Rice Gene Index: a comprehensive database for homology, collinearity, and transcripts of genes in rice pangenome.

Variation ID: 117534_Y3551_OTH0121710

Variant Type:

Ref Genome:

Query Genome:

Chromosome:

Ref Start:

Ref End:

OTH

Chr01

14912048

14912117

SV Length:

Query Start:

Query End:

Allele sv Count:

4808 bp

15017743

15022550

10

Gene_id	Chromosome	Start	End
OsY3551G0100567700.01	Chr01	15018124	15022743

SV_id	Chromosome	ref_start	ref_end	query_start	query_end	length
117534_127518_OTH0121050	Chr01	14912048	14912117	15033237	15038045	4809
117534_127742_OTH0121530	Chr01	14912048	14912117	14844970	14849780	4811
117534_132424_OTH0119680	Chr01	14912048	14912117	14883871	14888681	4811
117534_D62_OTH0120120	Chr01	14912048	14912117	14842123	14846933	4811
117534_FH838_OTH0121630	Chr01	14912048	14912117	15293303	15298113	4811
117534_G630_OTH0121870	Chr01	14912048	14912117	15014195	15019005	4811
117534_R498_OTH0121500	Chr01	14912048	14912117	14869342	14874152	4811
117534_R527_OTH0121870	Chr01	14912048	14912117	15022584	15027395	4812
117534_Y3551_OTH0121710	Chr01	14912048	14912117	15017743	15022550	4808
117534_MH63RS3_OTH0121930	Chr01	14912048	14912117	15025555	15030365	4811

>117534_Y3551_OTH0121710
GTGACTGCAACATAAGCAGTAGCAGTGTGCATTATCGCTTATATACAAACCTGCCGAGATTTGCGGCTCCTGGAGATTTTTGAGCTGGCGTGGCCACCTGCGCGAGCCGACGCGTCATCGGCGCTGGGTCTGGTGGGATTTAACGAGCGCAGGGTAGGCTGCTGGCCATTTTGCAAAGACACCCTTGATTTATCTGATAATTTGCTATACGTCCCTAGGCCTTAGTTCTAATGCTTTGCGTTCTTACTAGGAGGACCTCTAAAGAAAAGAATATTCTATATGAAGAAGCGAAAAATCGAACTGCAGTCTAAAAACTAGAAGAGTAGGGGCTTTTTTGCAAAACAGAAACAACCCTAACTCCCTTCCCCAAACCCTAGCCGCCACCGTTCCTCCGCCTCCTCTCCTCCTCTCGCTCCGCTCTCTCCCTGCCCAAGCGACGGCCGTCGCCGCGTGCCGCTCCCCTCATCCTCTTCTTCCCACAGGTGACGACCTCCCCCGCGCGCTCTCTGCTGCCGTGCCCGCCACCGCCCGACACGCGGGCCGCTGCCGTCGCCATCCTCTCGCTCCTGCCGCCGCATCCGCCAACAAGGAGGCCGGGACCGCCGGATCCGGTGACTCCGGCCTCCTCGCCGGCAGATCCGGCCGTTGTGAGGGGAGGGGAAGCCGGCAGCTGCCCTCTACGCCCGGCACCGCCCCTCTCTCCCTCTCCATCCTCTTCGTTTCTGGATCGGCGGACGCCTGCGATTAGGCGGCCTAGGGCTCATGGTCAACAGGGACACACCGCTGTATAGAAGTCCAGCTGCTCCGAAAGATTATCTTCACCCGCAGCCCCCTGTTGTTGCCTTGAGCTACTTGGTCAGTTGAGTGCCTTCTTCTTTAATGTTTGTTTCTCTAATTTTTGAAGAATGGTGATGGATAGAAATAGGAAATGAAAGAATGCACTTTTGACAGGTTATTGGTTATTCAAGTACACCAGAAATGACCCTATTTAGCACAAAGTTGATTGAATGATTGAGATGTATTTCTTGCTTTGTCACAGCTGTTTCACTCTCTTCGGTCATAACAAGGGAGGTGGACTTCATCATTAATTTTTTGCTTAATAATGTATTAGTAGACTTCTCCCCCTATTTTGTAAGTAATAGCTGTTGCTTAAGGCTATTGTGTAATGCTATATACAGATAGCAAGTTTGTACTTTACAAAATCCTTCCTGTAGATGGTGATTAATATCTGCTCTAGAATTTAAATAGCAGCTTTCGTTTTTCCTGCCTTGCATTCATGGTAGAGATCGCATGGACAAAGAGTTGTAACCTTTTAAGTAAACCTTTCTATTTCTGATTTACTCACCTTTTTTTTTCCCTTAGGTATATAGCTGGCCCCAAAACATATATGCTTTTCTCCAATAACAACAAATTAAGATGCATTTCATCCGTTCTTGCGCAGTTCCAGTAGAGCTAAATGAACACTGGGTTTAATTATTTTGTGCGGAACTCAACTGCAACTTAATATTTACATAAATTCAGTAACCGTTGCTTCTCCGCACACACACAACAATAAGCGTTCTTTTTGGCACAAATCTGATGATGCTTCTACAGCTTACTGCCTCTGCAGCGAAGTCTAGCCAATCTGGAAGATTGACAAAATTGATTGCTTGCAGAACAAATGAGTAAGCAGTGCAATACACCCATTCTCACTTTATCTTTACACATGGGTCTTAGTGGTGTTGTATCGGATGTTTCAGTGTATGTAATTCTAGCTGATGCCATTTTCTCTCTATTTTCTCTCTTTGTTGCAATTAGCAATGACCTGATTGGGAGAAGTAGGTAAATCTGAGCTGGCTTTGACATGTAGTAGTGTGGCTTTTGCTTCATCAAACAAGTGCATCATCATAATATGGATGTCCTGAGAGGACTGCTGGACAGGCAATGCTGCTGTGGTGGTGAAAGTATTATGCATAACATTCCTTATTTTTGCTTTCAAAATGTTAATCAGGTACATCACGATGTTTTTTCCTGTACATTTCCGATATGTGCTCTGATTACTGCCGGTAAATGCTTTTTTCCTCAATGTACAAATCATGTTGCCTCACTGTGATGCTCTGCTCATCCATTACATTGGTTATATGCCAATTGCTTTACTTCTTTATAACTCCATTGATGCGGTAGCTAATGTCATATGCTCGCAATATCTTACTTTTTACCTTCTTTGATCTAATAAATAAAGTATAACCTTGGTCTTTTTATAAAACAATCCTTTTCCAATGAGCACTTATGATAACTATGTACCTCCATGCTTGAAATAGAAGATCATGCCTTTATTAACAGTATATGCTTATGAGAACTGACATTAATTTTCCCTTAGGAATAGCTGGCTTCAAAACCCATGCCTTTTTTCCCCATAACGACAAGTTTAGATGCATTTTTCATCCTTTCTTGCACAGTTCTACTGGATCTGAACGTACCACTGGGTATTTTGTACATAATTCAAATGCGACTTAATGTTTGCATAAAATCAGTCTCCATTGAAGTGAGGTTTAATATTTATGAAATATATTATAGATGCTTGGGCATGATGTGCTGTAAATTTAGAGGGGTTAGTTTGTGCTATCTGGACGAAATGTTATATATTAGCAACAGAAAACAGCAGCCGAAATATTTTTCGTTTCAAATACTCGAGCTATATGTACTTTTTATAATATGAACATGCTGATGAGTGTTTTTGACATTGTGGCCATCTCTCCTGTGATTTTGCTCCAAATTCTATAAATGGAGAACTTTTCCTTTACTTGAATTTCTCTGTTCCAAACTTGAATACTTAATTTAATTGTTTTTTTTCTTTTCTACCATATATCTTGTATTTTCTTTTGGTCAGATCTATATCATAGATTACACCATTTACGATATAATTCATGTGCCTCATTCTTGGTTTCAGATTGCTCAAACTAACAGTACTACATTTGAGAGCCTCAATTTTTATTGCCATCACCTGGGTGGATGTGTGCGGTAGTTTGTGGTAAGTCCAATGAATTTGCAGTGGGAATGGACTGCTCCTGGTACATAACTTCTTCCCGAGATTGGTTTTATACCTTATATCCCTTCTTAATAAAGTGATAGTGAATACAGTTATGATTGGCCACTCCTTTGTTTTAATTTGTAAGGTCCCTGGTGGTTGCTTTTTATTTCATTTCAATAAATGATTACAGAAAAAAATATATTGATAAAGTATATGCCATTTGTTGATTCCATTTTATTGTATAGCTTTAGAACGAGGTGGCTGAACTGACCTTCTGATTGCTTCCTACAAATGAAGACGGTTTTACAGTGTTGCTCCTCTCCCAGCCTCCCACCTTCATCACTGACCTTTCCCTGATATGCAATCTCATTTGTTTGCCATTGCCCCTGTGTTTCATAAATATATTTAATCCCTGTGATTCAGGGCTTCCTGATTTGAATTTTCAAGGAAAGCATTGACATTAGGTGGTTAATACTATCCAGCTTAACTCTCTAATCAGTCACGCGCAGTCTGGATTTAGAGTGTGTTTGGTTACTGCCCTGAGAATCACGCCTGACTCAGGCATCGATCTCAGCGTTCGACGTCGTTCGCCTTCGGCTGGATCGACCTGCTTGAGAGCACTCAGGTGAGGGCAACAACCAAACAGCCTCTTAGAAATTTATGCTTCGTATGTTCTTAGTTCAATCTATGTTTTTACTTTGTCTTGCGATTTTACAAAATGTTGTGTATAAGTTTTTAGTTCAGAATAATTAAACGAACATGGCTACTTCTATTGTTACTGACAAAATTCAGTGGCGCCCTATGTTGATTGTTTATTCTTTTGACAAGGTCGGGAGAAGTGATGGACGGAGAATATCCAGTGTCAATGTTTTTCAATTGCACTTACAAAACTTATAAAAAATGTTTGCTCACAGGCCGGCAATAGCACACGCAAATTCAACAATGTCTGCTTTTGCTGAAGGATACAAAAGTGACACCTGACATCAAGAACTACACCGACATTATTGGACAGTTCCTCCTTCAAACAAGTTCTACATTGTGACTATGAACAATACATTCATGAAGCAAGATAGAATAGTAAGCTCACTTACACTAGACAACCATTGCTCTCTTCATGCCTTTGACAAAGAAATAACATGAAATTCAAATTACAGTACTTTGCTAAGGAATATCAAAGACCTACATTCAGCCACTCATGGGAGGTCGAAAAACCATGGACATTCAAGTTGAAGCAGCAGACAGAATTTCAGTCACCCTGACTCTACATGTTTCAACACATGGTCGTTGCAACTTAAAAAAAGGATGGGCAACTTTTGCAGCGAACAATGGCATACATCTTCGGTCCGTTTACATCTTTCACTTCCACAAGGCACCTCAACTCCAAACGACAATAGATGTCTGCTAAATGCCATGTATATCGCCTATGCTATAGTGAAATCGTCCTTTTGTTAGCACTAAATTATCCCATTCATTTTAGTGCAGCAAAACTGCAAGCCTCCTCTACCACCGTTATGCTATGCTAATTAGCTTTGCACCTTAAGCACTAATGATCAGCACTCAACTCTATTGTAAATATGCAATGCCACCTACTACTACCCGCTAATATACTTGTATATGATCTATTTATCAATGCCTGCTTCCTTTCCCTTAATTTATTTCTCATATGCTTCTTTCAATATGCTCTCCTTTATCTTCAATCTTTAATATACAAACCTGCTGGGATTACTATACATATGTCCACTCTGTTTCTAACCTACTTGATTGCAGGCCGCGCGCCAACGGCGCGCTCCCCCTCTAG