Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsLiXu_03g0020860 | OGI:03044360 | 16/16 | LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr03:17492133-17510680 | ||||||||
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| Function | DNA-directed RNA polymerase III subunit 2 [UniProtKB/Swiss-Prot:F4KD38] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLiXu_03g0020860 | OsLiXu_03g0020860.02 | Chr03 | 17492153 | 17510638 | + | NAM | ||
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| Protein seq | MERTEEEEAPAAKDPNASLPSPTYRSLAAPVTKPVDKFALLPAFLKVRGLVKEHIDSFNYFITKGIRNIVKANNRIEARNNPSIFLRYNSVRVGVPSVQVQYIAEKITPHFCRLTDRTYSAPVLADIEYTVGKQYELKRKPNFIIGYLPIMLRSHACVLNGKDEAELARYGECPLDPGGYFIVKGTEKVILIQEQLSKNRIIIDTDSKGRVIASVTSSTHEIKSKTVIFMEKEKIYLQLNQFTKPIPIIVVMKAMGMESDQEVAQMECAFERIYTQKQALQYMDDKVMYPGAGNQKEGRSKSILRDVFVAHVPVESGNFRPKCIYTAVMLRRMMDAILNADTFDDKDYVGNKRLELSGQLISLLFEDLFKTMNSNAVELMNKTSEKIHSSPLDLSLHIKENIITHGLERAISTGNWDIKRFRMHRKGVSQVLSRLSYMASLGYMTRITPQFEKTRKTSGPRALQPSQWGMLCPCDTPEGEACGLTKNLALLTHVTTDQEEGPLMNLVWKIYHFCLEKKSMHRRFANAMRKLRRSGIIGEFVSIFVNEKQDGIRSFDDFLRDGLIEYLDVNEENNALIALYEHEDQDDVQRSSITHIEIEPLTILGVVAGLIPYPHHNQSPHSLLYLLVYAQRPLLTTKTIELVGYDKLGAGQNATVAVMSYSGYDIEDAIVMNKSSLDRGFGRCIAMKKYTVTKEKYEGGYSDRIVKPQRDKDGALLKQNMRALDEDGFAAPGLIIRNHDIYVNKQTPRNTKRDSDTDEKLIIKCIIRHTRRPEVGDKFSSRHGQKGVCGTIVQQEDFPFSERGICPDLIMNPHGFPSRMTIGKMIELLGGKAGVSCGQFHYGSAFGEPSGNADKVEDISRTLVKHGFSYNGKDLLYSGILGHPCQAYVFMGPIYYQKLKHMVLDKMHARASGPRVLLTRQPTEGRSRDGGLRLGEMERDCLIAYGASMLIFERLLISSDPYQVCRKCGLLGYYNHKLKASYCSMCKNGENMAKMRMPYACKLLFQELQAMNVVPRLKLTEG
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| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLiXu_03g0020860 | OsLiXu_03g0020860.01 | Chr03 | 17492133 | 17510680 | + | NAM | ||
| CDS seq | atggaacgcactgaggaggaggaggcgcccgccgccaaggaccccaacgcgtcgctgccgtcgccgacgtacaggtcgctcgccgcgcccgtcaccaagcccgtcgacaagttcgcgctccttcctgccttcctcaaggttagaggcctcgttaaggagcacatcgactccttcaactacttcatcaccaagggaattaggaacattgtcaaggcaaacaatcgcatcgaagcgcgcaacaacccctctatttttcttaggtacaatagtgtaagggttggtgtgccctccgtacaagtacaatacatcgccgaaaaaatcacgccacacttttgccgccttaccgatcgcacatactctgctcctgtgttggctgatattgaatacacagttggaaagcagtatgagctgaaaaggaagcctaatttcatcattgggtacttgccaattatgcttagaagtcatgcatgcgttctgaatggaaaggatgaagctgaattagcaagatatggtgagtgccctcttgatcctggtggttacttcattgttaagggaaccgagaaggtcattcttatacaagaacagctatcaaagaatcgtattattatcgacaccgatagtaaaggaagggtgattgcatctgttacgagcagcacacatgaaataaaaagcaaaactgtgatttttatggagaaggagaaaatttatctacagttgaatcaattcactaagccgatacctataattgtggttatgaaagcgatggggatggaaagtgaccaagaggttgcacaaatggaatgtgcctttgagagaatctatacacagaagcaagctctgcagtacatggatgacaaggtgatgtatcctggtgcaggaaatcagaaggaaggtcgttcaaaatcaatcctccgtgatgtttttgttgcacatgttccggttgaaagcgggaatttccgacccaagtgcatatacacagctgttatgttaaggcgcatgatggatgcaatcttgaatgccgacacttttgatgataaggattatgtaggaaataagaggctagagctgtctggtcaactaatatccctgctttttgaggatttgttcaaaacgatgaactccaatgctgtggagcttatgaacaaaacaagtgaaaagatccattctagcccattggatttaagcctgcatataaaggaaaatatcataacccatggtttggagagggctatttccacaggaaattgggatattaaacgatttaggatgcatagaaaaggtgtatcacaggttctttcaagattatcctacatggcatctttaggctatatgacaaggataacaccacaatttgagaagacccggaaaacaagtggacctcgtgctttgcagcctagtcaggtgtggaagatttatcacttctgtctggagaagaaatccatgcatcggagatttgctaatgctatgagaaaattgcgtcgttcgggtataattggagagttcgtaagcatttttgtaaacgagaagcaggatggtattcgttcgtttgatgattttctgcgtgatgggttgatcgaatatcttgacgttaatgaagaaaacaatgcattgttattccgagcagattctctactctatttactagtgtatgcacagcgtccccttcttacaacaaaaactattgagttggttggatatgataagcttggggctggacagaatgcgactgttgctgtcatgagttatagtggatacgatattgaagatgcaattgtaatgaacaaatcatcccttgaccgaggttttggtcgttgcattgcaatgaaaaagtacactgtgacaaaggagaagtatgaaggtggttattcagacaggatcgttaagccccagagggataaagatggtgctctgttaaaacagaacatgcgggcattggatgaagacggatttgctgcaccaggtctaataatacgcaatcatgatatctatgtgaacaagcaaactcccagaaataccaagagagattctgatacagatgagaaattaatcatcaaatgtattatccgtcacactaggcgtccagaggttggtgacaaattcagtagcagacatggacagaaaggtgtttgtggtaccattgttcagcaggaagacttccccttctctgagagaggaatatgccctgatttgattatgaatccccatggatttccaagtcgaatgacaataggtaaaatgattgaacttcttGgggggaaggctggcgtatcttgtggtcaatttcattatggcagtgcatttggggaaccaagtggtaatgctgataaggttgaagatataagccgtactctggtaaagcatggcttcagctataatggaaaagatctcttgtactcagaccgttactttaagactgttcctaagagccttttctgtctttcaggaattttaggccatccttgtcaggcatatgtattcatggggccaatctactaccagaagttgaagcacatggttcttgataagatgcatgctcgagctagtggaccacgagtattgctgacccggcaacctactgaagggcgaagtcgtgatggaggcctacgtcttggtgagatggagcgtgactgtttaatcgcatacggtgctagcatgctaatctttgaacgtctactaatatctagtgatccatatcaagtttgcagaaaatgtggcttgttaggctattacaatcataaactgaaggcttcctactgttccatgtgcaaaaatggagaaaatatggccaagatgaggatgccgtatgcttgcaagcttttattccaggagctgcaagcaatgaacgttgttccacgattgaagttaaccgaaggataa
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| Protein seq | MERTEEEEAPAAKDPNASLPSPTYRSLAAPVTKPVDKFALLPAFLKVRGLVKEHIDSFNYFITKGIRNIVKANNRIEARNNPSIFLRYNSVRVGVPSVQVQYIAEKITPHFCRLTDRTYSAPVLADIEYTVGKQYELKRKPNFIIGYLPIMLRSHACVLNGKDEAELARYGECPLDPGGYFIVKGTEKVILIQEQLSKNRIIIDTDSKGRVIASVTSSTHEIKSKTVIFMEKEKIYLQLNQFTKPIPIIVVMKAMGMESDQEVAQMECAFERIYTQKQALQYMDDKVMYPGAGNQKEGRSKSILRDVFVAHVPVESGNFRPKCIYTAVMLRRMMDAILNADTFDDKDYVGNKRLELSGQLISLLFEDLFKTMNSNAVELMNKTSEKIHSSPLDLSLHIKENIITHGLERAISTGNWDIKRFRMHRKGVSQVLSRLSYMASLGYMTRITPQFEKTRKTSGPRALQPSQVWKIYHFCLEKKSMHRRFANAMRKLRRSGIIGEFVSIFVNEKQDGIRSFDDFLRDGLIEYLDVNEENNALLFRADSLLYLLVYAQRPLLTTKTIELVGYDKLGAGQNATVAVMSYSGYDIEDAIVMNKSSLDRGFGRCIAMKKYTVTKEKYEGGYSDRIVKPQRDKDGALLKQNMRALDEDGFAAPGLIIRNHDIYVNKQTPRNTKRDSDTDEKLIIKCIIRHTRRPEVGDKFSSRHGQKGVCGTIVQQEDFPFSERGICPDLIMNPHGFPSRMTIGKMIELLGGKAGVSCGQFHYGSAFGEPSGNADKVEDISRTLVKHGFSYNGKDLLYSDRYFKTVPKSLFCLSGILGHPCQAYVFMGPIYYQKLKHMVLDKMHARASGPRVLLTRQPTEGRSRDGGLRLGEMERDCLIAYGASMLIFERLLISSDPYQVCRKCGLLGYYNHKLKASYCSMCKNGENMAKMRMPYACKLLFQELQAMNVVPRLKLTEG
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|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
| A3 | Chr03 | 17505986 | 17507062 | + | OsLiXu_03g0020860.01 | OsLiXu_03g0020860.02,OsLiXu_03g0020860.01 | All |
| SE | Chr03 | 17500595 | 17501256 | + | OsLiXu_03g0020860.02 | OsLiXu_03g0020860.02,OsLiXu_03g0020860.01 | All |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.457646 | 0.975167 | 0.738559 |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_03g0403100 | RBH | 1.513158 | 1.699405 | 3.725279 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os03g28960 | RBH | 0.494545 | 0.796952 | 0.612457 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os03g0403100 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_03g0021160 | RBH | 0.646301 | 4.514171 | 7.065256 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_03g0021000 | RBH | 0.000000 | 1.022526 | 1.915435 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_03g0021070 | RBH | 0.990918 | 1.717446 | 10.367729 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_03g0021060 | RBH | 0.005728 | 0.128385 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_03g0020890 | RBH | 7.119717 | 13.096794 | 12.069436 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_03G0271800 | RBH | 4.227107 | 11.900349 | 6.7631895 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_03g0020630 | RBH | 0.099845 | 0.438363 | 1.393250 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_03G0274100 | RBH | 4.250719 | 15.457676 | 18.6887085 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_03g0020890 | RBH | 0.133272 | 0.066544 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_03g0020870 | RBH | 0.157795 | 6.640732 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_03g0020990 | RBH | 0.629869 | 8.627749 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_03g0020740 | RBH | 0.041310 | 3.035095 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_03G020700 | RBH | 0.372489 | 3.378685 | 1.485143 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_03g0020580 | RBH | 1.144339 | 11.458349 | 8.095774 |
