Rice Gene Index: a comprehensive database for homology, collinearity, and transcripts of genes in rice pangenome.

Variation ID: Azucena_Y3551_OTH0123420

Variant Type:

Ref Genome:

Query Genome:

Chromosome:

Ref Start:

Ref End:

OTH

Os GJ-trop1: Azucena | AzucenaRS1

Os XI-1B: Y3551 | Y3551

Chr01

14846413

14846475

SV Length:

Query Start:

Query End:

Allele sv Count:

4808 bp

15017743

15022550

10

Gene_id	Chromosome	Start	End
OsY3551G0100567700.01	Chr01	15018124	15022743

SV_id	Chromosome	ref_start	ref_end	query_start	query_end	length
Azucena_127518_OTH0122630	Chr01	14846413	14846475	15033237	15038045	4809
Azucena_127742_OTH0123430	Chr01	14846413	14846475	14844970	14849780	4811
Azucena_132424_OTH0122540	Chr01	14846413	14846475	14883871	14888681	4811
Azucena_D62_OTH0122450	Chr01	14846413	14846475	14842123	14846933	4811
Azucena_FH838_OTH0123530	Chr01	14846413	14846475	15293303	15298113	4811
Azucena_G630_OTH0123270	Chr01	14846413	14846475	15014195	15019005	4811
Azucena_R498_OTH0122140	Chr01	14846413	14846475	14869342	14874152	4811
Azucena_R527_OTH0123950	Chr01	14846413	14846475	15022584	15027395	4812
Azucena_Y3551_OTH0123420	Chr01	14846413	14846475	15017743	15022550	4808
Azucena_MH63RS3_OTH0123390	Chr01	14846413	14846475	15025555	15030365	4811

>Azucena_Y3551_OTH0123420
GTGACTGCAACATAAGCAGTAGCAGTGTGCATTATCGCTTATATACAAACCTGCCGAGATTTGCGGCTCCTGGAGATTTTTGAGCTGGCGTGGCCACCTGCGCGAGCCGACGCGTCATCGGCGCTGGGTCTGGTGGGATTTAACGAGCGCAGGGTAGGCTGCTGGCCATTTTGCAAAGACACCCTTGATTTATCTGATAATTTGCTATACGTCCCTAGGCCTTAGTTCTAATGCTTTGCGTTCTTACTAGGAGGACCTCTAAAGAAAAGAATATTCTATATGAAGAAGCGAAAAATCGAACTGCAGTCTAAAAACTAGAAGAGTAGGGGCTTTTTTGCAAAACAGAAACAACCCTAACTCCCTTCCCCAAACCCTAGCCGCCACCGTTCCTCCGCCTCCTCTCCTCCTCTCGCTCCGCTCTCTCCCTGCCCAAGCGACGGCCGTCGCCGCGTGCCGCTCCCCTCATCCTCTTCTTCCCACAGGTGACGACCTCCCCCGCGCGCTCTCTGCTGCCGTGCCCGCCACCGCCCGACACGCGGGCCGCTGCCGTCGCCATCCTCTCGCTCCTGCCGCCGCATCCGCCAACAAGGAGGCCGGGACCGCCGGATCCGGTGACTCCGGCCTCCTCGCCGGCAGATCCGGCCGTTGTGAGGGGAGGGGAAGCCGGCAGCTGCCCTCTACGCCCGGCACCGCCCCTCTCTCCCTCTCCATCCTCTTCGTTTCTGGATCGGCGGACGCCTGCGATTAGGCGGCCTAGGGCTCATGGTCAACAGGGACACACCGCTGTATAGAAGTCCAGCTGCTCCGAAAGATTATCTTCACCCGCAGCCCCCTGTTGTTGCCTTGAGCTACTTGGTCAGTTGAGTGCCTTCTTCTTTAATGTTTGTTTCTCTAATTTTTGAAGAATGGTGATGGATAGAAATAGGAAATGAAAGAATGCACTTTTGACAGGTTATTGGTTATTCAAGTACACCAGAAATGACCCTATTTAGCACAAAGTTGATTGAATGATTGAGATGTATTTCTTGCTTTGTCACAGCTGTTTCACTCTCTTCGGTCATAACAAGGGAGGTGGACTTCATCATTAATTTTTTGCTTAATAATGTATTAGTAGACTTCTCCCCCTATTTTGTAAGTAATAGCTGTTGCTTAAGGCTATTGTGTAATGCTATATACAGATAGCAAGTTTGTACTTTACAAAATCCTTCCTGTAGATGGTGATTAATATCTGCTCTAGAATTTAAATAGCAGCTTTCGTTTTTCCTGCCTTGCATTCATGGTAGAGATCGCATGGACAAAGAGTTGTAACCTTTTAAGTAAACCTTTCTATTTCTGATTTACTCACCTTTTTTTTTCCCTTAGGTATATAGCTGGCCCCAAAACATATATGCTTTTCTCCAATAACAACAAATTAAGATGCATTTCATCCGTTCTTGCGCAGTTCCAGTAGAGCTAAATGAACACTGGGTTTAATTATTTTGTGCGGAACTCAACTGCAACTTAATATTTACATAAATTCAGTAACCGTTGCTTCTCCGCACACACACAACAATAAGCGTTCTTTTTGGCACAAATCTGATGATGCTTCTACAGCTTACTGCCTCTGCAGCGAAGTCTAGCCAATCTGGAAGATTGACAAAATTGATTGCTTGCAGAACAAATGAGTAAGCAGTGCAATACACCCATTCTCACTTTATCTTTACACATGGGTCTTAGTGGTGTTGTATCGGATGTTTCAGTGTATGTAATTCTAGCTGATGCCATTTTCTCTCTATTTTCTCTCTTTGTTGCAATTAGCAATGACCTGATTGGGAGAAGTAGGTAAATCTGAGCTGGCTTTGACATGTAGTAGTGTGGCTTTTGCTTCATCAAACAAGTGCATCATCATAATATGGATGTCCTGAGAGGACTGCTGGACAGGCAATGCTGCTGTGGTGGTGAAAGTATTATGCATAACATTCCTTATTTTTGCTTTCAAAATGTTAATCAGGTACATCACGATGTTTTTTCCTGTACATTTCCGATATGTGCTCTGATTACTGCCGGTAAATGCTTTTTTCCTCAATGTACAAATCATGTTGCCTCACTGTGATGCTCTGCTCATCCATTACATTGGTTATATGCCAATTGCTTTACTTCTTTATAACTCCATTGATGCGGTAGCTAATGTCATATGCTCGCAATATCTTACTTTTTACCTTCTTTGATCTAATAAATAAAGTATAACCTTGGTCTTTTTATAAAACAATCCTTTTCCAATGAGCACTTATGATAACTATGTACCTCCATGCTTGAAATAGAAGATCATGCCTTTATTAACAGTATATGCTTATGAGAACTGACATTAATTTTCCCTTAGGAATAGCTGGCTTCAAAACCCATGCCTTTTTTCCCCATAACGACAAGTTTAGATGCATTTTTCATCCTTTCTTGCACAGTTCTACTGGATCTGAACGTACCACTGGGTATTTTGTACATAATTCAAATGCGACTTAATGTTTGCATAAAATCAGTCTCCATTGAAGTGAGGTTTAATATTTATGAAATATATTATAGATGCTTGGGCATGATGTGCTGTAAATTTAGAGGGGTTAGTTTGTGCTATCTGGACGAAATGTTATATATTAGCAACAGAAAACAGCAGCCGAAATATTTTTCGTTTCAAATACTCGAGCTATATGTACTTTTTATAATATGAACATGCTGATGAGTGTTTTTGACATTGTGGCCATCTCTCCTGTGATTTTGCTCCAAATTCTATAAATGGAGAACTTTTCCTTTACTTGAATTTCTCTGTTCCAAACTTGAATACTTAATTTAATTGTTTTTTTTCTTTTCTACCATATATCTTGTATTTTCTTTTGGTCAGATCTATATCATAGATTACACCATTTACGATATAATTCATGTGCCTCATTCTTGGTTTCAGATTGCTCAAACTAACAGTACTACATTTGAGAGCCTCAATTTTTATTGCCATCACCTGGGTGGATGTGTGCGGTAGTTTGTGGTAAGTCCAATGAATTTGCAGTGGGAATGGACTGCTCCTGGTACATAACTTCTTCCCGAGATTGGTTTTATACCTTATATCCCTTCTTAATAAAGTGATAGTGAATACAGTTATGATTGGCCACTCCTTTGTTTTAATTTGTAAGGTCCCTGGTGGTTGCTTTTTATTTCATTTCAATAAATGATTACAGAAAAAAATATATTGATAAAGTATATGCCATTTGTTGATTCCATTTTATTGTATAGCTTTAGAACGAGGTGGCTGAACTGACCTTCTGATTGCTTCCTACAAATGAAGACGGTTTTACAGTGTTGCTCCTCTCCCAGCCTCCCACCTTCATCACTGACCTTTCCCTGATATGCAATCTCATTTGTTTGCCATTGCCCCTGTGTTTCATAAATATATTTAATCCCTGTGATTCAGGGCTTCCTGATTTGAATTTTCAAGGAAAGCATTGACATTAGGTGGTTAATACTATCCAGCTTAACTCTCTAATCAGTCACGCGCAGTCTGGATTTAGAGTGTGTTTGGTTACTGCCCTGAGAATCACGCCTGACTCAGGCATCGATCTCAGCGTTCGACGTCGTTCGCCTTCGGCTGGATCGACCTGCTTGAGAGCACTCAGGTGAGGGCAACAACCAAACAGCCTCTTAGAAATTTATGCTTCGTATGTTCTTAGTTCAATCTATGTTTTTACTTTGTCTTGCGATTTTACAAAATGTTGTGTATAAGTTTTTAGTTCAGAATAATTAAACGAACATGGCTACTTCTATTGTTACTGACAAAATTCAGTGGCGCCCTATGTTGATTGTTTATTCTTTTGACAAGGTCGGGAGAAGTGATGGACGGAGAATATCCAGTGTCAATGTTTTTCAATTGCACTTACAAAACTTATAAAAAATGTTTGCTCACAGGCCGGCAATAGCACACGCAAATTCAACAATGTCTGCTTTTGCTGAAGGATACAAAAGTGACACCTGACATCAAGAACTACACCGACATTATTGGACAGTTCCTCCTTCAAACAAGTTCTACATTGTGACTATGAACAATACATTCATGAAGCAAGATAGAATAGTAAGCTCACTTACACTAGACAACCATTGCTCTCTTCATGCCTTTGACAAAGAAATAACATGAAATTCAAATTACAGTACTTTGCTAAGGAATATCAAAGACCTACATTCAGCCACTCATGGGAGGTCGAAAAACCATGGACATTCAAGTTGAAGCAGCAGACAGAATTTCAGTCACCCTGACTCTACATGTTTCAACACATGGTCGTTGCAACTTAAAAAAAGGATGGGCAACTTTTGCAGCGAACAATGGCATACATCTTCGGTCCGTTTACATCTTTCACTTCCACAAGGCACCTCAACTCCAAACGACAATAGATGTCTGCTAAATGCCATGTATATCGCCTATGCTATAGTGAAATCGTCCTTTTGTTAGCACTAAATTATCCCATTCATTTTAGTGCAGCAAAACTGCAAGCCTCCTCTACCACCGTTATGCTATGCTAATTAGCTTTGCACCTTAAGCACTAATGATCAGCACTCAACTCTATTGTAAATATGCAATGCCACCTACTACTACCCGCTAATATACTTGTATATGATCTATTTATCAATGCCTGCTTCCTTTCCCTTAATTTATTTCTCATATGCTTCTTTCAATATGCTCTCCTTTATCTTCAATCTTTAATATACAAACCTGCTGGGATTACTATACATATGTCCACTCTGTTTCTAACCTACTTGATTGCAGGCCGCGCGCCAACGGCGCGCTCCCCCTCTAG