Rice Gene Index: a comprehensive database for homology, collinearity, and transcripts of genes in rice pangenome.

Variation ID: OglaRS2_127742_TRA1208440

Variant Type:

Ref Genome:

Query Genome:

Chromosome:

Ref Start:

Ref End:

TRA

Os O.glaberrima: OglaRS2 | OglaRS2

Os XI-1B2: PR 106 | Os127742RS1

Chr12

4877950

4885826

SV Length:

Query Start:

Query End:

Allele sv Count:

7640 bp

5774943

5782582

15 There is no gene in this region.

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OglaRS2_MH63RS3_TRA1208340	Chr12	4877950	4885839	5544523	5552663	8141

>OglaRS2_127742_TRA1208440
ggcagccattacttgagtccagccagctacactcttagcaaggcagagaaggaaagtatgtttcaatgcttggagagcatcaaggtaccatctggatactccacgaatataaagcgaataataagcacgaaggagacgaagttcacaaacctaaagtctcatgactgtcacgtgttgatgacacaactgctaccagttataataaggggtatcctcgcagacaatgtccgggcaacaataacaaagctatgttctttcatgaacgcaatttcgcagaaggtcatcgatccggataggttagaagcccttcagaatgatgtggtgcaatgtcttgtcagctttgagttgatattttcaccttcatttttcaatataatgacgcatctgctcctgcacttagtcaaagagatcggtattctcgggcctgtgttcctacacaacatgtttcctttcgtgaggtacatgggcgttccgaagaagtatgttcgtaaccgtgctcgtccagaggcaagcatcgtcaaggggtatggaacagaggaggtcattgaattttgcgtagaatttattgaagaccttcgcccaatcgagatacctgaatcacgccatgaagggagactacggggaaagtggactctcggaaggaaagcaataatgacggtagacaacaatttattccgtaaagcccatttcacagttttacaaaaatcttcattggtggctccttacatcgaggagcacttggctctagttcgcgccagaaacataggtaagtccgatgcatggattacacggcatcacattgatactttccccgcatggctgcgacaacatctcatgggtaacgagacgattaaccagcaactggccttcctggcgaggggtccatctggttcgatcacgacattctagggatatgagatcaatgggtacacattctacataagagcccaagatatgaagagcacgaatcagaatagtgttgttcgtatcgatgccatgggacatgatggtacaactggcacgtattacggtgccatcgaggagatatgggaacttgactatggacctctcaaggtccctctgttccggtgccaataggttaggttgactggtggagacgtaacgattgatgacagtgggatgacaacggttgaccttaacaaggttggatactcggacgaaccttttgtccttgccaatgatgtaacgcaagttttttacatgaaggacatgtctagcaaaggaaagaggggcaaagggcctgacgagccgaagcgccacgtggttctcccaggcaaaagaaaaatcgtcggagtagaggacaaggctgacgaggattacgatcagtttgatgggcaaccccctttcacggtgacgattgaccctagcatcgtcctatcaaatgaagacaccccttactcacgtagcgatcacaaggaaggaacaatagtgaggagaaagtacgtgcggacaaccgttaccgccgatgtattgccgtgattgtcgtaaactattttggatgtattgaatatgctagttatatatgattattaacaaatttaaatcatgcatatgctaggtatatataattattagaatttttaaaagttttaaatcatgcatgtggtatttacatatgttaattagaatttttaacaatttaatatcatgcatatgctaattatatatgcttaatagaatttttaaaagttttaaatcatgcatgtgggatttacatatgttaattagattttttaacaatttaatatcatgcatatgctaattatatatgattattagaatttttattaattttaaatcatgcatgtggtatttacataggttaattagaatttttaacaatttaataccatgcatatgctaattatatatgattattagaatttttaacaattttaaatcattcacgtgcttattatatattatccacttaatttactacagacaacaataatttttcgaaggttttgtcattaattttttgactttaaataattttaatgcattatttactattttagaaacacatatgcaacgaaattcaatatttagtgctattatctttaggcccggttcttaaccctaaccgggtttaaaaagaatttggaaatagcgggaaaatatctttagtcccggttggtgagaacaaccgggactaaagatatctttactcccggttcgtaagaacaaccgggactaaagatctaggggtatatatactcccgatgcgccctcgtcttctccaccaacacttagaagtttttcctccgatcggcttctccttcgccgccactgcctagggcaaccccgcgccgacgctgccgtcgtctctcgccatcgtctcgcggtcctcgtcgcctccgccgccgacgccgccgccgcatctctcgggtgagagccgccgctgcctctctctctctcgatctcaatctctctctctctctctctccaaaccgccgccgcctagctcgttgccgacgccgccgccgatgtagacacgccgatgccaaccccgacttccacgcggccgccaccgccgacgccaccgtgtccacgcggccgccacggcgacgacgccgacgcccccgcctcgagctcgccacgccgccgcaccgccatgccgcgtccacgccgctgcccccgcgtcgagctcgccacgccgccacgccgccacaccgcgcgacgccgccacgacgccccgctgccacagcgacgccccgccgccgccacgccgccgcgccgccccgccgccgctccgctgccgccacggccgcccgaacgtgaatgaggaggggaacgtggagagggatgcggaggggaacgtgaacaaacgcgaacgaaatgcgatcgaacgcgaacgaacgtgattgacacgcaaacgaacgcgaacgaatatgaacgaaacgtgaacgaacgcgaacaaacgtgactgaaacgtgaacgaatgtgagtgttagtgaacgaacgtgaacgaatgtatatgaacgtgattgaaacgtgaacgaacgtgaatgcacttgaactaaaagtgtgagaatgaacgcgagcgaaacgtgtacgagcgagataattaaactattgttgaacttagcatatatatatgattatatatacttgaaaacatgaaatacattatatgttcctttgcgtttagactaatacattttttttgcatgttgcagagaagacgtcgtcgtcgtcgtccctcaagccgaagtggtagctagccctcgaaggaattcgcgcaggcaagtaatgcaaagatgtgattgttagagatgtaatataagattgttagatttctaatataagattattagattattagagttagcatatgtgagtgttagagattattagattattagacttagcatatttgagtgttagagatagttagagatttaatataagattattagaggtttaatatacgaaacttaattagacttagcatatgtgagtgttagagattgttagagatttaatataagattattagaggtttaatatacggaacttaattagacttagcatatttgattgttagagattgttagagatttaatataagattcttagagatgtaatattcgaaacttaattagacttagcatatatgattatctagggttctaatacacgacacttagacttagcatatatgattatttgagttttaatacaagattagtagagttttaatattacgcttagcaaatatttcttctatgaacaaatggctgatcgcgatgaggaacagatactgtacgatacaatcgcagagggaagcagccagtactggaacaaagaagaggggaacgaggatccaatccagtacttgaacgaggaggggaacgtggagaaggatgcagaggggaaagaggagggaaacgtggagagggatgcagaggggaacgaggaggggaacgtggagagggatgcggaggggaacgaggagggaaacgtggagagggatgcagaggggaacgaggaggggaacgtggagagggatgcagaggggaacgaggagggaaacgtggagagggatgcggaggggaacgaggaggaggctagtggaagtcatccctccgctggacagaagagggcatgcggataacgaggtgccgcgaagaagatagagggtcggcacatcataacagaggtggacgcagatggccgacctagtgccccggcagaagcagccaagaattttgtatgccacagcggttgggttgtgagggataacgtgcctgtcagcaaggtgtactggcgcagaacaagggcacgcggggataatgacagctttgtcccagaatcagagaaagagatgctgtggaccacaatgctcgacacgttcacgctccctgcgggtacggagaacatagtgaaacagtggactcttaagaaaatggcagaacagttccagagcttgaagggagatctgtaccagaaatacatcctgaaggggcagacaccgaacttcaacacattcccgaagctaagagatcactgggacgagttcgtagcttacaagacaggtcaacaagggcaggcgatgatggaaagaaacaaagaaaatgccgccaagaagaagtaccatcaccacttggggtcaggcggctatagcgtcgcgatgccgaagtgggaggagatggaggcaagcttgcttgagaggggtatcgaaccggccaccgctaaatggccggatcgatcgaagttctggtactatgctcacggtggaacgctcaacccagttgatggttccttggtcttcagcgatcagatacgcgaggctgcgagtcgactaacggacgcagtggaagcctcttctcagggcacgttccgacccgacagagagaaggacgagctgtcactcgccctacagactcccgagcatccaggacgaacacgagggaaaggcgtgattccctggaagattggattcaaggaggacatccacacgtacaggagtccgatgaggagcaagagagataccgaggcgaagattgcagatcttgaatacagggtatcgagctacgagctcagcatgcaagaggaggtggcccggaaggtggatgaatgcatgccagcacatcggtcacacgatccccagccgtacatacctcctccaatgattagcccatcaggcaatcgtagcagctgcgcctcaatggggtaggtaggatcacataacatggacaccatgcaaacccaggacgaaaccacctgccccgttgatgagatcacgcaacagacaccatgtgagctgcatattcccttcaagaacttatcaatcaaggtatgctcgatgtaatatatgatttttgactcgtacgttccgcaagttgctgcttaggttgattactaatagataacctctcatcacgtgaaggtggcgtcgggaatggccatcccaacggacatttcagggatttaccactacaggccgattccagcaggatactagagggtcgaagttgagctggtggaagccgtgtacgaggacctcgagttggactacccaggaggagacggtgagacgcatctacgagaaacaagccacgccattatactatggcgcaagcggtacatcatcctccctgggcgacaagcggcgtctcgtgcaccatctcctccggctccgccgtctcctcctgcaccatctcctccggctcctccgccacgtcctcctgcaccatctcctccggctcctccgcctcctccacctccacctccaccgtgtctgcctgcacctcccaagacaaggtctcgccaagctccacctcctgccagcacaagggcaacgaagaaggccaaagttgacaccaccaaaaacaagaagccgccatacgattgcagtcaagaggagcttgacgcttatgtggcaggagaagtgaagaggcaactcaagccttggagtcctgaaaagaagatacctattgacccgagcgtgaagaatttcttcaagggaatgtccaccacaaacaaggaggccttaaaactatcggactatgaccgaacacttaggaaagcctattacaagaagtccaaaccagttcctcagcttggagaacaaccaaaccaagtggtcgagtcgttggtgaccggcgaagactttggcataatggatttcatttcggacaccggtctaactgtggcttagttggttggaggcgcaccaatcccgaaggcggaagtggcgtacaagtttgaactcggtaaaccgcttgtcagacctgagcagctgcagtccctaccgacacaaatgtacaaattccataaacggtacatggaaatgagcgccaagggtagagagatgttcggagcgaggatcagaaaccccgacttcttgcaaggagaagatgttctatggattcatttcaaggatgtcttcgatctgtaccattgggacgccctcgacgtctctcttctgagtgcatggattttgtaagtatctttgagttcgatttgtttcattcaataattagctcctggcatatatgtaagtaataatgatttcctttcattgttgtagaatggagattcaaagggctcaacggcggggggtttacaatactgggttcatcgaccctcggaaaatcaacaccgaaatgctcgacaagtacgagaaagacacagaggacaatctcgtccatctcctaacgcagcagtatttcaagacgttcatactattgacgtacaacacagagtgagtttttattgtcgttcgaacaaatttcattcccatacatataacatgtacattctgatatttatctcatctcacgcatattccagattccactgggtcctgttctttttcgacttggacgcatgcagagtcactgtgtacgactcaatgaataaagaggagaaggtttttgacaaggtcttccaactgatagacaggtaatataatgccatctattccaaagtcacgggactctgttgctattatgttgatctcgggtaataattaattaatcatagcttgcaactgcacatgtagggcttgggatcggttccgtcaattggtccgcgggacttggaaagaaaaacttggatggaggtttcattttccacagagtacatccataatccaaaattatattgaattgaatctctaattacagttaatataaagagtatattaaatctctcatcgtttctcatgtagtgtgcaaagcagtaccagggaactaacttatgcggctactacgtatgcgagtatgcccactgccaatcaaaccaaatatacaccacacgagagctcgatgtacgtatacataaaccattcaaaatttcattgcgtatcgatttgttaagttgtttattaatttcatatattgatatgtcattatttttcgaatgatagcgtattcacatgagggaaaatctcccacacaaggattttatcatggctgttcaagaacaactgatggggttcatcaacgaagaagtcctttatctcgatggtgaattctactacgacggatctacaatccataacgtcggtccttcctcttctgacgtaacgccggcgtcgaagttgtagctatagctagcgagcaaatgaattatactatacatgcatgtatatatatatatttacatat