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| Function | L-threonate dehydrogenase [UniProtKB/Swiss-Prot:Q0KBC7] | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsARC_06g0010400 | OsARC_06g0010400.01 | Chr06 | 8332253 | 8350782 | + | NAM | ||
| CDS seq | ATGGACGATCCATCCTCTTGCAACCACGAGTTGAGGTTGATGGGGATGCGGGGTGATGACAAAGATGACTTGGAGGAGGTACGCGTGCAGGTGTTCGGAATCACTTCGTCACCTCCTCACTTCGATGGGTTGCAGCTGGAGACGGAGCCGGACGTGGACGCTTCAACTGCCACGTGGGGTCACCGCCTCGGGCCCGCATTGCCAGTGACACGAGGTAGATGCATAAAAGTCCAACACAGTCGCATCCACACGCGGGGCCACGGCCGTGCGCCACTTCTCTTCCTCGCTCACTCTTCCCCCCCTCTCGCTTCCTTCCCTTCTGCTCTGCTTCCTCCGCCTCTGCTTCGTGTCGCCGTCGCCGCCGCAGCAGCCGCCGCCGGCGAGCACCGGGTGCGGATACTGGGAGCGATGGCGTCCGGGAAGGTCGTGTCCTTCGTCGGCGCCGACGAGCTGGGCGTGTCCCTCGCCGCCTCCTTCGTCCGGTCCGGGGCCATCGTCCGCTGCTTCGTCGCTCCCGGGGGTGATGGATCGGCGACGGCGCTCGCGGAGCTGGGCGGCGTCCGGTGCGCGAGCCCCGCGGAAGCCGCGCGAGACGCTGAGCTAGTCATTGTGCTCAGTGACACGGATGGGGTTGATGAGCTGTTCTTCGGACCTGAGGGGATAGTGAAAGGACTGTGCTCGGGTGCTGTTGTATTGATTCGATCAACAATGCTGCCTAGTCATCTGGAGAAGTTGAATCAGAAGCTTGCAGATGAGAAGAAGAATGCCCTTCTTGATGGATACATTTTTAGTGGTTTATCTGATGAATTAAAGCAAAAGATTGTTGTTGTTGCATCTGGGAGACATGATGTTACAGAAAGAACCGGGCAATTCTTCTCTGGTCTTGATACAGCAGTTTACTTTGTTGAAGGTGAATTTGGCAGTAGCAGCAAAATTAAGCTGGTTAATGATTTGCTGGAGAGCATTCATTTTATAGCATCTATTGAAGCAATGTTTCTTGGTGTTCGGGCTGGGATTCATCCATCAATTATCTATGACATAATATCGAATGCTGCCGGAAGCTCAAGAATATTCGTGGAGATCGTACCAAAGCTTTTGAGAGAGGATTCTTTGCTTATTGATTATCTAGAGTCATCCAAGACAAACGCAGGCTATGTGATGGATATGGCTAAAGCAGTAATATTCCCTTTGCCACTTGTAGCTGTTTCTTATCAACAATTAATACATGGTTGTTCATCAGCAAATGGAGATGCATTAGTCTCACCGTTGAAGGTTTGGGAACAGTCATTTGGAGTAAACATCATAGATGCTGCCAGTCAACAAATCTACGATGCAAGCAAATTAGCTGACCAGCTTGTTATGGCATGTAAAACAGCAAAAACTATCGGCTTTATTGGTCTTGGAGCTATGGGCTTTGGAATGGCATCTCATTTGCTAAAATCAGGTTTCTCCGTTATTGCTTATGATGTATACAAGCCAACACTGGCCAGGTTTACTGATTTAGGTGGATTGACTAAAGATTCTCCTGAGGAAGTATCAAAAGATGTGGAAATACTTGTTATCATGGTTGCAAATGAAGTTCAAGCTGAAAATGTTCTATATGGAAATGCTGGTGCTGTATCAGTAATGGCCGCTGGAACATCCATCATCCTATCTTCAACAGTTTCTCCTGGATTTGTGATTAAACTCAAGGAAAGATTAGAAGCTGAATGCCGAGACATAAAGTTGGTTGATGCTCCGGTGTCTGGTGGTGTCAAAAGGGCAGCAGAGGGGACATTAACAATAATCGCTTCAGGAACAGATGAAGCTCTGCAGTGTACTGGCAGTGTTCTCTCAGCACTAAGTGAGAAGCTTTATGTCATCAAAGGAGGATGTGGAGCTGCAAGTTCTGTAAAGATGGTAAACCAACTTCTTGCTGGGGTTCATATAGCCTCAGCAGCTGAAGCAATGGCATTTGGTGCTCGATTAAATTTGAGGACAAGGAGACTTTTTGAAATTATTCAACATGCAAGAGTGGACATATTTGTCAAGGATCTTGGTATAGTATCTCATGAAAGCTCCAACGCAAGGATCCCACTGCATGTCTCTAGTATTGCTCATCAACTTTTTCTTTCAGGTTCTGCTTCTGGATGGGGTCGATTTGATGATGCTGCTGTTGTGAAGGTTTATGAGACATTAACTGGAGTAAAAGTTGAAGGGAGGCCTCCCATGCTTAACAAAGAAGATGTTCTGAGTTCTCTTCCTGCTGAATGGCCAGAAGATCCCATGGATGATCTTGTTTCATCTGCATCTCATAATAGCAAAAAAATTCTTGTGGTTTTGGATGATGATCCAACTGGAACCCAGACAGTTCATGATATAGAAGTTTTAACTGAATGGCCTGTTGAAGCCCTTGCAGAACAGTTTCAAAAGCTACCAGCTTGCTTTTTTATTTTGACAAACTCCCGTTCAATGACTGCGGAAAAGGCTACACTATTAGTAAAAGATATCTGCAGAAATCTTGAAGCTGCAGCTAAGTCTGTCCCTGGTGTTAGCTATACAGTGGTATTGAGAGGGGATTCCACTTTACGTGGCCATTTCCCAGAGGAAGCCGATGCAGTCGTTTCAGTGTTAGGTGAGATGGATGCTTGGATAATATGCCCATTTTTCCTTCAAGGTGGCCGCTACACTATTGATGACATTCACTATGTTGCAGATTCTGACAGATTAATTCCTGCTGGTGAAACTGAGTTTGCAAAGGATGCAGCTTTTGGCTATAAATCTTCCAATCTCAGACAGTGGGTTGAAGAGAAGACAAAAGGACGGATTTCTGAGAACCAAGTTTCAACAATTTCTGTTAATCTCCTACGTAAAGAGGGACCGAATGCAGTCTGCCAGCATCTCTGTAGTTTGAAGAAGGGTTCTGCATGTATTGTCAATGCTGCTAGTGAGAGGGACATGTCTGTGTTTGCTGCTGGAATGATCCAGGCTGAATTGAAAGGAAAGAGATTTCTGTGCCGCACAGCTGCAAGTTTTGTAAGTGCTAGAATTGCAATAAAGCCAAAGCCACCTATTCGTCCAACTGACCTAGGTTTAAAAAGAGCTTTAACTGGAGGCCTCATTGTTGTTGGCTCTTATGTGCCAAAAACTACAAAGCAGGTTGATGAACTTAGGTCACAGTGTGAGCAATCTCTCCGAATAATAGAGGTATCTGTTGAGATGATTTCAATGAAATCGGCTGAGGATAGAGACCATGAAATTAGCCGAGTTATTGAATTGGGAAATGCTTATATACAATCCAGGAAAGACACTCTAGTTGTCACCAGCCGCCAACTCATCACAGGAAAAACTCCTGAAGAAAGCTTAGAAATTAATTACAAAGTGAGCTCAGCCCTAGTGGAGATTGTGAGAGGGATTGGCAGTCGACCCCGTTATATTCTTGCAAAGGGAGGAATCACTTCATCCGATCTTGCTACGAAGGCTTTGGAAGCTCGGCGTGCCAAAGTAATGGGACAAGCTTTAGCTGGTGTCCCTTTATGGCAGCTTGGTCCTGAGAGTAGACATCCTGGTGTCCCTTACATTGTTTTTCCTGGTAATGTTGGTGACAACAGTGCTCTTGCAAAAGTGGTCCAGAATTGGGCTTGCCCTTCTAGAAGTTCTGCAAAAGAACTTCTCCTTAACGCAGAGAATGGTGGTTATGCCATTGGTGCTTTCAATGTATATAACCTTGAGGGAATTGATGCTGTCGTTTCAGCTGCCGAAGCCGAAAAAAGTCCTGCTATTCTGCAGGTTCATCCCAGTGCCCTGAAGCAAGGTGGAGTTCCATTGGTCTCATGTTGCATTGCTGCTGCAGAACACGCTAGTGTACCTATCACCGTTCATTATGACCATGGAACTTCCAAGTCTGATTTGCTTCAAGCTCTTGAGATGGGTTTTGATTCAATCATGGTGGACGGATCACATCTACCTTTAGGGAAGAACATCTTATACACAAGGAGCATATCTTCCTTGGCTCATTCAAAAGGCATGCTTGTAGAAGCTGAACTGGGGAGACTCTCAGGCACTGAAGATGGCTTGACAGTCGAAGAATACGAAGCAAGATTTACTGATGTTGCTCAGGCCTTGGAATTCATTGATGAAACTGGTATCGATTCTCTAGCAGTATGTATTGGAAATGTTCATGGAAAATATCCCCCCAGTGGACCAAATCTCAGATTTGACTTGCTAGAGGACCTTCGTGCATTGACAATGAAGAAAGGTGTTAGCTTGGTTCTCCATGGAGCATCCGGACTGCCTCATGAACTTGTAAAGGAATGCATAGCTTTGGGGGTGAGGAAATTCAACGTGAACACGGAGGTCCGAAACAGCTACCTTGAATCCCTTAAAAGGCCAGAAAAGGACCTGATTCATGTCATGGCATCTGCTAAGGAAGCAATGAAAGCTGTTGTGGCTGAGAAAATGCGCCTGTTCGGTTCATCTGGGAAAGCTTGA
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| Protein seq | MDDPSSCNHELRLMGMRGDDKDDLEEVRVQVFGITSSPPHFDGLQLETEPDVDASTATWGHRLGPALPVTRGRCIKVQHSRIHTRGHGRAPLLFLAHSSPPLASFPSALLPPPLLRVAVAAAAAAAGEHRVRILGAMASGKVVSFVGADELGVSLAASFVRSGAIVRCFVAPGGDGSATALAELGGVRCASPAEAARDAELVIVLSDTDGVDELFFGPEGIVKGLCSGAVVLIRSTMLPSHLEKLNQKLADEKKNALLDGYIFSGLSDELKQKIVVVASGRHDVTERTGQFFSGLDTAVYFVEGEFGSSSKIKLVNDLLESIHFIASIEAMFLGVRAGIHPSIIYDIISNAAGSSRIFVEIVPKLLREDSLLIDYLESSKTNAGYVMDMAKAVIFPLPLVAVSYQQLIHGCSSANGDALVSPLKVWEQSFGVNIIDAASQQIYDASKLADQLVMACKTAKTIGFIGLGAMGFGMASHLLKSGFSVIAYDVYKPTLARFTDLGGLTKDSPEEVSKDVEILVIMVANEVQAENVLYGNAGAVSVMAAGTSIILSSTVSPGFVIKLKERLEAECRDIKLVDAPVSGGVKRAAEGTLTIIASGTDEALQCTGSVLSALSEKLYVIKGGCGAASSVKMVNQLLAGVHIASAAEAMAFGARLNLRTRRLFEIIQHARVDIFVKDLGIVSHESSNARIPLHVSSIAHQLFLSGSASGWGRFDDAAVVKVYETLTGVKVEGRPPMLNKEDVLSSLPAEWPEDPMDDLVSSASHNSKKILVVLDDDPTGTQTVHDIEVLTEWPVEALAEQFQKLPACFFILTNSRSMTAEKATLLVKDICRNLEAAAKSVPGVSYTVVLRGDSTLRGHFPEEADAVVSVLGEMDAWIICPFFLQGGRYTIDDIHYVADSDRLIPAGETEFAKDAAFGYKSSNLRQWVEEKTKGRISENQVSTISVNLLRKEGPNAVCQHLCSLKKGSACIVNAASERDMSVFAAGMIQAELKGKRFLCRTAASFVSARIAIKPKPPIRPTDLGLKRALTGGLIVVGSYVPKTTKQVDELRSQCEQSLRIIEVSVEMISMKSAEDRDHEISRVIELGNAYIQSRKDTLVVTSRQLITGKTPEESLEINYKVSSALVEIVRGIGSRPRYILAKGGITSSDLATKALEARRAKVMGQALAGVPLWQLGPESRHPGVPYIVFPGNVGDNSALAKVVQNWACPSRSSAKELLLNAENGGYAIGAFNVYNLEGIDAVVSAAEAEKSPAILQVHPSALKQGGVPLVSCCIAAAEHASVPITVHYDHGTSKSDLLQALEMGFDSIMVDGSHLPLGKNILYTRSISSLAHSKGMLVEAELGRLSGTEDGLTVEEYEARFTDVAQALEFIDETGIDSLAVCIGNVHGKYPPSGPNLRFDLLEDLRALTMKKGVSLVLHGASGLPHELVKECIALGVRKFNVNTEVRNSYLESLKRPEKDLIHVMASAKEAMKAVVAEKMRLFGSSGKA
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|||||||
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsARC_06g0010400 | OsARC_06g0010400.02 | Chr06 | 8335642 | 8350721 | + | IsoSeq | ||
| CDS seq | GCCACGGCCGTGCGCCACTTCTCTTCCTCGCTCACTCTTCCCCCCCTCTCGCTTCCTTCCCTTCTGCTCTGCTTCCTCCGCCTCTGCTTCGTGTCGCCGTCGCCGCCGCAGCAGCCGCCGCCGGCGAGCACCGGGTGCGGATACTGGGAGCGATGGCGTCCGGGAAGGTCGTGTCCTTCGTCGGCGCCGACGAGCTGGGCGTGTCCCTCGCCGCCTCCTTCGTCCGGTCCGGGGCCATCGTCCGCTGCTTCGTCGCTCCCGGGGGTGATGGATCGGCGACGGCGCTCGCGGAGCTGGGCGGCGTCCGGTGCGCGAGCCCCGCGGAAGCCGCGCGAGACGCTG
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| Protein seq | ATAVRHFSSSLTLPPLSLPSLLLCFLRLCFVSPSPPQQPPPASTGCGYWERWRPGRSCPSSAPTSWACPSPPPSSGPGPSSAASSLPGVMDRRRRSRSWAASGARAPRKPRETL |
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | 0.460528 | 0.406389 | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | OsNip_06g0258900 | RBH | 4.983298 | 5.341217 | 6.094985 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | LOC_Os06g14740 | RBH | 2.801391 | 3.553131 | 1.551812 |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | Os06g0258900 | RBH | None | None | None |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsAzu_06g0010520 | RBH | 2.054986 | 20.984024 | 8.519617 |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKeNa_06g0010400 | RBH | 1.028011 | 1.880187 | 4.008380 |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsCMeo_06g0010380 | RBH | 2.992308 | 14.323768 | 15.846573 |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsPr106_06g0010490 | RBH | 14.853758 | 14.631180 | 39.871365 |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | OsMH63_06G0137100 | RBH | 13.8813085 | 39.3125595 | 77.888008 |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsIR64_06g0010070 | RBH | 0.914549 | 1.320220 | 2.459270 |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | OsZS97_06G0141000 | RBH | 8.4501265 | 58.7231065 | 16.3336365 |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLima_06g0010460 | RBH | 0.633766 | 0.479568 | None |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsKYG_06g0010320 | RBH | 0.796262 | 8.885974 | None |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsGoSa_06g0010340 | RBH | 11.178403 | 21.520250 | None |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLiXu_06g0010540 | RBH | 2.120322 | 2.671766 | 2.711250 |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsLaMu_06g0010240 | RBH | 1.008347 | 8.228627 | None |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | OsN22_06G010160 | RBH | 1.242584 | 5.420818 | 4.131114 |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | OsNaBo_06g0010460 | RBH | 4.016605 | 24.358608 | 8.939999 |
