Basic Info |
| Gene ID | OGI # | Score | Accession | Assembly | Annotation | Location | Links | |||||||
| OsLK638S_12g0075900 | OGI:12016122 | 1/50 | Os XI-adm: LK638S | LK638S | PKU | Chr12:5610301-5610564 | ||||||||
| Gene Symbol | - | ||||||||||
| Mutant | - | ||||||||||
| Stuctural Variations | FS32_LK638S_INV1202910,FS32_LK638S_OTH1202930,CN1_LK638S_INV1202890,CN1_LK638S_OTH1202930,127518_LK638S_INV1204330,127518_LK638S_OTH1204350,G630_LK638S_INV1204090,G630_LK638S_OTH1204110,132424_LK638S_INV1203900,132424_LK638S_OTH1203920,125827_LK638S_INV1204530,125827_LK638S_OTH1204550,WSSM_LK638S_INV1203400,WSSM_LK638S_OTH1203450,D62_LK638S_INV1204090,D62_LK638S_OTH1204110,J4155_LK638S_INV1203880,J4155_LK638S_OTH1203900,127652_LK638S_INV1207460,127652_LK638S_OTH1207510,J4155S_LK638S_INV1203940,J4155S_LK638S_OTH1203960,Y58S_LK638S_INV1203810,Y58S_LK638S_OTH1203830,TM_LK638S_INV1205400,TM_LK638S_OTH1205420,
More
|
||||||||||
| DNA seq | ATGGCCAGGTCAGGGAGGTGGTGGGAGAAGCGGCGGTGGCCACCGGGCGGGGTCGGCGGCGGCCGGGCCGGGGAGGCGGCAGGAGAAGCGGCGGCGGCTTCCAGGCTAGGGAGGCGGTGGGAGAAGTGGCGGCGACCGCCAGGCTGGGGCAGCGGCGGCCAAGCCAGGAAGGCGGCAGGAGAAGCGGCGGCGTCCGCCGGGTTGGGGAGGTGGAGGGAGAAGCGGCAGCGGCCGCCGGGTTGGGGAAGCGGCGACGGTCGCTAG |
||||||||||
| CDS seq | MARSGRWWEKRRWPPGGVGGGRAGEAAGEAAAASRLGRRWEKWRRPPGWGSGGQARKAAGEAAASAGLGRWREKRQRPPGWGSGDGR |
||||||||||
| Protein seq | MARSGRWWEKRRWPPGGVGGGRAGEAAGEAAAASRLGRRWEKWRRPPGWGSGGQARKAAGEAAASAGLGRWREKRQRPPGWGSGDGR |
||||||||||
| Function | - | ||||||||||
Transcripts
| Gene | Transcript | Chromosome | Start | End | Strand | Source | ||
| OsLK638S_12g0075900 | OsLK638S_12g0075900.10 | Chr12 | 5610301 | 5610564 | + | . | ||
| CDS seq | ATGGCCAGGTCAGGGAGGTGGTGGGAGAAGCGGCGGTGGCCACCGGGCGGGGTCGGCGGCGGCCGGGCCGGGGAGGCGGCAGGAGAAGCGGCGGCGGCTTCCAGGCTAGGGAGGCGGTGGGAGAAGTGGCGGCGACCGCCAGGCTGGGGCAGCGGCGGCCAAGCCAGGAAGGCGGCAGGAGAAGCGGCGGCGTCCGCCGGGTTGGGGAGGTGGAGGGAGAAGCGGCAGCGGCCGCCGGGTTGGGGAAGCGGCGACGGTCGCTAG
More
|
|||||||
| Protein seq | MARSGRWWEKRRWPPGGVGGGRAGEAAGEAAAASRLGRRWEKWRRPPGWGSGGQARKAAGEAAASAGLGRWREKRQRPPGWGSGDGR |
|||||||
| Event Type | Chromosome | Start | End | Strand | Alternative mRNAs | Total mRNAs | Source |
Expression
| Leaf | Root | Panicle | |
| FPKM | None | None | None |
Homologues
| Genome & Annotation | Homologs | Type | Expression(FPKM) | ||
|---|---|---|---|---|---|
| Leaf | Root | Panicle | |||
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | MSU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Nipponbare | IRGSP 1.0 | RAP-db | NA | NA | NA | NA | NA |
| Azucena | AzucenaRS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| KETAN NANGKA | Os128077RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| CHAO MEO | Os132278RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| ARC 10497 | Os117425RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| PR 106 | Os127742RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Minghui 63 | MH63RS3 | HZAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| IR 64 | OsIR64RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Zhenshan 97 | ZS97RS3 | HZAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| LIMA | Os127564RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| KHAO YAI GUANG | Os127518RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| GOBOL SAIL | Os132424RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| LIU XU | Os125827RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| LARHA MUGAD | Os125619RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| N22 | OsN22RS2 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| NATEL BORO | Os127652RS1 | Gramene(+IsoSeq) | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os XI: R9311 | R9311 | AGIS | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os XI-adm: HZ | HZ | PKU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os XI-adm: J4155S | J4155S | PKU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os XI-adm: LK638S | LK638S | PKU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os XI-adm: XL628S | XL628S | PKU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os GJ-temp: 02428 | 02428 | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os cB: Basmati1 | Basmati1 | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os O.glaberrima: Ogla | OglaRS2 | DIADE | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os XI-1A: CN1 | CN1 | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os XI-1A: D62 | D62 | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os XI-1A: DG | DG | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os GJ-temp: DHX2 | DHX2 | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os XI-adm: FH838 | FH838 | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os XI-1A: FS32 | FS32 | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os XI-1A: G46 | G46 | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os XI-adm: G630 | G630 | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os XI-1B: G8 | G8 | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os XI-1A: II32 | II32 | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os XI-1B: J4155 | J4155 | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os GJ-temp: Kosh | Kosh | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os GJ-temp: KY131 | KY131 | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os GJ-trp: Lemont | Lemont | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os GJ-adm: LJ | LJ | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os GJ-sbtrp: NamRoo | NamRoo | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os XI-1B: R498 | R498 | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os XI-1B: R527 | R527 | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os XI-1B: S548 | S548 | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os XI-2: TM | TM | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os XI-3: Tumba | Tumba | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os XI-adm: WSSM | WSSM | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os XI-1B: Y3551 | Y3551 | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os XI-1B: Y58S | Y58S | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os XI-adm: YX1 | YX1 | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
| Os GJ-temp: ZH11 | ZH11 | SICAU | NA | NA | NA | NA | NA |
