAAAGCAGATGCGTCATTATATTGAAAAATGAAGGTGGAAATATCAACTCAAAGCTGACAAGACATTGCACCACATCATTCTGAAGAGCTTCTAACCTATCCAGATCGATGATCTTCTGCGAAATTGCGTTCATGAAAGAACATAGCTTTGTTATTGTTGCCCGGACATTGTCTGGGAGGATACCCCTTATTATAACTGGTAGCAGTTGTGTCATCAACACGTGACAGTCATGAGACTTTAGGTTTGTGAACTTCTTCTCCTTCGTGCTTATTATTCGCTTTATATTCGTGGAGTATCCAGATGGTACCTTGATGCTCTCCAAGCATTGAAACATACTTTCCTCCTCTCCCTTGCTAAGAGTGTAACTGGCTGGACTCAAGTAATGGATGCCTTTCTCCTTTGGTTCCGGGTGAAGGTCACCACGTTGTTCCATATGCTTCAGATCATTACGTGCTTCCAGTGTATCTTTCGACTTTCCATATACACCTAGGAAGCCAAGAAGGTTTACGCAAAGGTTCTTAGTGAGGTGCATTACGTCGATTGCGTGGTGGACGTCCAAGAATTCCCAATAGGGTAACTTCCAAAATATGGAGTTTTTTTTCCACATCGCCGCGTGACCATCTTCGCTCTCTATAGGCTGGCTGCCAGGCCCCTTTCCAAACACTACTTTAAGATCTTTAACCATAGCAAACATTGTTTTCCCGCTGCGATGTTTAGGCTTCGTACGGTGGTCCGCCATATGTTCAAAGTGCTTGCCTTTCTTCCGTACTGGGTGGTTTGCTACAAGGAATCGACGATGACCCATGTACACAACCTTCCTACAGTGCTTAAGATACGTACTTTCTGTTTCATCCATACAGCGAGTGCAAGCCTTGTACCCCTTGTTGGACTGCCCGGATAGGTTGTTAAGTGCAGGCTAATCGTTGATGGTTACGAACAGTAGCGCTCGTAGGTTAAACTCCTCCTGTTTGTCCTCATCCCACACGGGGACACCTTCCTTCTTCCACAACAGTTTAAGATCTTCGACCAGTGGTCTTAGGAATACATCGATGTCGTTACCAGGTTGCTTGGGGCCTTGAATAATAATCGGCATCATTATGTACTTCCTCTTCATGCATAGCCAAGGGGGGAGGTTGTAGATACACATCGTAACGGGCCAAGTGCTATGGCCGCTGCTCATCTCTCCAAAAGGATTCATGCCATCCGTACTTAAACCAAACCGTATGTTTCGTGCGTCCTTTCCAAAGTCTTTAAATTTTCTGTCGATGTTTCGCCACTGCGAACCATCTGCGGGGTGTCTCAGCATCCCGTCCTGTTGACGTTCTTCAGCATGCCAACGCATCATTCTAGCATTCCCCTTGTTCCTGAACAAACGCCTTAGCCGTGGTATTATAGGGAAATACCACATCACCTTAGCAGGAATTCTCTTCTTCGTTAGCTGCCCGTCAACCTCACCTGGATCATCTCGTCTAATCTTGTATCGTAGTGCTTTACAAACAGCGCATGCTTCTAGGTTCTCGTACTCCTCACCACGATATAGGATACAATCATTCGGACATGCGTGAATCTTCTGAACTTCCAGTCCTAGAGGGCAGACTATCTTCTTAGCCTCGTACGTTGTCTCGGGCAATTTGTTTCCCTCCGGAAGAATGTTCTTGACGAGTTTCAATAAATCGCCAAATGCCTTGTCACTACCACCATTTTTTGCCTTCCATTGCAAGAACTCCAGAGTGGTATCCAACTTTTTGTGCCCCTGCTCGCAACCTGGGAAAAACGACGTTCTGTGATCCTCTAACATCTTGTCCAATTTATGGGCCCCCTTTTCACTTTCGCAGTCCTCCTTGGCATCCTGCAACATCTGACCAAGATCATCTGCAACGTCGTTATAATCAGCATCTCTATCCTCCTCGCCCGTTTGATTTCCTTCAGATCCAGCGTACTGAGCAAAGTCTAGAATATTGTCGTCTTCCACTTCATCTTTTTCCATTTCAACCCCTTGCTCTCCGTGGGATGTCCAACAATTATAGCTTGGCATGAACCCCGACTCAAACAAGTGGAAATGAATAGTCCTGGATGCAGAATACTCCTTCTGATTCTTACACTTATTGCATGGACAACATTTAAAACCCTTCTGCTTTAGTTTTGGCCACTCTCAAGAAATAATGCACGCCATCAATAAACTCTTCGGACCACCGGTCAGCGTACATCCATTGCGGATCCATCTACATGAAATGAAAAAAAAATCATACACAAATAATCATTCGTACAATAATGGTAGTTATACAATAATGATAAAATAATCACAAACTCTTTCAACAGTCATACAATAATGACATATCATTATTCATACAAAAATTATAAAATATTCCACCAAATAATTCTTATTTATTATTTTTTAAGTTTTAAATTCTTTTAATTTTCAATTTAGTTTGTTTTCTTTTATTTAAGATTAACTTTCACTATATTTTCCTACTCAACTATTTTATAAAACCTTATTTAGAAAATAAACAAAATTTCTATATATTCTTTCTTTTCCCACACAAATTTTCTCTCTCATCAACTTACAACAAAATTTTGAGACAAAAAAGTGTGCAAAACATAGCTCCAAATGTAATATGACCAAAAAAAAACATTGGAGGATGAAGTTGCTAACCTTTTAGGCAGCTTCGATTTGTATATAATCACCAAAGTAAATTCACTATAAATTTTGGCATGACCTCCCTTCTTTTTTGAAGAAATTTTGAAGCTTGCTCGGGCTGGAGGAGAAAGAAGACATATATAAAGGGGTGGGACTTTAGTCCCGGTTGGTGTTACCAACCGGTACTAAAGATCACCGGGAACTTTAGTCCCGGTTGGT