Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsGoSa_04g0017830 | OGI:04074740 | 16/16 | GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | Chr04:26634245-26645132 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| DNA seq | 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| Protein seq | MARPEEKLRCTKEPFIEDVGTRRIKSIRFSMFSGNEVRQSAEVQVWNSRIYNHEMKPVPNGLLDTRMGAANKLGECSTCHGSFAECPGHFGYLKLALPVFNVGFFNCILDVLKCICKSCSRVLLMEKDRLEFLKKMRNPKADPLHKSAIMKKVRDKCKLSRCPWCGFINGVAKKGRAGLIILHDCSKTLDGSTEELRDALSHKKEKLSISAVRMLDPAIVLSLFKRMTDEDCELLNLGDRPEKLIVTEIAVPPVPIRPSVFVAGGRMSNEDSITVILKSIANTNSILKENLQTGGQFMKIAGNTFNFKLLNISTVTHPLFPSHNIEALFSDSKGRQADFVVAIPILMARVLTYPERVSYYNIEKLRQCIRNGPHKHPGANFIIQPDGTKLHLKYCDRRIAARDLKYGCVVERHLEDGDIVLFNRQPSLHRMSIMSHRARIMPWRTLRFNESVCNPYNADFDGDEMNLHVPQTEEARTEALMLMGVQNNLCTPKNGEILVASTQDFLTSSFLVTRKDNFYDRSSFSLLCSYLGDAMENIDLPTPALIKPIELWTGKQLFSVLVRPNACTKVFLNLTVKEKIYKTPKGSTLEPEAMCPNDGFVYFRNSELLSGQVGKATLGNGNKDGMFSTLVRDYNSHAAASCMNRLAKFSARFIGNHGFSIGVDDVQPGEHLNQEKKMKIDGGYKDCHDLIASYSKGALRLQPGCNAAQTLEQSITRVLNEIREEAGKVCMNTLHWRNSPLIMSQCGSKGSPINISQMVACVGQQSVGGRRAPNGFIDRTLPHFPINSKTPAAKGFVANSFYTGLTATEFFFHTMGGREGLVDTAVKTAETGYMSRRLMKGLEDLSVFYDQTVRNASGGIVQFLYGDDGMDPAKMEGKDGKPLNLDQLFMKVMATCPQRGQNTLSPGEILQILNDKLSEHDASSDDGCSEKFKQLLTYFLEDRIKLLKSTRRALLLDEDHVGERHSSFEESIAANISGISVKQLQVFLDTCLSRYHLKKIEAGASIGAIGAQSIGEPGTQMTLKTFHFAGVASMNVTLGVPRIKEIINAAKKISTPIITAELLSEKDVLSARIVKGSMEKAVLGEVAEAIKIVLKSSQPNLVVKLDMQRIEALHMGISADSVQLSILNHPKIKLKSEHVRVIDKSKLRIYPAGIDKSKLLYELHHLKSMLPKVIVKGIPTVERAVISETGEENDKRYKLLVEGTNLLAVMGTPGVDAMKTKSNHIMEVNRTLGIEAARRSIIDEIQYTMKSHGMNIDSRHMMLLADLMTYKGEILGITRYGIAKMKSSVLMLASFEKTAEHLFNASYSGREDQIEGVSECIIMGIPMQLGTGILKVRQRLDHLPEFKYQPDPILA |
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| Function | DNA-directed RNA polymerase III subunit 1 [UniProtKB/Swiss-Prot:F4JXF9] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsGoSa_04g0017830 | OsGoSa_04g0017830.01 | Chr04 | 26634245 | 26645132 | + | NAM | ||
| CDS seq | atggcgcggccggaggagaagctgcggtgcacgaaggagcccttcatcgaggatgtcggcacgcggaggataaagagcatccggttcagcatgttctcggggaacgaggtgcgccaatccgcggaggtgcaggtttggaacagccggatctacaaccatgagatgaagccggtgcccaatggattgctcgacacgcggatgggtgcggcaaacaagcttggggagtgcagtacttgccatggttcatttgctgaatgcccgggtcattttggttacttgaagctcgcccttccagtttttaatgttggattctttaactgtaTtttggatgtattgaagtgcatctgcaagagctgcagcagggttcttcttatggagaaagatcggctagagtttttgaagaaaatgagaaatcccaaagcagatccgctacacaaaagtgctatcatgaaaaaagtgagggacaaatgcaaactatcccgttgcccctggtgtggattcataaatggtgttgctaaaaagggcagagcagggttgattattcttcatgattgtagcaaaacattggatggaagcacagaagagcttcgggacgcactatcacataagaaagagaaactatctattagtgctgttcgcatgctagaccctgcaattgttctatctcttttcaaaagaatgaccgatgaggattgtgagttgctaaaccttggtgataggcctgagaaacttattgtgacagagattgcagtgccacctgtacctatacgtccttctgttttcgtggctggtggaagaatgagcaatgaagatagcattaccgtcatattgaagagtattgctaatactaattccatccttaaggagaaccttcaaactggtggtcagttcatgaagattgctggcaacaccttcaacttcaagttgttgaatatatcaacagtgacgcaccctctcttcccgagtcacaacatcgaggccttgttcagcgactcaaagggaagacaggccgatttcgtggtggctattcccatcctgatggctcgagttttgacttatcctgaaagagtttcatactataacatagagaagctgcgtcagtgtatacggaatggtccacacaaacatccaggggcaaatttcatcatacaacctgatggaacaaagctgcacttaaagtattgcgatagaagaattgctgctcgagatttgaagtatggctgtgtagtcgaaaggcatttagaagatggagacattgtcctcttcaatagacaaccgagcttgcatagaatgtcaattatgtctcacagggctaggattatgccctggagaacactaaggtttaatgagtctgtctgtaacccatataatgctgattttgatggcgatgagatgaatttgcatgttcctcagactgaggaagcccgcactgaagcgcttatgctcatgggggttcagaacaatttatgtaccccaaagaatggggaaatactggttgcatccacgcaagactttttgacttcctcttttctggttacaagaaaagataacttttatgacaggtcgtcattttctctcttatgttcatatcttggtgatgcaatggaaaacattgatttgccaacacctgctctgattaagcctattgagctttggactggtaaacaactcttcagtgtgttagtacgtcctaacgcatgtacaaaggtgtttctgaatcttactgttaaagagaaaatttataagactcctaagggttcaactctggaacctgaagcaatgtgtcccaatgatggttttgtctacttccgaaacagtgaacttctatctgggcaagttgggaaggccactttaggtaatgggaataaggatggcatgttctccactcttgtaagagattataattctcatgctgcggcaagctgtatgaaccgcttggcaaaatttagtgcaagatttatagggaaccatggtttctcaattggtgtggacgatgtccaaccgggagaacatttaaaccaagagaagaaaatgaaaatagatggagggtacaaagattgccatgatcttattgcttcctattccaaaggtgcactccgtttgcagcccggttgcaacgcagcccaaacattggagcaaagtataactcgtgtactgaatgaaatcagagaagaagctggaaaagtctgtatgaatacacttcactggaggaacagcccattgatcatgtctcagtgtggatctaaaggttctccaatcaacattagtcagatggttgcatgtgttggccagcaatcagttggagggcgtcgtgccccgaatggcttcatagatcgaactcttccccactttcctataaatTCAAAGACTCCTGCAgccaaaggctttgtcgctaattctttctatactggcttgactgccaccgaattcttcttccatacgatgggtgggcgagaaggtcttgttgatacagcggttaaaacagctgaaacaggatatatgtcccgcagattaatgaagggattggaagatctctcagttttctatgatcagacggtccgcaatgctagtggtggtattgtacagttcctctatggagatgatggcatggatcctgcaaagatggaagggaaagatggaaagcccttaaatttggatcaattgtttatgaaagtcatggccacttgtcctcaaaggggacagaatacattatctccaggtgaaatcttacaaattttaaatgacaagctctctgaacatgatgcctcctctgatgatggttgtagcgaaaagttcaagcaactgttaacgtattttcttgaggatcgtataaaattgctgaagagcacaaggagagcgcttctcctagatgaAGatcatgttggagagaggcactccagctttgaagaatccattgctgctaatatttctggtatatctgtgaagcaactacaggttttcttggacacatgtttatctcgttACCacttgaagAaaattgaagccggagcatcaattggggcaattggggctcaaagtattggagagcctggaactcagatgacattgaaaactttccattttgcaggagtagctagcatgaatgttactcttggtgttcctcgcatcaaggaaattatcaatgctgctaaaaagataagcacacctattatcactgctgagttactttctgagaaggatgtgttgtctgcacgcattgtgaaaggctctatggaaaaggcagtgctgggtgaggtggctgaagccataaagattgtgttgaaatcaagtcaaccaaacttggttgttaaactcgatatgcaacgtatagaagccctgcacatgggcatctctgctgactctgtgcagctgtcaatattgaatcatccaaaaATaaagctAaaatctgagcatgttcgtgttatcgataaatccaagttgagaatttatccagctggaatagataagtccaaacttctatatgagttacatcatctcaaatccatgcttccaaaagtgatcgtgaagggtattccaactgttgaaagagctgtgatcagcgaaactggtgaagaaaatgacaaaagatacaagttgttggttgagggaacaaatctcttggcagtaatgggtactccaggagttgatgctatgaaaacaaaaagtaaccacatcatggaagtgaaccgaacactcggaattgaagctgcgaggagatctattattgatgaaattcagtatacaatgaaaagtcatGggatgaacattgattcgagacatatgatgcttctggcagatttgatgacatacaagggtgaaattcttggcattactagatatggtattgcaaaaatgaaaagtagtgtgctgatgctggcttcgtttgagaaaacagcggagcatctctttaatgcatcatacagtggtcgtgaggatcagatagagggagttagtgaatgcattatcatgggtatacccatgcaacttggcactggtattctcaaagtcagacaaaggcttgaccatttgcctgaatttaaatatcagcctgatccaatattggcgtga
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| Protein seq | MARPEEKLRCTKEPFIEDVGTRRIKSIRFSMFSGNEVRQSAEVQVWNSRIYNHEMKPVPNGLLDTRMGAANKLGECSTCHGSFAECPGHFGYLKLALPVFNVGFFNCILDVLKCICKSCSRVLLMEKDRLEFLKKMRNPKADPLHKSAIMKKVRDKCKLSRCPWCGFINGVAKKGRAGLIILHDCSKTLDGSTEELRDALSHKKEKLSISAVRMLDPAIVLSLFKRMTDEDCELLNLGDRPEKLIVTEIAVPPVPIRPSVFVAGGRMSNEDSITVILKSIANTNSILKENLQTGGQFMKIAGNTFNFKLLNISTVTHPLFPSHNIEALFSDSKGRQADFVVAIPILMARVLTYPERVSYYNIEKLRQCIRNGPHKHPGANFIIQPDGTKLHLKYCDRRIAARDLKYGCVVERHLEDGDIVLFNRQPSLHRMSIMSHRARIMPWRTLRFNESVCNPYNADFDGDEMNLHVPQTEEARTEALMLMGVQNNLCTPKNGEILVASTQDFLTSSFLVTRKDNFYDRSSFSLLCSYLGDAMENIDLPTPALIKPIELWTGKQLFSVLVRPNACTKVFLNLTVKEKIYKTPKGSTLEPEAMCPNDGFVYFRNSELLSGQVGKATLGNGNKDGMFSTLVRDYNSHAAASCMNRLAKFSARFIGNHGFSIGVDDVQPGEHLNQEKKMKIDGGYKDCHDLIASYSKGALRLQPGCNAAQTLEQSITRVLNEIREEAGKVCMNTLHWRNSPLIMSQCGSKGSPINISQMVACVGQQSVGGRRAPNGFIDRTLPHFPINSKTPAAKGFVANSFYTGLTATEFFFHTMGGREGLVDTAVKTAETGYMSRRLMKGLEDLSVFYDQTVRNASGGIVQFLYGDDGMDPAKMEGKDGKPLNLDQLFMKVMATCPQRGQNTLSPGEILQILNDKLSEHDASSDDGCSEKFKQLLTYFLEDRIKLLKSTRRALLLDEDHVGERHSSFEESIAANISGISVKQLQVFLDTCLSRYHLKKIEAGASIGAIGAQSIGEPGTQMTLKTFHFAGVASMNVTLGVPRIKEIINAAKKISTPIITAELLSEKDVLSARIVKGSMEKAVLGEVAEAIKIVLKSSQPNLVVKLDMQRIEALHMGISADSVQLSILNHPKIKLKSEHVRVIDKSKLRIYPAGIDKSKLLYELHHLKSMLPKVIVKGIPTVERAVISETGEENDKRYKLLVEGTNLLAVMGTPGVDAMKTKSNHIMEVNRTLGIEAARRSIIDEIQYTMKSHGMNIDSRHMMLLADLMTYKGEILGITRYGIAKMKSSVLMLASFEKTAEHLFNASYSGREDQIEGVSECIIMGIPMQLGTGILKVRQRLDHLPEFKYQPDPILA
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|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.162514 | 10.991034 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_04g0492300 | RBH | 3.193806 | 2.594224 | 5.055533 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os04g41490 | RBH | 1.934337 | 1.627504 | 1.256196 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os04g0492300 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_04g0018220 | RBH | 0.952505 | 3.785157 | 5.647015 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_04g0019000 | RBH | 0.156347 | 0.751720 | 3.520971 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_04g0018710 | RBH | 1.514678 | 6.235834 | 8.549876 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsARC_04g0018420 | RBH | 0.215196 | 0.217091 | None |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_04g0018620 | RBH | 5.123027 | 8.367470 | 18.339912 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_04G0384100 | RBH | 3.104743 | 19.743258 | 7.453449 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_04g0017400 | RBH | 0.328027 | 0.578774 | 1.524551 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_04G0383700 | RBH | 2.849977 | 20.2909515 | 22.2833835 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_04g0017900 | RBH | 0.167989 | 0.067582 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_04g0017750 | RBH | 0.543914 | 4.252701 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_04g0018250 | RBH | 0.761426 | 1.113822 | 0.944133 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_04g0018410 | RBH | 0.241362 | 3.744854 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_04G017720 | RBH | 0.777047 | 2.629493 | 3.299581 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_04g0017630 | RBH | 2.062660 | 12.008740 | 6.721396 |
