Basic Info

Gene ID OGI # | Score   Accession | Assembly | Annotation Location Links
OsLiXu_Ung0019580 OGI:03035980 | 14/16 LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) ChrUN-Ctg156:27850-43896
Gene Symbol -
DNA seq

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Protein seq

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Function DNA-directed RNA polymerase subunit beta [UniProtKB/Swiss-Prot:P0C503]

Transcripts

Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsLiXu_Ung0019580 OsLiXu_Ung0019580.01 ChrUN-Ctg156 31058 43896 + NAM
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Protein seq

MGSNLKEILDNVSYPEIFLSFPNAKEKKRIESKEKAILEFYQQFACVGGDLVFSESLCEELQKKFFQQKCELGRIGRRNMNRRLNLDIPQNSTFLLPRDVLAATDHLIGMKFETGILDDDDMNHLKNKRIRSVADLLQDQFGLALGRLQHAVQKTIRRVFIRQSKPTPQTLVTPTSTSILLITTYETFFGTYPLSQVFDQTNPLTQTVHGRKVSCLGPGGLTGRTASFRSRDIHPSHYGRICPIDTSEGINVGLTGSLAIHARIDHWWGSVESPFYEISEKAKKKKERQVVYLSPNRDEYYMIAAGNSLSLNRGIQEEQVVPARYRQEFLTIAWEQIHVRSIFPFQYFSIGGSLIPFIEHNDANRALMSSNMQRQAVPLSRSEKCIVGTGLERQTALDSRVSVIAEREGKIISTNSHKILLSSSGKTISIPLVTHRRSNKNTCMHQKPRVPRGKSIKKGQILAEGAATVGGELALGKNVLVAYMPWEGYNFEDAVLISERLVYEDIYTSFHIRKYEIQTDTTSQGSAEKITKEIPHLEEHLLRNLDRNGVVKLGSWVETGDILVGKLTPQIASESSYIAEAGLLRAIFGLEVSTSKETSLKLPIGGRGRVIDVKWIQRDPLDIMVRVYILQKREIKVGDKVAGRHGNKGIISKILPRQDMPYLQDGTPVDMVFNPLGVPSRMNVGQIFESSLGLAGDLLKKHYRIAPFDERYEQEASRKLVFSELYEASKQTKNPWVFEPEYPGKSRIFDGRTGDPFEQPVLIGKSYILKLIHQVDEKIHGRSTGPYSLVTQQPVRGRAKQGGQRIGEMEVWALEGFGVAHILQEILTYKSDHLIARQEILNATIWGKRVPNHEDPPESFRVLVRELRSLALELNHFLVSQKNFQRVIRRNNNLAYLLKRSELAPADLVMCQEKLVQEAVDTLLDSGSRGQPTRDGHNKVYKSLSDVIEDFDGDQMAVHLPLSLEAQAEARLLMFSHMNLLSPAIGDPICVPTQDMLIGLYVLTIGNRRGARGNASQVHQLVGMRGLMADPQGQMIDLPIQSNLREGLSLTEYIISCYGARKGVVDTAVRTADAGYLTRRLVEVVQHIIVRRRDCGTIQAISSQDILHSVTIPSKSLILVQNDQYVESEQMGKCTGVPMFIMRPNINMVIFVDYQKQAIYGYCQNTIVAYFDDPRYKKDKKGSGIVKFRYRTLEDEYRTREKDSENEYGSPENEYRTREEECKTLEDEYRTREEEYETLEDEYGIPENEYETLEDEYGILEDEYRTREEESEDEYGSPENKYRPREDKYGTLEEDSEDEHGTLEEDSEEDSEDEYGNPEEDSVLKKGVLIEHRGTKEFSLKYQKEVDRFFFILQELHILPRSSSLKELIMNPLIAAASVIAAGLAVGLASIGPGVGQGTAAGQAVEGIARQPEAEGILGTFQQRRSFTGQTRSKT

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Gene Transcript Chromosome Start End Strand Source
OsLiXu_Ung0019580 OsLiXu_Ung0019580.02 ChrUN-Ctg156 27850 31902 + IsoSeq
CDS seq

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Protein seq

MNCSHRSFYFYFLFFLFLFYYIEIERIERLFLTRVSYRSETKLKKERKNKVRQN

Event Type Chromosome Start End Strand Alternative mRNAs Total mRNAs Source

Expression

Leaf Root Panicle
FPKM 108.710701 0.0 50.421650

Homologues

Genome & Annotation Homologs Type Expression(FPKM)
Leaf Root Panicle
Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU LOC_Os04g16820 SBH 17.708506 17.603193 5.941586
Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db NA NA NA NA NA
Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) OsAzu_02g0015540 RBH 5.019928 19.440001 29.246801
KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKeNa_02g0015680 SBH 12.468278 103.156029 97.843658
CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsCMeo_02g0015580 RBH 8.204471 25.880529 44.169701
ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsARC_02g0015440 RBH 4.243963 1.646868 None
PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsPr106_05g0010580 SBH 219.251602 74.555695 189.836349
Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU NA NA NA NA NA
IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsIR64_05g0010370 SBH 27.202806 17.617702 64.755890
Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU NA NA NA NA NA
LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLima_10g0016870 SBH 0.000000 0.983059 None
KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsKYG_02g0017770 RBH 6.429429 89.839859 None
GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsGoSa_05g0010470 SBH 67.129936 134.521652 None
LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLiXu_Ung0019760 RBH 26.177059 0.0 15.716288
LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) OsLaMu_04g0007370 SBH 0.497383 0.000000 None
N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) NA NA NA NA NA
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